Составление паттерна по множественному выравниванию
Участок для составления паттерна. Коричневым цветом выделены 100% консервативные аминокислотные остатки.
Составленный паттерн: S-[VL]-L-T-I-T-S-N-V
О формате паттернов в PROSITE см. http://kr. expasy. org/tools/scanprosite/scanprosite-doc. html#patsyntax.
Поиск по паттерну в банке данных SWISS-Prot.
Упражнение делается с помощью PROSITE http://kr. expasy. org/prosite/ (раздел ScanProsite).
PFLB_ECOLI | P09373 | |
PFLB_HAEIN | P43753 | Не был использован из-за высокого значения идентичности. |
PFL_CHLRE | P37836 | |
PFL_CLOPA | Q46266 | |
PFL_LACLA | O32797 | |
PFL_LACLC | O32799 | Был убран из выравнивания из-за высокого значения идентичности с PFL_LACLA |
PFL_STRMU | Q59934 |
В семи последовательностях найден мотив, удовлетворяющий паттерну. Найдено две «дополнительных» последовательности к выравниванию, которые были отметены в процессе его составления. Все белки носят название формат ацетилтрансфераза.
Описание всех известных паттернов в белке PFLB_ECOLI
Известные сайты и мотивы в белке PFLB_ECOLI
Идентификатор документа PROSITE (AC) | Идентификатор документа с описанием мотива | Название мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Насколько подпись специфична? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
PS00850 | PDOC00665 | Подпись глицинового радикала | паттерн | [STIV] - x - R - [IVT] - [CSA] - G - Y - x - [GACV] | специфичен | 1 |
PS00006 | PDOC00006 | Сайт фосфорилирова-ния казеин киназы II | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site] | неспецифичен | 8 |
PS00002 | PDOC00003 | Сайт сульфонирования тирозина | профиль | - | неспецифичен | 4 |
PS00008 | PDOC00008 | Сайт N-миристоилирова-ния | паттерн | G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} [G is the N - myristoylation site] | неспецифичный | 11 |
PS00001 | PDOC00001 | Сайт N-гликозилирования | паттерн | N - {P} - [ST] - {P} N - сайт гликозилирования | неспецифичный | 2 |
PS00005 | PDOC00005 | Сайт фосфорилирова-ния протеин киназы С | паттерн | [ST] - x - [RK] | неспецифичный | 6 |
PS00009 | PDOC00009 | Сайт амидирования | паттерн | x - G - [RK] - [RK] | неспецифичный | 2 |
