PLEX-ID
Автоматизированный комплекс для молекулярной диагностики инфекционных агентов и генетической идентификации ДНК человека
Производитель – компания Abbott Molecular (США)
Автоматизированный комплекс PLEX-ID позволяет быстро идентифицировать и охарактеризовать бактерии, вирусы, грибы и другие инфекционные агенты, а также проводить генетическую идентификацию ДНК человека.
Автоматизированный комплекс PLEX-ID выполнен с использованием технологии время-пролетной (TOF) высокоточной масс-спектрометрии электро-спрей ионизированных (ESI) ПЦР-ампликонов с последующим компьютеризированным программным вычислением масс соответствующих ПЦР-ампликонов и их нуклеотидного состава и сопоставлением полученных результатов с базами данных нуклеотидных последовательностей для автоматической идентификации.
Преимущества технологии PLEX-ID:
· Быстрая идентификация (~ 5 часов);
· Фундаментально отличный от традиционных методов идентификации подход, не требующий предварительных знаний о наличии предполагаемого агента в пробе, в основе которого лежит точное определение последовательности ДНК, позволяющее идентифицировать и количественно определить все находящиеся в пробе виды патогенов;
· Отсутствие необходимости в наличии исходной информации по возбудителям, присутствующим в исследуемом образце.
Основные компоненты автоматизированной системы PLEX-ID:
· Bruker Daltonics высокоточный масс-спектрометр для анализа масс ПЦР-ампликонов на платформе ESI-TOF (электро-спрей ионизация и время-пролетная масс-спектрометрия);
· Специальный блок для удаления солей из мсеси ПЦР-ампликонов на основе магнитных частиц (Omnica);
· Роботизированные манипулятор и держатели планшетов Thermo Electron CataLyst Express (для манипуляции с пятнадцатью 96-луночными планшетами, планшетами с магнитными частицами и планшетами для образцов);
· Автоматическое термо-запаивающее устройство для 96-луночных планшетов Biosystems WASP;
· Два компьютера с двойным процессором Intel Xeon и суб-система EonStor/SCSI to SATA RAID, отвечающая за контроль аналитической системы и базы данных.
Технология PLEX-ID:
· В системе PLEX-ID для идентификации используются нуклеотидные последовательности, общие для разных классов микроорганизмов Несмотря на огромное разнообразие классов микробов, вирусов, грибов, разработчики технологии тщательно отобрали и выверили именно те последовательности в геноме, которые позволяют осуществлять четкое дифференцированное определение микроорганизмов и получать быстрые и надежные результаты для целей скорейшего выявления, эпиднадзора, иэпидемиологии микроорганизмов.
· Известно, что бактерии имеют высоко консервативные последовательности в различных участках генома, включающие универсалные консервативные регионы в рибосомальной и других некодирующих РНК, а также гены, кодирующие основные белки бактерии. Эти консервативные последовательности могут быть использованы в качестве сайтов узнавания для специфических праймеров при амплификации последовательностей в ПЦР-анализе. Если регион, расположенный между этими консервативными консервативными последовательностями содержит вариабельные последовательности, нуклеотидный состав которых зависит от класса, к которому относится микроорганизм, то определение нуклеотидных последовательностей ПЦР-продуктов может быть использовано в качестве маркера для генетической идентификации.
· Масс-спектрометиический метод позволяет быстро определить точную молекулярную массу анализируемых нуклеиновых кислот и рассчитывать содержание A, C, T и G нуклеотидов (т. e. нуклеотидный состав) каждого из ПЦР-ампликонов. Нуклеотидный состав продуктов ПЦР используется в качестве основы для автоматического компьютеризированного определения (в том числе и количественного) микроорганизмов, присутствующих в образце.
· В дополнение к возможностям широкой идентификации микроорганизмов система PLEX-ID может при использовании имеющихся специфических наборов реагентов позволять проводить более детальное генотипирование выявляемых штаммов возбудителей (на наличие мутаций, приводящих к устойчивости к антибиотикам, токсичности, вирулентности и др.).
· Помимо идентификации и генотипирования широкого спектра микроорганизмов (бактерии, вирусы, грибки) технология PLEX-ID применяется в судебной медицине и криминалистике для генетической идентификации человека. Комплекс PLEX-ID с использованием специальных реагентов позволяет проводить высокоточные анализы по генетической идентификации человека одновременно на основе праймеров как к митохондриальной ДНК (mtDNA HV1/HV-1), так и хромосомной ДНК. Для этих целей используются 13 STR-локусов (короткие тандемные повторы, включенные в международную базу данных CODIS 13.
