Отдельно стоит сказать про секцию Fuses

Отдельно стоит сказать про секцию Fuses.
Осторожней с выпадающим списком. С виду там все просто, но это на самом деле предустановки, описываются они файле Fuse. txt вот его дефолтное содержание:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

Default. [] ATmega8.ATmega16. [Int. 1 MHz d9e1 Int. 2 MHz d9e2 Int. 4 MHz d9e3 Int. 8 MHz d9e4 Ext. Crys. d9ff] ATmega32. [Int. 1 MHz d9e1 Int. 2 MHz d9e2 Int. 4 MHz d9e3 Int. 8 MHz d9e4 Ext. Crys. d9ff]

Видишь, формат очень прост. Строка контроллера (обязательно с точкой!) и в квадратных скобаках возможные варианты (отделенные табуляцией) с байтами тех самых фузов. Обратите внимание, что тут меняется СРАЗУ ОБА БАЙТА Fuse битов. Т. е. касаются далеко не только тактовой частоты. А еще всего остального что конфигурируется в FUSE. Так что я бы сразу переназвал их иначе. Скажем как
All Default, but 1MHZ
All Default, but 2MHZ
All Default, but 4MHZ

Чтобы было понятней. Но это как бы быстрые шаблоны и не претендуют на глобальность.

Лучше сразу нажать Advanced и узреть … тот самый цифровой ввод.

Но не стоит напрягаться, достаточно нажать кнопочку «С» (видимо авторы имели ввиду Calculator) и увидеть удобнейшие выпадающие списки с человеческим описанием. Прям как в STK500.

Но ни в коем случае не забывайте нажать кнопочку READ перед тем как что либо менять. Помните, неустановленные fuse это тоже какое то значение, которое будет записано при нажатии кнопки WRITE

Конфигурирование программы
Впрочем, все же главным достоинством этой оболочки является ее легкая заточка под любой программатор поддерживаемый через AVRDUDE.