Методические рекомендации по применению набора реагентов для выявления и дифференциации ДНК вирусов папилломы человека (ВПЧ) 6 и 11 генотипов в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией«АмплиСенсÒ ВПЧ 6/11-FL» (стр. 4 )

Этап	Температура, °С	Время	Число повторов циклов
Hold/Удерж. темп-ры	95	15 мин	1
Cycling/ Циклирование	95	15 с	6
65 Touchdown: 1 deg. per cycle	55 с
65	25 с
Cycling2/ Циклирование 2	95	15 с	41
60	55 с детекция флуресц. сигнала
65	25 с

4.  Нажать кнопку Добавить тест и в появившемся окне выбрать название ВПЧ 6/11-FL, указать количество образцов и нажать ОК

5.  Присвоить имена образцам в графе Идентификатор появившейся таблицы. Указать расположение пробирок в рабочем блоке прибора.

6.  Выбрать закладку Запуск программы амплификации, проверить параметры теста. Нажать кнопку Открыть блок и установить пробирки в строгом соответствии с указанным расположением пробирок в рабочем блоке прибора.

ВНИМАНИЕ! Следите за тем, чтобы на стенках пробирок не оставалось капель, так как падение капли в процессе амплификации может привести к сбою сигнала и усложнить анализ результатов. Не переворачивайте стрипы/плашку при установке в прибор.

7.  Последовательно нажать кнопки Закрыть блок и Запуск программы. Сохранить эксперимент.

ОБРАБОТКА И АНАЛИЗ ДАННЫХ

По каналам Fam и Hex детектируется продукт амплификации ДНК, соответствующий специфической мишени, по каналу Rox детектируется продукт амплификации ВКО (внутреннего контрольного образца – участка β-глобинового гена). Результаты интерпретируются на основании наличия (или отсутствия) пересечения кривой флуоресценции S-образной формы с пороговой линией (устанавливается в середине линейного участка прироста флуоресценции положительного контроля в логарифмической шкале), что соответствует наличию (или отсутствию) значения порогового цикла Ct в соответствующей графе в таблице результатов.

Анализ данных

1.  Перейти в режим Просмотр архива и открыть сохраненный файл данных.

2.  Указать в выпадающем списке Тип анализа: Ct(Cp) для всех каналов.

3.  Указать в выпадающем списке Метод: Пороговый (Сt).

4.  Нажать кнопку Изменить параметры анализа и выставить Критерий положительного результата ПЦР – 90 %, Величина Threshold на участке линейного фитирования – 10 StD.

5.  Для каждого канала проверить правильность автоматического выбора пороговой линии. В норме пороговая линия должна пересекать только S-образные кривые накопления сигнала положительных образцов и контролей и не пересекать базовую линию. В случае если это не так, необходимо повысить уровень порога. Для этого внизу окна программы поставить галочку в поле Log_Y и, удерживая нажатой левую кнопку мыши, повысить уровень порога.

6.  Значения Ct для исследуемых образцов подлежат учету только в том случае, когда получены следующие результаты прохождения контрольных образцов:

-  в отрицательном контроле (В-) экстракции – ОКО – не должно быть каких-либо значений Ct;

-  в отрицательном контроле (К-) ПЦР – ДНК-буфер – не должно быть каких-либо значений Ct;

-  в положительном контроле (К+) ПЦР – ПКО ДНК ВПЧ 6, 11 типов и ДНК человека – должно появиться значение Ct по всем каналам.

7.  Нажать кнопку Отчет. Нажать кнопку Сохранить отчет как… (рекомендуется сохранять отчет в папку Мои документы), выбрать формат «*.xls Excel» либо «*.rtf MS Word», выбрать папку для сохранения, присвоить имя файлу и нажать кнопку Сохранить.

8.  Учет результатов тестирования исследуемых образцов проводят в соответствии с граничными значениями Ct, указанными во вкладыше к набору реагентов. Пробы, в которых появились значения Ct, не превышающие граничное значение порогового цикла, указанное во вкладыше, считаются положительными.

ПРИМЕР ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ

Данные по каналу Fam

Данные по каналу Hex

Данные по каналу Rox

ВОЗМОЖНЫЕ ОШИБКИ

1.  Появление любого значения Ct по каналам Fam, Hex и/или Rox в таблице результатов для отрицательного контроля этапа ПЦР (K-) и/или для отрицательного контроля этапа экстракции (В-) свидетельствует о наличии контаминации реактивов или образцов. В этом случае результаты анализа по всем образцам считаются недействительными. Требуется повторить анализ всех образцов, в которых обнаружена ДНК ВПЧ, начиная с этапа экстракции ДНК, а также предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации.

2.  Если значение Ct в таблице результатов для положительного контроля этапа ПЦР (К+) по каналам Fam, Hex и/или Rox отсутствует или превышает граничное значение, то необходимо повторить амплификацию для всех образцов, в которых не обнаружена ДНК возбудителя.