Наборы реагентов для системы PLEX-ID:
Номер по каталогу | Наименование | Количество тестов |
05N21 | PLEX ID Flu IVD – набор реагентов для эпиднадзора и типирования вирусов гриппа | 120 |
04N67 | PLEX-ID BAC Spectrum BC – Набор реагентов для идентификации бактерий с определением мутаций устойчивости к антибиотикам и Candida (культуры) | 60 |
TBD | PLEX-ID Viral Spectrum CNS – Набор реагентов для широкой идентификации вирусов в СМЖ при асептических инфекция ЦНС | 60 |
TBD | PLEX-ID Viral Spectrum IC – Набор дляидентификации спектра патогенных вирусов | 120 |
04N56-01 | PLEX-ID Fungal Spectrum - Набор для идентификации грибков | 60 |
TBD | PLEX-ID BAC Spectrum WB - Набор реагентов для идентификации бактерий с определением мутаций устойчивости к антибиотикам и Candida (цельная кровь)) | 60 |
03N32-61 | Acinetobacter Genotyping –Набор для генотипирования Acinetobacter | 120 |
03N33-61 | Bacterial Surveillance – Набор для типирования широкого спектра бактерий | 60 |
03N34-61 | Bacterial Surveillance 20 – Набор для типирования широкого спектра бактерий повышенной чувствительности для образцов с низким титром бактерий | 60 |
03N35-61 | Biodefense Bacterial & Viral Surveillance – Биозащита – набор для идентификации особо опасных бактериальных и вирусных патогенов | 60 |
03N37-61 | GAS Genotyping v2 – Набор для генотипирования S.pyogenes (GAS) (антибиотикоусточивость и вирулентность) по emm последовательности | 120 |
03N38-61 | Human Forensics (Mitochondria) – Набор для мультиплексного генотипирования человека по митохондриальной ДНК для судебной медицины | 120 |
TBD | Human Forensics (STR) – Набор для мультиплексного генотипирования человека по STR-усам для судебной медицины | 120 |
03N39-61 | Influenza Surveillance – Набор для эпиднадзора и идентификации вирусов гриппа | 120 |
03N42-61 | Respiratory Virus Surveillance II – Набор для выявления и идентификации респираторных вирусов (грипп, РСВ, метапневмовирус человека, аденовирусов (с типированием), вирусов парагриппа (1-4 типов), коронавирусов, бокавируса. | 60 |
04N49-61 | MRSA Typing and Characterization Kit -= Набор для генотипирования мутаций антибиотикоустойчивости S. aureus, включая MRSA | 120 |
04N50-61 | TB Drug Resistance Kit – Набор для определения лекарственной усточивости изолятов M. tuberculosis | 120 |
04N51-61 | C difficile Characterization Kit – Набор для типирования Clostridium difficile, в частности штамма NAP1, на наличие бинарный ген токсина и генов токсина А и В | 120 |
04N55-61 | Mycoplasma Surveillance Kit – Набор для детекции и идентификации микоплазм | 120 |
Спецификация оборудования системы PLEX-ID
Номер по каталогу | Наименование | Количество |
Системы для пре-экстракции и выделения РНК/ДНК | ||
03N31-070 | PLEX-ID BB (PRECELLYS 24 BB) - Шейкер для пре-экстракции ДНК с помощью микрочастиц Bead Beater на 24 образца | 1 |
03N31-080 | PLEX-ID SP (ABT KF EXTRACTOR) - экстрактор для выделения НК с помощью магнитных частиц ABBOTT/KINGFISHER | 1 |
Manuals & Labels – Руководства и наклейки | 1 | |
Роботизированная система для раскапывания микропланшет для ПЦР | ||
03N31-050 | PLEX-ID FH (ABT FLUID HANDLER) - Роботизированный пипеттор для раскапывания планшет ПЦР ABBOTT/Tecan | 1 |
04J97-020 | Power Cables – Кабели питания | 1 |
05N10-01 | Manuals & Labels PLEX-ID FH Operations – Руководства по работе роботизированного пипеттора (англ.) и наклейки | 1 |
