Таблица 1. Группы банков данных
Банк данных | Группа |
MedLine | |
UniProtKB | |
UniRef100 | |
EMBL | |
PDB |
Таблица 2. Таксон "гамма-протеобактерии"
Латинское название таксона | |
Количество документов в Swiss-Prot |
Таблица 3. Запросы
Цель | Строка запроса | Количество найденных документов |
P0A9Q9 – первый AC | [swissprot-AllText:P0A9Q9*] | 2 |
P00353 – второй AC | [swissprot-AllText:P00353*] | 29 |
Белки в таксоне гамма-протеобактерии с описаниями, аналогичными моему белку. | ([swissprot-AllText:GAMMAPROTEOBACTERIA*] & ((([swissprot-AllText:Aspartate-semialdehyde dehydrogenase* ] | [swissprot-AllText:ASA dehydrogenase*]) | [swissprot-AllText:ASADH*]) | [swissprot-AllText:EC 1.2.1.11*])) | 18 |
Найти аспартатсемиальдегид дегидрогеназу в организмах Yersinia pestis и Vibrio cholera. | (([uniref100-Organism:Yersinia pestis*] | [uniref100-Organism:Vibrio cholerae*]) & (([uniref100-Description:Aspartate-semialdehyde*] & [uniref100-Description:dehydrogenase*]) | [uniref100-Description:Aspartate-semialdehyde dehydrogenase *])) | 16 |
Найти статьи автора в 1970е годы. | ([medline-Authors:Ne*fah*,A*] & [medline-Year#1970:1979]) | 12 |
Таблица 4. Описание выборки
№ | ID | AC | Организм | Таксон |
|
1 | DHAS_ACTPL | Q44151 | Actinobacillus Pleuropneumoniae Haemophilus Pleuropneumoniae | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Pasteurellales Pasteurellaceae Actinobacillus | |
2 | DHAS_AZOVI | P96198 | Azotobacter Vinelandii | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Pseudomonadales Pseudomonadaceae Azotobacter | |
3 | DHAS_BUCAI | P57523 | Buchnera Aphidicola Subsp Acyrthosiphon Pisum Acyrthosiphon Pisum Symbiotic Bacterium | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Buchnera | |
4 | DHAS_BUCAP | Q8K9B5 | Buchnera Aphidicola Subsp Schizaphis Graminum | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Buchnera | |
5 | DHAS_BUCBP | Q89AB8 | Buchnera Aphidicola Subsp Baizongia Pistaciae | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Buchnera | |
6 | DHAS_ECO57 | P0A9R0 P00353 | Escherichia Coli O157:H7 | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia | |
7 | DHAS_ECOL6 | Q8FCR6 | Escherichia Coli O6 | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia | |
8 | DHAS_ECOLI | P0A9Q9 P00353 Q2M797 | Escherichia Coli | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia | |
9 | DHAS_HAEIN | P44801 | Haemophilus Influenzae | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Pasteurellales Pasteurellaceae Haemophilus | |
10 | DHAS_LEGPN | O31219 | Legionella Pneumophila | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Legionellales Legionellaceae Legionella | |
11 | DHAS_PSEAE | Q51344 | Pseudomonas Aeruginosa | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas | |
12 | DHAS_SALTI | P0A1F9 O30706 | Salmonella Typhi | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Salmonella | |
13 | DHAS_SALTY | P0A1F8 O30706 | Salmonella Typhimurium | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Salmonella | |
14 | DHAS_SHESP | Q56732 | Shewanella Sp Strain Db6705 | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Alteromonadales Shewanellaceae Shewanella | |
15 | DHAS_SHEVI | Q56734 | Shewanella Violacea | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Alteromonadales Shewanellaceae Shewanella | |
16 | DHAS_SHIFL | P0A9R1 P00353 | Shigella Flexneri | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Shigella | |
17 | DHAS_VIBCH | P23247 O34226 Q9KQ93 | Vibrio Cholerae | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Vibrionales Vibrionaceae Vibrio | |
18 | DHAS_VIBMI | Q60080 | Vibrio Mimicus | Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Vibrionales Vibrionaceae Vibrio | |
К заданию #5:
Сфера интересов А. Нейфаха: кожные заболевания: псориаз, ихтиосис.
Подсказки к заданию написаны неверно: вместо «?» в местах с неясной транскрипцией надо ставить «*». Для поиска года публикации следует использовать поле “Year”, вместо “PubDate”.