3.  Если для данного образца не определено значение порогового цикла Ct или оно превышает граничное значение по каналам Fam и/или Hex, приводимое для ВПЧ 6 и 11 генотипов, а по каналу Rox получено значение Сt превышающее граничное значение, приводимое для ВКО, то необходимо провести дополнительное исследование данного образца ДНК в двух повторах, начиная с этапа экстракции. В случае получения воспроизводимого положительного значения Ct результат считать положительным. При получении невоспроизводимых в двух повторах значений результат считается сомнительным.

ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ И АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ПРИ ПОМОЩИ ПРИБОРА СFX96 (Bio-Rad, США)

Провести этапы пробоподготовки и приготовления реакционных смесей согласно инструкции к набору реагентов. Для проведения амплификации рекомендуется использование тонкостенных пробирок для ПЦР объемом 0,2 мл с круглой или плоской оптически прозрачной крышкой или пробирок объемом 0,2 мл в стрипах по 8 шт с прозрачными крышками (например, Axygen, США) (детекция осуществляется через крышку пробирки).

ВНИМАНИЕ! Следить за тем, чтобы на стенках пробирок не оставалось капель, так как падение капли в процессе амплификации может привести к сбою сигнала и усложнить анализ результатов. Не переворачивайте стрипы при устновке в прибор.

Программирование амплификатора осуществлять согласно инструкции производителя прибора

1.  Включить прибор и запустить программу Bio-Rad CFX Manager.

2.  В стартовом окне необходимо выбрать Create a new Run (или в меню File выбрать New и далее Run…) .

3.  В окне Run Setup выбрать вкладку Protocol и нажать кнопку Create new…. В появившемся окне Protocol Editor - New задать параметры амплификации (время, температуру циклирования, количество циклов и указать шаг считывания флуоресцентного сигнала – см. табл.1). Задать объем реакционной смеси Sample Volume – 25 мкл для варианта FRT-100 F, 30 мкл для варианта FRT.

ВНИМАНИЕ! Для всех программ амплификации для каждого шага этапов циклирования, нажав на кнопку Step Options, задать скорость нагревания/охлаждения Ramp Rate 2,5 °С/sec.

Таблица 1

Программа амплификации ДНК ВПЧ 6 и 11 типов

Цикл	Температура, °C	Время	Измерение флуоресценции	Кол-во циклов
Hold/Удерж. темп-ры	95	15 мин	–	1
Cycling 1/ Циклирование 1	95	20 с	–	45
60	1 мин	FAM, HEX, ROX

Примечание – Данная программа амплификации является единой с программой амлификаци для набора реагентов «АмплиСенс® ВПЧ 16/18-FL».

ВНИМАНИЕ! Можно также использовать универсальную программу амплификации и детекции «АмплиСенс-1» (см. табл. 2). С использованием универсальной программы амплификации «АмплиСенс-1» можно одновременно проводить в одном приборе любое сочетание тестов по единой программе (например, совместно с тестами для выявления ДНК возбудителей ИППП). С использованием программы амплификации «ДНК ВПЧ ВКР 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типов» (для приборов планшетного типа: iCycler iQ5; «ДТ-96») можно одновременно проводить в одном приборе сочетание тестов для выявления ДНК ВПЧ ВКР и ДНК ВПЧ 6-11.

Аналитические характеристики данного набора реагентов при использовании универсальной программы амплификации «АмплиСенс-1» и «ДНК ВПЧ ВКР 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типов» для наборов реагентов «АмплиСенс® ВПЧ ВКР скрин-титр-FL» не изменяются.

Таблица 2

Программа амплификации «АмплиСенс-1» для приборов планшетного типа

Цикл	Температура, °С	Время	Измерение флуоресценции	Кол-во циклов
Hold/Удерж. темп-ры	95	15 мин	–	1
Cycling 1/ Циклирование 1	95	5 с	–	5
60	20 с	–
72	15 с	–
Cycling 2/ Циклирование 2	95	5 с	–	40
60	30 с	FAM, HEX, ROX
72	15 с	–

4.  Сохранить протокол, выбрав File и далее Save As в окне Protocol Editor New и задать имя файла. При последующих постановках можно выбрать файл с этой

программой во вкладке Protocol, нажав на кнопку Select Existing….

5.  Выбрав или отредактировав нужную программу, назначить ее использование, нажав кнопку ОК в нижней части окна.

6.  Во вкладке Plate нажать кнопку Create new…. В появившемся окне Plate Editor - New задать расположение пробирок в модуле. В меню Sample type выбрать Unknown. Нажав на кнопку Select Fluorophores…, выбрать галочками все флуорофоры, используемые в данной постановке и нажать ОК, затем задать галочками измерение флуоресцентного сигнала в выбранных пробирках по необходимым каналам. В окне Sample name задать название образцов.

7.  Сохранить схему планшета, выбрав File и далее Save As в окне Plate Editor New и задать имя файла. Выбрав или отредактировав нужную схему планшета, назначить ее использование, нажав кнопку ОК в нижней части окна.

