Задание 13

Задание 13

Исходное дерево:

скобочная структура:

((A:70,B:70):90, ((C:50,D:50):10,(E:40,F:40):20):30);

Дерево, полученное методом максимального правдоподобия:

(получено при помощи программ пакета EMBOSS ednadist и eneighbor )

+-----ff

!

! +bb

! +---

! ! +aa

--1--3

! ! +cc

! +--2

! +-------dd

!

+-------ee

Дерево, полученное методом Neighbour-Joining:

(получено при помощи прогрммы пакета EMBOSS ednaml)

+cc

!

! +-----aa

! +----bb

!

! +ee

! +----2

+--3 +-------ff

!

+-dd

Ветвь	Исходное дерево	Neighbor- Joining	Максимальное правдоподобие
ABCDEF
110000	+	+	+
001100	+	-	+
000011	+	+	+

Анализ деревьев, полученных по методам максимального правдоподобия и neighbor-joining, затруднен ввиду того, что они не укоренены, так что «родственные отношения» между последовательностями в начале нашей «эволюции». В принципе, при укоренении дерева, полученного методом максимального правдоподобия, в месте, помеченном жёлтым выделением, может получиться исходное дерево. Однако, исходя из таблицы, делать вывод о том, что метод neighbor-joining в данном случае стопроцентно точен, нельзя (по нему последовательности c и d не находятся на одной ветви дерева. В общем, для нашего случая только метод максимального правдоподобия выглядит достаточно адекватным, то есть не влечет к ошибкам, достаточно серьёзным для перестройки дерева. При таких расстояниях между последовательностями реконструкция хода эволюции ужу не может быть названа абсолютно надежной.