Партнерка на США и Канаду по недвижимости, выплаты в крипто

  • 30% recurring commission
  • Выплаты в USDT
  • Вывод каждую неделю
  • Комиссия до 5 лет за каждого referral

Молекулярная филогения гликозил-гидролаз и их гомологов (2 студента 1-3 курса).

Данная задача поставлена в рамках осуществления проекта по разработке иерархической классификации гликозил-гидролаз и их гомологов. На основе ныне существующей международной двухуровневой (семейство/клан) классификации, представленной на сайте CAZy, предполагается разработать многоуровневую (фолд/ суперсемейство/ клан/ семейство/ подсемейство) классификацию [1]. К настоящему времени нами уже разработаны основные принципы классификации и исследованы около десяти конкретных семейств.

Каждая студенческая работа будет представлять исследование одного конкретного семейства гликозил-гидролаз (или нескольких близкородственных). Целью работы является исследование филогенетических взаимоотношений белков внутри изучаемого семейства и выявление их эволюционных связей с другими семействами белков. На основании результатов работы будет уточнено место исследуемых белков в иерархической классификации гликозил-гидролаз.

Основные этапы и предполагаемые методические подходы для решения задачи:

– анализ литературы по классификации гликозил-гидролаз и освоение базы данных CAZy (http://afmb. cnrs-mrs. fr/CAZY/index. html);

– поиск новых представителей исследуемого семейства путём скрининга баз данных аминокислотных и нуклеотидных последовательностей (программы семейства blast), создание базы данных;

– попарное сравнение аминокислотных последовательностей (анализ результатов blast): выявление дублей (более 95% идентичности), неполных последовательностей (фрагменты белков), локальных сдвигов рамки считывания; предварительное разбиение семейства на подсемейства (более 30% идентичности);

НЕ нашли? Не то? Что вы ищете?

– множественное выравнивание отобранных последовательностей (программа BioEdit): определение доменной структуры белков, исправление локальных сдвигов рамки считывания, выявление возможных компонентов активных центров гликозил-гидролаз;

– филогенетический анализ с помощью программ из пакета Phylip, визуализация построенных филогенетических деревьев (программа TreeView): уточнение разбиения семейства на подсемейства;

– анализ подсемейств: выявление корреляций с таксономическим положением организмов-хозяев генов и с энзиматическими активностями ферментов;

– поиск отдалённых гомологов для белков анализируемого семейства (программа PSI-BLAST), определение их принадлежности к ранее известным семействам, сравнительный анализ белков-гомологов, выявление эволюционных взаимоотношений;

– уточнение существующей классификации гликозил-гидролаз в отношении изучаемой группы семейств.

В качестве примеров успешного решения аналогичных задач могут служить публикации [2,3,4].

Работа [4] выполнена студенткой ФББ

(http://kodomo. cmm. msu. su/~kuzzia/index. html) в качестве студенческого проекта

1. D. G. Naumoff. Development of a hierarchical classification of the TIM-barrel type glycoside hydrolases. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. July 16-22, 2006. *****ssia. V.1. P.294-298.

PDF: http://www. bionet. *****/meeting/bgrs2006/BGRS_2006_V1.pdf

2. D. G. Naumoff. GH97 is a new family of glycoside hydrolases, which is related to the α-galactosidase superfamily. BMC Genomics. 2005. V.6. Art.112.

PDF: http://www. /content/pdf/-112.pdf

3. . Филогенетический анализ α-галактозидаз семейства GH27. Молекулярная биология. 2004. Т.38. N.3. P.463-476.

PDF: http://bioinform. *****/members/Naumoff/MB2004E. pdf

4. A. Y. Kuznetsova, D. G. Naumoff. Phylogenetic analysis of COG1649, a new family of predicted glycosyl hydrolases. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. July 16-22, 2006. *****ssia. V.3. P.179-182.

PDF: http://www. bionet. *****/meeting/bgrs2006/BGRS_2006_V3.pdf

Руководитель:

с. н.с., к. б.н. (http://bioinform. *****/members/Naumoff/index. htm)

Лаборатория Биоинформатики (http://bioinform. *****/index. htm)

Государственный Научно-Исследовательский Институт Генетики и Селекции Промышленных Микроорганизмов (http://www. *****/)

Электронная почта: daniil_naumoff[a]***** и daniil_naumoff[a]

Телефон: