Занятие № 10 второго семестра: два упражнения
Упражнение 1 Составить паттерн по множественному выравниванию.
Рассмотрите множественное выравнивание, полученное на предыдущем занятии (см. упражнение 2 занятия 9). Выберите участок, наиболее подходящий для построения паттерна. Скопируйте его в протокол (документ Word).
Постройте и запишите в протокол паттерн. Не стройте паттерн длиннее 30 символов. Обязательным условием является использование основных элементов синтаксиса:
[ALK] – разрешен один из 3-х остатков;
Х(3) – интервал в 3 любых остатка ;
{W} – запрет на один остаток (в данном примере, на остаток триптофана).
Подробнее о формате паттернов в PROSITE см. http://kr. expasy. org/tools/scanprosite/scanprosite-doc. html#patsyntax.
Упражнение 2. Провести поиск по паттерну в банке данных SWISS-Prot.
Откройте главную страничку базы данных PROSITE (http://kr. expasy. org/prosite/)
Найдите гиперссылку «ScanProsite» и щелкните по ней.
Введите Ваш паттерн в правое окошко и щелкните по кнопке «START THE SCAN».
Ждите результата.
В протоколе надо ответить на следующие вопросы.
В скольких последовательностях найден мотив, удовлетворяющий паттерну?
Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Нашлись последовательности с названием, явно отличающимся от названия Вашего белка? (Если
да, то указать, с каким).
Любые другие интересные наблюдения, описанные в протоколе, будут оценены по достоинству.
Упражнение 3. Найти и описать все известные паттерны в Вашем белке.
Откройте главную страничку базы данных PROSITE (http://kr. expasy. org/prosite/)
Введите в нужное окошко AC или ID Вашего белка. Разрешите искать часто встречающиеся сайты и мотивы (снимите галочку). И нажмите кнопку «Quick Scan»
По результатам поиска в протоколе составьте следующую таблицу.
Известные сайты и мотивы в белке………………………(название Вашего белка)
Идентификатор документа PROSITE (AC) | Идентификатор документа с описанием мотива | Название мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Насколько подпись специфична? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
Например, | ||||||
PS00008 | PDOC00008 | Сайт N-миристоилирования | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. | неспеци-фична | 12 |
