Описание бактерии S. elongatus, штамм PCC 7942 , и её протеома

Описание бактерии S. elongatus, штамм PCC 7942 , и её протеома.

И. Поверенная, студентка 1 курса

Введение.

Русское название бактерии Synechococcus elongatus – Удлиненный синекокк (Бактерия получила свое название из-за продолговатой формы клетки).

Таксономия
Царство	Bacteria
Семейство	Cyanobacteria
Порядок	Chroococcales
Род	Synechococcus
Вид	Synechococcus elongatus
Штамм	PCC 7942

Вид бактерии под микроскопом смотрите на странице http://kodomo. cmm. *****/~ipoverennaya/projects/S. elongatus/index. html

Фотография была скопирована со страницы http://genome. jgi-psf. org, в подписи указаны название цианобактерии, авторы фотографии и где она была сделана:

“The freshwater cyanobacterium Synechococcus elongatus

Photo: L. A. Sherman and D. M. Sherman,
Purdue University”

Бактерия пресноводная, обитает в хорошо освещенной толще воды, в так называемой «фотической зоне». Могут выдерживать высокие температуры, поэтому часто обиают в горячих источниках.

Геном бактерии S.elongatus был сeквенирован для изучения механизма циркадных ритмов.

Для отбора статей, посвященных S.elongatus, находящимся в открытом был составлен запрос Synechococcus elongatus с ограничением Links to free full text (статьи в открытом доступе). В БД PubMed по запросу былонайдено 238 статей. В статье [19] говорится о полном секвенировании и функциональном анализе pANL – плазмиды Synechococcus elongatus PCC 7942 . Аннотацию к этой статье смотрите в приложении 1.

Геном и протеом S.elongatus

Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта

http://www. ebi. ac. uk/integr8/OrganismStatsAction. do? orgProteomeId=22437

Табл.1 Статистические данные о геноме S.elongatus.

Хромосома или плазмида	Число пар нуклеотидов	Число генов	Суммарная длина генов (% от длины хромосомы или плазмиды)	Суммарная длина межгенных промежутков (%)	GC состав (%)
Хромосома	2695903	2611	89%	11%	55,5%
плазмида pANL	46366	50	80%	20%	52,9%

Литература

1.NCBI – National Center for Biotechnology Information: http://www. ncbi. nlm. nih. gov/sites/entrez? db=genomeprj&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=10645

2. EBI – Европейский институт биоинформатики.

http://srs. ebi. ac. uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-id+1Lldp1YRdIs+-e+[KG:%27SYNECHOCOCCUS_SP_ELONGATUS%27]+-qnum+1+-enum+2 и http://www. ebi. ac. uk/integr8/OrganismStatsAction. do? orgProteomeId=22437

3. MicrobeWiki, the student-edited microbiology resource

http://microbewiki. kenyon. edu/index. php/Synechococcus_elongatus

4. http://cmr. jcvi. org/tigr-scripts/CMR/GenomePage. cgi? org=ntse03

Приложение 1.

Копия аннотации статьи.

The complete sequence and functional analysis of pANL, the large plasmid of the unicellular freshwater cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942.

Chen Y, Holtman CK, Magnuson RD, Youderian PA, Golden SS.

Department of Biology, Texas A&M University, 3258 TAMU, College Station, TX , USA.

Two endogenous plasmids are present in Synechococcus elongatus PCC 7942, a model organism for studying photosynthesis and circadian rhythms in cyanobacteria. The large plasmid, pANL, was shown previously to be involved in adaptation of S. elongatus cells to sulfur starvation, which provided the first evidence of cellular function of a cyanobacterial plasmid. Here, we report the complete sequence of pANL, which is 46,366 bp in length with 53% GC content and encodes 58 putative ORFs. The pANL plasmid can be divided into four structural and functional regions: the replication origin region, a signal transduction region, a plasmid maintenance region, and a sulfur-regulated region. Cosmid-based deletion analysis suggested that the plasmid maintenance and replication origin regions are required for persistence of pANL in the cells. Transposon-mediated mutagenesis and complementation-based pANL segregation assays confirmed that two predicted toxin-antitoxin cassettes encoded in the plasmid maintenance region, belonging to PemK and VapC families, respectively, are necessary for plasmid exclusion. The compact and efficient organization of sulfur-related genes on pANL may provide selective advantages in environments with limited sulfur.

PMID: [PubMed - indexed for MEDLINE]