02N84-001 | m24sp System Control Center (SCC) /Центр управления системой m24sp (ЦУС) | 1 |
01N04-001 | m2000™ Keyboard SCC (with optical mouse) - клавиатура и оптическая мышь | 1 |
09K99-001 | Monitor - Монитор | 1 |
Термоциклер (обязательный компонент системы PLEX-ID) | ||
03N31-060 | PLEX-ID TC (M CYCLER P S MOD) - Термоциклер PLEX-ID TC / Eppendorf Master Cycler Pro | 1 |
03N31-061 | PLEX-ID TC (M CYCLER P CON) - Контроллер для управления термоциклером | 1 |
PLEX-ID (KMC) Instrument – Основное оборудование PLEX-ID | ||
03N31-010 | PLEX-ID FRAME W DESALT MOD - корпус и рама прибора PLEX-ID с модулем для обессоливания | 1 |
03N31-012 | PLEX-ID 230 v Comp Head Unit – Управляющий компьютер PLEX-ID | 1 |
03N31-011 | PLEX-ID Mass Spectrometer - Масс-спектрометр | 1 |
03N31-084 | PLEX-ID Rotary Vacuum Pump Kit – Роторный вакуумный насос в комплекте | 1 |
04N70-01 | PLEX-ID Analyzer Operations Manual (English) руководство по оборудованию PLEX-ID analyzer англ. | 1 |
05N11-01 | PLEX-ID System Operations Manual (English) руководство по операциям на системе PLEX-ID analyzer англ. | 1 |
05N12-01 | PLEX-ID System Customer Training Guide - Руководство по обучению пользователей | 1 |
03N31-013 | PLEX-ID Data Analysis Server - Сервер для анализа данных | 1 |
03N31-014 | UPS 230 v (North America) – Источник бесперебойного питания | 1 |
03N31-016 | PLEX-ID Barcode Scanner w Std - Cканер штрих-кодов | 1 |
03N31-017 | PLEX-ID Keyboard with Cover – Клавиатура с крышкой | 1 |
03N31-018 | PLEX-ID 230 V Printer - Принтер | 1 |
Рабочая станция для управления PLEX-ID - PLEX-ID NFUDP Workstation | ||
03N31-019 | PLEX-ID Workstation Radisys 945 System – Рабочая станция | 1 |
09K99-001 | Monitor - Монитор | 1 |
03N31-025 | PLEX-ID 120 V Printer - Принтер | 1 |
03N31-026 | PLEX-ID Laser Mouse (Black) – Оптическая лазерная мышь | 1 |
Рабочая станция для управления процессом пробоподготовки - Front End Work Station | ||
03N31-019 | PLEX-ID Workstation Radisys 945 System – Рабочая станция | 1 |
03N31-023 | PLEX-ID Workstation Touch Screen Monitor – Сенсорный монитор | 1 |
03N31-025 | PLEX-ID 120 V Printer – Принтер | 1 |
03N31-026 | PLEX-ID Laser Mouse (Black) Оптическая лазерная мышь | 1 |
Рабочая станция для идентификации личности - PLEX-ID Forensics Workstation | ||
03N31-058 | PLEX-ID Forensics Workstation – Рабочая станция | 1 |
03N31-023 | PLEX-ID Workstation Touch Screen Monitor – Сенсорный монитор | 1 |
03N31-025 | PLEX-ID 120 V Printer - Принтер | 1 |
03N31-026 | PLEX-ID Laser Mouse (Black) – Оптическая лазерная мышь | 1 |
Расходные материалы для PLEX-ID - PLEX-ID Commodities | ||
03N31-083 | Tubes w beads – Пробирки с магнитными частицами | 1 |
03N31-089 | Tubes w/o beads - Пробирки без магнитных частиц | 1 |
03N31-081 | 24-well commod kit – Набор 24-луночных планшет | 1 |
03N31-082 | 96-well commod kit – Набор 96-луночных планшет | 1 |
03N31-054 | 50 uL Tecan Tips – Наконечники 50 мкл | 1 |
03N17-001 | Waste Bags – Мешки для отходов | 1 |
04J71-010 | 1mL Tecan Tips – Наконечники 1 мл | 1 |
03N31-027 | PCR Foil – Клеющаяся пленка для ПЦР-планшетов | 1 |
09K32-01 | Adhesive Cover Applicator – Аппликатор для для клеющейся пленки | 1 |
04N77-01 | Clean Up Reagents – Реагенты для очистки | 1 |
04N77-02 | Microparticle and Cassette – Микрочастицы и кассета | 1 |
Конфигурации рабочих вариантов системы PLEX-ID
Номер по каталогу | Наименование блоков | Количество |
