Предсказание генов (стр. 1 )

Предсказание генов.

ФББ МГУ, 2 курс, весна 2006, Долудин Юрий

Часть 1. Поиск прокариотических генов

Задание: идентифицировать гены в фрагменте последовательности ДНК Escherichia coli при помощи программ ORF Finder и GeneMark и сравнить полученные результаты с аннотацией.

1.1 Оформите в виде таблицы CDS, указанные в аннотации к предложенной Вам последовательности ДНК .

результаты приведены в таблице

CDS из аннотации ecoli19
начало	конец	длина	рамка
<1	59	>59
101	763	662	-1
760	>863	>103

1.2  С помощью программы ORF Finder идентифицируйте открытые рамки считывания в последовательности ДНК.

Результаты приведены в таблице

CDS из аннотации ecoli19
начало	конец	длина	рамка
101	763	663	-2
435	818	384	+3
108	395	288	+3
632	862	231	+2
1	138	138	-3
760	861	102	-3

В результате работы с ORF Finder было найдено несколько ORF. Ниже представлен результат обработки программой Format лучшего результата. Помимо этого было представлено большое количество других результатов.

Score = 424 bits (1089), Expect = 3e-117

Identities = 220/%), Positives = 220/%), Gaps = 0/220 (0%)

Query 1 MMFWRIFRLELRVAFRHSAEIANPLWFFLIVITLFPLSIGPEPQLLARIAPGIIWVAALL 60

MMFWRIFRLELRVAFRHSAEIANPLWFFLIVITLFPLSIGPEPQLLARIAPGIIWVAALL

Sbjct 1 MMFWRIFRLELRVAFRHSAEIANPLWFFLIVITLFPLSIGPEPQLLARIAPGIIWVAALL 60

Query 61 SSLLALERLFRDDLQDGSLEQLMLLPLPLPAVVLAKVMAHWMVTGLPLLILSPLVAMLLG 120

SSLLALERLFRDDLQDGSLEQLMLLPLPLPAVVLAKVMAHWMVTGLPLLILSPLVAMLLG

Sbjct 61 SSLLALERLFRDDLQDGSLEQLMLLPLPLPAVVLAKVMAHWMVTGLPLLILSPLVAMLLG 120

Query 121 MDVYGWQVMALTLLLGTPTLGFLGAPGVALTVGLKRGGVLLSILVLPLTIPLLIFATAAM 180

MDVYGWQVMALTLLLGTPTLGFLGAPGVALTVGLKRGGVLLSILVLPLTIPLLIFATAAM

Sbjct 121 MDVYGWQVMALTLLLGTPTLGFLGAPGVALTVGLKRGGVLLSILVLPLTIPLLIFATAAM 180

Query 181 DAASMHLPVDGYLAILGALLAGTATLSPFATAAALRISIQ 220

DAASMHLPVDGYLAILGALLAGTATLSPFATAAALRISIQ

Sbjct 181 DAASMHLPVDGYLAILGALLAGTATLSPFATAAALRISIQ 220

1.3 С помощью программы GeneMark распознать гены в последовательности ДНК.

CDS из аннотации ecoli19
начало	конец	длина	рамка
101	763	662	-2
760	>861	101	-1

GeneMark. hmm PROKARYOTIC (Version 2.4a)

Model organism: default_genetic_code_11

Sat Feb 25 08:22:48 2006

Predicted genes

Gene Strand LeftEnd RightEnd Gene Class

# Length

1

>

Часть 2. Поиск эукариотических генов.

Задание: дан фрагмент ДНК из генома человека, содержащий альтернативно сплайсируемый ген. Ваша задача — найти две различные изоформы этого гена (неодинаковые выранивания двух белков с ДНК) и некодирующие экзоны используя программы GENSCAN, BlastX и Human Genome Browser (HGB).

2.1 С помощью программы GENSCAN выделить экзоны в последовательности ДНК и определить их тип.

Экзоны, предсказанные GenScan для human19
начало	конец	тип
384	442	Начальный
511	645	внутренний
893	989	Внутренний
1256	1353	Внутренний
1452	1556	Внутренний
1713	1781	Внутренний
1962	2109	Внутренний
2526	2585	Внутренний
2665	2754	Внутренний
2944	3062	Внутренний
3124	3191	Внутренний
3271	3526	Внутренний
3640	3724	Внутренний
4450	4541	Внутренний
4864	4999	Внутренний
5324	5506	Внутренний
5589	5741	внутренний

>gi|6572234|emb|CAB63049.1||OTTHUMP [Homo sapiens]
координаты по белку	координаты по ДНК
1	384
20	443
21	512
64	643
65	891
97	989
66	1243
187	1779
188	1960
252	2313
253	2526
272	2585
273	2665
302	2754
303	2944
341	3060
342	3122
364	3190
365	3270
450	3527
451	3632
477	3727
478	4447
509	4542
510	4682
528	4738
529	5041
552	5112
553	5318
662	5647

2.2 Выделить экзоны в последовательности ДНК с помощью программы BlastX и сравнить предсказания программ GENSCAN и BlastX.