Элементарные эволюционные события

Элементарные эволюционные события

Задание 1. Оценить давление отбора на ген заданного белка (работа с веб-сервером PAL2NAL)

К сожалению, максимальный Identity выравниваний, выданных blastp при поиске среди белков Pseudomonas aeruginosa (синегнойная палочка), составляет 45%. Поэтому ищем гомологов из Yersinia pestis (чумная палочка), максимальное совпадение выравниваний 79%:
Белок: MURG_YERPA: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase из Yersinia pestis Antiqua, соответствует гену murG, то есть аннотации совпадают и Identity достаточное, поэтому считаем ортологом.

К сожалению, предлагаемый сервис PAL2NAL уже долгое время не работает, прошу отсрочку до того момента, когда можно будет им воспользоваться

KS = 43.2647

KA = 0.1578

KA/KS = 0.0036

PAL2NAL output

M V M A G G T G G H V F

MURG_ECOLI atg gtg atg gca ggc gga acc ggt gga cat gta ttc

M S G K T K R L M V M A G G T G G H V F

MURG_YERPA atg agt ggg aag acc aag cgt ttg atg gtg atg gcg ggt gga acc ggg ggg cat gtc ttc

P G L A V A H H L M A Q G W Q V R W L G

MURG_ECOLI ccg gga ctg gcg gtt gcg cac cat cta atg gct cag ggt tgg caa gtt cgc tgg ctg ggg

P G L A V A H H L M A Q G W Q V R W L G

MURG_YERPA ccc ggt ttg gcc gtg gca cat cat ttg atg gcg caa ggc tgg cag gtg cgt tgg tta ggc

T A D R M E A D L V P K H G I E I D F I

MURG_ECOLI act gcc gac cgt atg gaa gcg gac tta gtg cca aaa cat ggc atc gaa att gat ttc att

T A D R M E A S L V P Q H G I E I D F I

MURG_YERPA act gcg gac aga atg gaa gcg tca ctg gtt ccc caa cat ggc att gaa att gat ttt att

R I S G L R G K G I K A L I A A P L R I

MURG_ECOLI cgt atc tct ggt ctg cgt gga aaa ggt ata aaa gca ctg ata gct gcc ccg ctg cgt atc

K I S G L R G K G L M A Q L T A P I R I

MURG_YERPA aaa att tcc ggc ttg cgt ggc aaa ggc cta atg gcc caa ttg aca gca ccg ata cgt att

F N A W R Q A R A I M K A Y K P D V V L

MURG_ECOLI ttc aac gcc tgg cgt cag gcg cgg gcg att atg aaa gcg tac aaa cct gac gtg gtg ctc

Y R A V R Q A Q K I M R D Y Q P N V V L

MURG_YERPA tat cgt gcg gtg cgt cag gcg cag aaa atc atg cga gat tac caa ccc aat gtg gtg ttg

G M G G Y V S G P G G L A A W S L G I P

MURG_ECOLI ggt atg gga ggc tac gtg tca ggt cca ggt ggt ctg gcc gcg tgg tcg tta ggc att ccg

G M G G Y V S G P G G L A A W L C G V P

MURG_YERPA ggc atg ggc ggg tat gtt tct ggc cct ggt ggt tta gcc gcc tgg ctg tgt ggc gta ccg

V V L H E Q N G I A G L T N K W L A K I

MURG_ECOLI gtt gta ctt cat gaa caa aac ggt att gcg ggc tta acc aat aaa tgg ctg gcg aag att

V V L H E Q N G I A G L T N R W L A R I

MURG_YERPA gtg gta ttg cat gag cag aat ggg att gcg ggt ctg act aac cgt tgg ttg gcc agg atc

A T K V M Q A F P G A F P N A E V V G N

MURG_ECOLI gcc acc aaa gtg atg cag gcg ttt cca ggt gct ttc cct aat gcg gaa gta gtg ggt aac

A K K V L Q A F P G A F P N A D V V G N

MURG_YERPA gcc aaa aaa gtt tta cag gca ttt cca ggg gca ttc ccc aac gcg gat gtc gtg ggt aac

