Структура Треонин-тРНК Esherichia coli

Название: Структура Треонин-тРНК Esherichia coli.

Автор: 202 ФББ МГУ

Аннотация: изучение вторичной и третичной структуры транспортной

РНК (тРНК) различными методами биоинформатики

Ключевые слова: тРНК, 1qf6.

Введение:

Основной задачей тРНК является доставка к рибосоме активных остатков аминокислот и обеспечивать их включение в синтезирующуюся белковую цепь.

Вторичная структура любой тРНК напоминает клеверный лист, а в пространстве молекула тРНК похожа на букву L.

Целью настоящей работы стало изучение взаимодействий за счет которых образуются вторичная и третичная структуры треонин-тРНК кишечной палочки.

Результаты:

Схема вторичной структуры:

A

C

C

A

G – C

C – G

C - G

G - C

A - U

U - A

A - U

DhuGACUCGAU UAUCCUCAG

Dhu | | | | | | | | | C

GGDhuAGAGCA-AG CGUAGG5muPsu

G-A G7mU

C-G

G-C

C-G

A-U

U A

U Aet

CGU

Обеспечивание третичной структуры в основном водородными связями:

8(U)-14(A), 15(G)-48(С) ,56(С)-19(G), (отмечено зеленым, синим и розовым)

Схема Вторичной структуры тРНК, полученная при помощи алгоритма Зукера.

Обсуждение:

1)Пространственная форма тРНК образуется за счет взаимодействий между T - и D-петлями, которые сближаются и скрепляются между собой посредством образования дополнительных, часто необычных пар оснований.

2)Отличия в прдесказаниях состоят в том, что mfold не провел связь между нестандартными с не каноническим взаимодеиствием, поскольку алгоритм Зукера стремится свести к минимуму кол-во неканонических пар.

3)тРНК выполняет две основных функции: акцепторную – способность ковалентно связываться с аминоацильным остатком, превращаясь в аминоацил-тРНК, и адапторную – способность узнавать триплет генетического кода, соответствующий транспортируемой аминокислоте, и обеспечивать поступление аминокислоты на законное место в растущей цепи белка. Но реакция должна быть катализирована специальным ферментом аминоацил-тРНК-синтетазой, которая узнает «свою» тРНК в основном за счет структурного взаимодействия. Таким образом, структура тРНК крайне важна для ее функционирования.

Сопроводительные материалы:

В файле 1qf6.spt содержится скрипт для Rasmol, позволяющий визуализировать основные

элементы структуры тРНК.

Материалы и методы:

3D структура тРНК получена в Protein Data Bank(1). ID: 1QF6

Комплементарность пар определена программой find_pair пакета 3DNA.

Результаты обработаны с помощью Word и RasMol.

Литература:

1) Protein Data Bank (http://www. rcsb. org/pdb/cgi/explore. cgi? pid=&pdbId=1IL2