Царева д. а., Осолодкин д. и., а., Олиференко а. а., а., зефиров н. с.
МГУ, Москва, Россия
Применимость различных схем расчета атомных зарядов в моделировании 3D QSAR
Цель: исследование применимости различных схем расчета атомных зарядов в моделировании 3D QSAR.
Материалы и методы: исследование проводилось для различных классов ингибиторов GSK-3: алоизины, индирубины, малеимиды, пауллоны, пиридазины. Для расчета частичных атомных зарядов использовались 10 зарядовых схем: Гастайгера-Хюккеля, Пульман, AM1-BCC, MMFF 94, Левдина, Малликена, RESP, MK-ESP, Кирхгофа, ДРЭО (Динамической Релаксации ЭлектроОтрицательностей). Генерация трехмерных структур проводилась с помощью программы CONCOORD 8.0, расчет частичных атомных зарядов – с помощью программ SYBYL 8.0, PC-GAMESS, ANTECHAMBER, SW-NAME и собственных программ. Построение моделей CoMFA и CoMSIA производилось с использованием программы SYBYL 8.0.
Результаты: построены модели CoMFA и CoMSIA для исходных выборок с использованием всех предложенных зарядовых схем; установлено влияние схемы расчета частичных атомных зарядов на воспроизводимость, точность и предсказательную способность моделей 3D QSAR; показано, что топологические схемы дают наиболее стабильные результаты при моделировании, а качество моделей 3D QSAR на основе схем RESP и MK-ESP зачастую непредсказуемо.
Выводы: результаты моделирования 3D QSAR зависят от используемой зарядовой схемы; лучшие результаты при построении моделей CoMFA и CoMSIA были получены с использованием зарядовой схемы ДРЭО.
