-Описание модельного филогенетического дерева
Дерево построено по скобочной формуле (модель A)
((А:30,В:30):70,((С:25,D:25):15,(Е:40,F:40):10):50);
Данное дерево не является ультраметрическим, так как расстояния от листьев D и F до корня различны (90<100).
Описание топологии полученного дерева
A B C D E F
* *
. . * * . .
* *
-Другие способы изображения дерева
Изображение дерева как укорененной прямоугольной кладограммы
+---F
|
+--4
| |
| +---E
|
+---2
| | +---D
| | |
-0 +--3
| |
| +---C
| +------B
| |
+---1
|
+------A
"Звездообразное" дерево
-переукоренение дерева
Модель B (Звездочкой отмечено новое место укоренения)
Прямоугольная укорененная филограмма, вариант B
40
+F
5|
+-4
| | 40
| +E
|
| 25
* +-----D
| 15 |
| +---3
| | | 25
|5| +-----C
+-2 30
| +------B
| 120 |
+1
| 30
+------A
Данное дерево не является ультраметрическим (расстояния от вершин A и E до корня различны). Оно описывается скобочной формулой
(((A:30,B:30):120,(C:25,D:25):15):5,(E:40,F:40):5);
Топология дерева не изменилась (см. модель A).
Изображение дерева, модель A. На ветвях указано число мутаций на ген моего белка.
|
Длина гена моего белка: 582 пары нуклеотидов
Последовательности A-F и 1-4 были получены при помощи программы msbar пакета EMBOSS.
Параметр - point указывает тип совершаемых программой точечных мутаций.
Его значение – 4 позволяет производить в последовательности замены нуклеотидов.
Параметр - auto присваивает всем остальным параметрам значения по умолчанию.