8.  Поместить реакционные пробирки в ячейки амплификатора в соответствии с предварительно запрограммированной схемой планшета. Из вкладки Start Run запустить выполнение выбранной программы с заданной схемой планшета, нажав на кнопку Start Run, выбрать директорию для сохранения файла постановки. Сохранить эксперимент.

9.  После окончания программы приступить к анализу результатов.

Анализ результатов

По каналам FAM и HEX детектируется продукт амплификации ДНК, соответствующий специфической мишени, по каналу ROX детектируется продукт амплификации ВКО (внутреннего контрольного образца – участка β-глобинового гена). Результаты интерпретируются на основании наличия (или отсутствия) пересечения кривой флуоресценции S-образной формы с пороговой линией (устанавливается в середине линейного участка прироста флуоресценции положительного контроля в логарифмической шкале), что соответствует наличию (или отсутствию) значения порогового цикла Ct в соответствующей графе в таблице результатов.

Во вкладке Quantification представлены кривые флуоресценции, расположение пробирок в модуле и таблица со значениями пороговых циклов.

Вариант 1

Поочередно для каждого канала установить уровень пороговой линии (перетащить ее курсором при нажатой левой кнопке мыши) на 10-20 % от максимального уровня флуоресценции образцов ПКО в последнем цикле амплификации. При этом кривая флуоресценции ПКО должна пересекать пороговую линию на участке характерного экспоненциального подъема флуоресценции, переходящего в линейный подъем.

Вариант 2

Поочередно для каждого канала отметить галочкой Log Scale. Установить уровень пороговой линии (левой кнопкой мыши) на таком уровне, где кривые флюоресценции носят линейный характер и выше уровня шума.

Нажав на кнопку панели инструментов View/Edit Plate… возможно в появившемся окне задать название образцов и концентрации калибраторов.

Значения Ct для исследуемых образцов подлежат учету только в том случае, когда получены следующие результаты прохождения контрольных образцов:

-  в отрицательном контроле (В–) экстракции – ОКО – не должно быть каких-либо значений Ct;

-  в отрицательном контроле (К–) ПЦР – ДНК-буфер – не должно быть каких-либо значений Ct;

-  в положительном контроле (К+) ПЦР – ПКО ДНК ВПЧ 6, 11 типов и ДНК человека – должно появиться значение Ct по всем каналам.

Учет результатов

Учет результатов тестирования исследуемых образцов проводят в соответствии с граничными значениями Ct, указанными во вкладыше к набору реагентов. Пробы, в которых появились значения Ct по соответствующим каналам детекции, не превышающие граничное значение порогового цикла, указанное во вкладыше, считаются положительными.

Для формирования отчета о постановке необходимо выбрать на панели инструментов Tools, далее Reports… и сохранить сформированный документ.

Лист вносимых изменений

Редакция	Место внесения изменений	Суть вносимых изменений
27.09.11 LA	Титульная страница	Добавлены символ, наименование и адрес производителя
Значок «Изделие для in vitro диагностики» перемещен в правый нижний угол страницы
Удалена информация из нижнего колонтитула
По тексту	Добавлен раздел «Меры предосторожности» с таблицей реагентов, подлежащих маркировке, как содержащих опасные вещества
Термин «типы», употребляемый в отношении ВПЧ 6, 11 исправлен на «генотипы»
29.06.12 IvI	Нижний колонтитул	Добавлен каталожный номер для формы 1 REF R-V11-Mod(RG, iQ, Mx)
27.08.12 LA	Титульная страница	Символ IVD, обозначающий «изделие для in vitro диагностики» заменен на символ RUO «только для исследовательских целей»
21.09.12 LA	Назначение	Добавлено упоминание прибора СFX96 (Bio-Rad, США)
По тексту	Добавлена новая глава «Проведение амплификации и анализ результатов при помощи прибора СFX96 (Bio-Rad, США)»
11.10.12 IvI	Титульная страница	Символ RUO - только для исследовательских целей заменен на IVD- изделия для in vitro диагностики
12.11.12 IvI	Титульная страница	Добавлены подпись и печать директора ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии
11.01.13 IvI	Нижний колонтитул	Удалены каталожные номера для формата FRT формы 2: REF R-V11-100(RG), REF R-V11-100(iQ, Mx, Dt); добавлены каталожные номера для формата FRT формы 2 REF R-V11-100
30.07.13 ME	Назначение	Добавлена таблица «Соответствие названий флуорофоров и каналов детекции»
По тексту	Названия каналов детекции прописаны для каждой модели приборов в соответствии с протоколом № 20 от 26.02.13

[1] Название каналов детекции для соответствующего детектора см. в соответствующем разделе методических рекомендаций к набору реагентов.

[2] Данные ГН 2.2.5.1313-03 «Предельно допустимые концентрации (ПДК) вредных веществ в воздухе рабочей зоны». Класс опасности по ГОСТ 12.1.007-76. ССБТ. «Вредные вещества. Классификация. Общие требования безопасности».

[3] Использованы данные о коде опасности, факторах риска (R) и мерах предосторожности (S) фирмы Sigma-Aldrich (harmful – вредный для здоровья, highly flammable – легковоспламеняющийся).