P V R T D V L A L P L P Q Q R L A G R E

MURG_ECOLI ccg gtg cgt acc gat gtg ttg gcg ctg ccg ttg ccg cag caa cgt ttg gct gga cgt gaa

P V R T D V L A L P L P A V R L S G R E

MURG_YERPA ccg gtt cgg acc gat gta ctg gcc ttg cca tta ccc gca gtg cgt ttg agc ggc cgt gaa

G P V R V L V V G G S Q G A R I L N Q T

MURG_ECOLI ggt ccg gtt cgt gtg ctg gta gtg ggt ggt tct cag ggc gca cgc att ctt aac cag aca

G P I R V L V I G G S Q G A R I L N Q T

MURG_YERPA ggg ccg att cgg gtc ttg gtc atc ggt ggt agc caa ggc gct cga ata ctg aat cag acc

M P Q V A A K L G D S V T I W H Q S G K

MURG_ECOLI atg ccg cag gtt gct gcg aaa ctg ggt gat tca gtc act atc tgg cat cag agc ggc aaa

L P L V A A S L G E Q I T L W H Q V G K

MURG_YERPA ctg cct ttg gtt gct gca agt ctg ggc gaa caa ata acg ctg tgg cat cag gtc ggt aaa

G S Q Q S V E Q A Y A E A G Q P Q H K V

MURG_ECOLI ggt tcg caa caa tcc gtt gaa cag gcg tat gcc gaa gcg ggg caa ccg cag cat aaa gtg

G A L P E V S Q A Y Q Q A G Q A G H L V

MURG_YERPA ggc gca ctg cca gag gta tcg cag gct tac caa caa gcg ggg cag gcc ggg cac cta gtg

T E F I D D M A A A Y A W A D V V V C R

MURG_ECOLI acg gaa ttt att gat gat atg gcg gcg gcg tat gcg tgg gcg gat gtc gtc gtt tgc cgc

V E F I D D M A A A Y A W A D V V V C R

MURG_YERPA gtt gaa ttt atc gac gat atg gca gcg gct tat gcc tgg gct gat gtc gtg gtg tgc cgt

S G A L T V S E I A A A G L P A L F V P

MURG_ECOLI tcc ggt gcg tta acg gtg agt gaa atc gcc gcg gca gga cta ccg gcg ttg ttt gtg ccg

S G A L T V S E V A A A G L P A I F V P

MURG_YERPA tca ggt gca ctg acg gtc agt gaa gtg gcg gcg gcg ggg cta ccc gcg att ttt gtg cca

F Q H K D R Q Q Y W N A L P L E K A G A

MURG_ECOLI ttt caa cat aaa gac cgc cag caa tac tgg aat gcg cta ccg ctg gaa aaa gcg ggc gca

F Q H K D R Q Q Y W N A L P L E K A G A

MURG_YERPA ttc cag cat aaa gat cgg cag caa tat tgg aat gca ttg ccg cta gag aaa gcg ggg gca

A K I I E Q P Q L S V D A V A N T L A G

MURG_ECOLI gcc aaa att atc gag cag cca cag ctt agc gtg gat gct gtc gcc aac acc ctg gcc ggg

A K I I E Q P Q F T A T S V S S L L A S

MURG_YERPA gca aaa att att gag cag cca caa ttt acg gca acc agc gtt agc agc ctg ctg gcg agt

W S R E T L L T M A E R A R A A S I P D

MURG_ECOLI tgg tcg cga gaa acc tta tta acc atg gca gaa cgc gcc cgc gct gca tcc att ccg gat

W D R A T L L S M A E R A R S V A I P D

MURG_YERPA tgg gat cgt gca aca tta ctg tcg atg gct gaa cgg gcc aga tcg gtt gcc atc cct gac

A T E R V A N E V S R V A R A -

MURG_ECOLI gcc acc gag cga gtg gca aat gaa gtg agc cgg gtt gcc cgg gcg ---

A T E R V A A E V V A A S K S A

MURG_YERPA gcg act gag cgt gtt gcg gct gaa gtg gtt gcg gcc agt aag tca gcg