Эволюционная модель (Занятие 11)
· Описание модельного филогенетического дерева:
Скобочная формула:
((((А:20,В:20):20,С:40):35,D:85):15,(Е:85,F:85):15);
Произвольное изображение структуры дерева, описанного вышеприведенной формулой
(расстояния указаны на длину в 100 нуклеотидов):
|
Расстояния от листьев до корня:
A | 90 |
B | 90 |
C | 90 |
D | 100 |
E | 100 |
F | 100 |
Данное дерево не является ультраметрическим т. к. в нем расстояния от корня до любого из листьев не равны (пример: корень – E: 15+85=100, корень – C: 15+35+40=90).
Описание внутренних ветвей:
Ø 2-5: {A, B,C, D} | {E, F}
Ø 2-3: {A, B,C} | {D, E,F}
Ø 3-4: {A, B} | {C, D,E, F}
Также топологию дерева можно описать в виде таблицы:
A B C D E F
* * * * + +
* * * + + +
* * + + + +
Изображение данного дерева в виде укорененной прямоугольной кладограммы:
+----- A | +---4 | | +---3 +----- B | | +---2 + C
| +-- D ---1 | +-- E | | +---5 | +-- F |
| |Ø Красным восклицательным знаком обозначено место переукоренения (задание I-5).
Изображение данного дерева как бескорневого "звездообразного" дерева:
Изображение “переукорененного” дерева в виде прямоугольной укорененной филограммы:
+-20- A | +-20-4 | | + +-20- B | | | + C +--30--2 | | +------ E | | | ---1 +--30--5 | | | +------ F | + D |
Данное дерево так же не является ультраметрическим: например: корень – E: 30+30+85=145, корень – D: 55.
Отдельно описывать топологию переукорененного дерева не имеет смысла, так как она не зависит от положения корня (при ее описании дерево считается бескорневым).
Скобочная формула “переукорененного” дерева:
((((A:20,B:20):20,C:40):35,(E:85,F:85):30):30,D:55);
· Построение эволюционной модели:
Применение данной эволюционной модели к гену белка AQPZ_ECOLI
(расстояния указаны на полную длину гена – 696 нуклеотидов):