Клиническая система PLEX-ID | ||
03N31-070 | PLEX-ID BB (PRECELLYS 24 BB) - Шейкер для пре-экстракции ДНК с помощью микрочастиц Bead Beater на 24 образца | 1 |
03N31-080 | PLEX-ID SP (ABT KF EXTRACTOR) - экстрактор для выделения НК с помощью магнитных частиц ABBOTT/KINGFISHER | 1 |
03N31-050 | PLEX-ID FH (ABT FLUID HANDLER) - Роботизированный пипеттор для раскапывания планшет ПЦР ABBOTT/Tecan | 1 |
03N31-060 | PLEX-ID TC (M CYCLER P S MOD) - Термоциклер PLEX-ID TC / Eppendorf Master Cycler Pro | 3 |
03N31-061 | PLEX-ID TC (M CYCLER P CON) - Контроллер для управления термоциклером | 1 |
03N31-010 | PLEX-ID FRAME W DESALT MOD - корпус и рама прибора PLEX-ID с модулем для обессоливания | 1 |
03N31-012 | PLEX-ID 230 v Comp Head Unit – Управляющий компьютер PLEX-ID | 1 |
03N31-011 | PLEX-ID Mass Spectrometer - Масс-спектрометр | 1 |
03N31-084 | PLEX-ID Rotary Vacuum Pump Kit – Роторный вакуумный насос в комплекте | 1 |
03N31-016 | PLEX-ID Barcode Scanner w Std - Cканер штрих-кодов | 1 |
03N31-013 | PLEX-ID Data Analysis Server - Сервер для анализа данных | 1 |
03N31-019 | PLEX-ID Workstation Radisys 945 System – Рабочая станция | 2 |
Система PLEX-ID для не клинических исследований | ||
03N31-070 | PLEX-ID BB (PRECELLYS 24 BB) - Шейкер для пре-экстракции ДНК с помощью микрочастиц Bead Beater на 24 образца | 1 |
03N31-080 | PLEX-ID SP (ABT KF EXTRACTOR) - экстрактор для выделения НК с помощью магнитных частиц ABBOTT/KINGFISHER | 1 |
03N31-060 | PLEX-ID TC (M CYCLER P S MOD) - Термоциклер PLEX-ID TC / Eppendorf Master Cycler Pro | 1 |
03N31-061 | PLEX-ID TC (M CYCLER P CON) - Контроллер для управления термоциклером | 1 |
03N31-010 | PLEX-ID FRAME W DESALT MOD - корпус и рама прибора PLEX-ID с модулем для обессоливания | 1 |
03N31-012 | PLEX-ID 230 v Comp Head Unit – Управляющий компьютер PLEX-ID | 1 |
03N31-011 | PLEX-ID Mass Spectrometer - Масс-спектрометр | 1 |
03N31-084 | PLEX-ID Rotary Vacuum Pump Kit – Роторный вакуумный насос в комплекте | 1 |
03N31-013 | PLEX-ID Data Analysis Server - Сервер для анализа данных | 1 |
03N31-019 | PLEX-ID Workstation Radisys 945 System – Рабочая станция | 1 |
Система PLEX-ID для судебно-медицинских и криминалистических исследований | ||
03N31-070 | PLEX-ID BB (PRECELLYS 24 BB) - Шейкер для пре-экстракции ДНК с помощью микрочастиц Bead Beater на 24 образца | 1 |
03N31-080 | PLEX-ID SP (ABT KF EXTRACTOR) - экстрактор для выделения НК с помощью магнитных частиц ABBOTT/KINGFISHER | 1 |
03N31-050 | PLEX-ID FH (ABT FLUID HANDLER) - Роботизированный пипеттор для раскапывания планшет ПЦР ABBOTT/Tecan | 1 |
03N31-060 | PLEX-ID TC (M CYCLER P S MOD) - Термоциклер PLEX-ID TC / Eppendorf Master Cycler Pro | 3 |
03N31-061 | PLEX-ID TC (M CYCLER P CON) - Контроллер для управления термоциклером | 1 |
03N31-010 | PLEX-ID FRAME W DESALT MOD - корпус и рама прибора PLEX-ID с модулем для обессоливания | 1 |
03N31-012 | PLEX-ID 230 v Comp Head Unit – Управляющий компьютер PLEX-ID | 1 |
03N31-011 | PLEX-ID Mass Spectrometer - Масс-спектрометр | 1 |
03N31-084 | PLEX-ID Rotary Vacuum Pump Kit – Роторный вакуумный насос в комплекте | 1 |
03N31-016 | PLEX-ID Barcode Scanner w Std - Cканер штрих-кодов | 1 |
03N31-013 | PLEX-ID Data Analysis Server - Сервер для анализа данных | 1 |
03N31-019 | PLEX-ID Workstation Radisys 945 System – Рабочая станция | 1 |
03N31-058 | PLEX-ID Forensics Workstation – Рабочая станция | 1 |
