Партнерка на США и Канаду по недвижимости, выплаты в крипто
- 30% recurring commission
- Выплаты в USDT
- Вывод каждую неделю
- Комиссия до 5 лет за каждого referral
Поисковая система SRS
Алгоритм работы над заданием.
По заданию, я определила, в каких группах находятся банки данных Swiss-Prot, EMBL и PDB. Результаты занесены в таблицу 1.
Определила, какие таксоны в документах Swiss-Prot начинаются на "ga"? Определила английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" и количество документов в банке Swiss-Prot, описывающих белки из этого таксона. Результаты занесены в таблицу 2.
Составила выборку белков из таксона "гамма-протеобактерии", которые выполняют функцию, сходную с функцией ASSY_ECOLI (заполнила таблицу 4).
Нашла все документы, описывающие белки из таксона "гамма-протеобактерии", которые в поле DE содержат описание ASSY_ECOLI.
Отобразила результат поиска так, чтобы отображались только поля с именем документа (ID), кодом доступа (Accession number), названием организма (Species) и таксономией (Taxonomy). Отсортировала по названию организма.
Занесла в таблицу 3 строку запроса и количество найденных документов, а в таблицу 4 — соответствующую информацию про найденные белки.
Были найдите (одним запросом к банку UniRef100) белки из организмов Yersinia pestis и Vibrio cholerae, которые выполняют функцию, сходную с функцией ASSY_ECOLI. Информацию о запросе занесла в таблицу 3.
Таблица 1. Группы банков данных.
Банк данных | Группа |
Swiss-Prot | UniProt Universal Protein Resource |
EMBL | Gene Dictionaries and Ontologies (Nucleotide sequence databases) |
PDB | Other protein sequence databases(Protein function, structure and interaction databases (Protein structure databases)) |
Таблица 2. Таксон гамма-протеобактерии
Название таксона | gammaproteobacteria |
Количество документов в Swiss-Prot | 33890 |
Таблица 3. Запросы
Цель | Строка запроса | Количество найденных документов |
Поиск ASSY_ECOLI по Accession number | Query "[swissprot-AccNumber:P0A6E4*]" | 1 |
Поиск ASSY_ECOLI по Accession number | Query "[swissprot-AccNumber:P22767*]" | 2 |
Поиск белков из таксона "гамма-протеобактерии", которые выполняют функцию, сходную с функцией ASSY_ECOLI | Query "(([uniprot-Description:Citrulline--aspartate*] & [uniprot-Description:ligase*]) & [uniprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) " | 41 |
Поиск по банку Swissprot белков из организмов Yersinia pestis и Vibrio cholerae, которые выполняют функцию, сходную с функцией ASSY_ECOLI | "([swissprot-Description:citrulline--aspartate*] & (([swissprot-Organism:Yersinia*] & [swissprot-Organism:pestis*]) | ([swissprot-Organism:Vibrio*] & [swissprot-Organism:cholerae*]))) " | 2 |
Таблица 4. Описание выборки
№ | ID | AC | Организм | Таксон |
1 | ASSY_BUCAI | P57158 | BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP ACYRTHOSIPHON PISUM ACYRTHOSIPHON PISUM SYMBIOTIC | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA |
2 | ASSY_BUCAP | Q8KA60 | BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP SCHIZAPHIS GRAMINUM | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA |
3 | ASSY_BUCBP | P59412 | BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP BAIZONGIA PISTACIAE | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA |
4 | ASSY_ECO57 | Q8X9M0 | ESCHERICHIA COLI O157:H7 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA |
5 | ASSY_ECOL6 | P0A6E5 | ESCHERICHIA COLI O6 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA |
6 | ASSY_ECOLI | P0A6E4 | ESCHERICHIA COLI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA |
7 | ASSY_ERWCA | P55744 | ERWINIA CAROTOVORA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE PECTOBACTERIUM |
8 | ASSY_ERWCH | P42181 | ERWINIA CHRYSANTHEMI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE DICKEYA |
9 | ASSY_HAEIN | P44315 | HAEMOPHILUS INFLUENZAE | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE HAEMOPHILUS |
10 | ASSY_IDILO | Q5QWZ9 | IDIOMARINA LOIHIENSIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ALTEROMONADALES IDIOMARINACEAE IDIOMARINA |
11 | ASSY_LEGPA | Q5X7P9 | LEGIONELLA PNEUMOPHILA STRAIN PARIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA LEGIONELLALES LEGIONELLACEAE LEGIONELLA |
12 | ASSY_LEGPH | Q5ZY78 | LEGIONELLA PNEUMOPHILA SUBSP PNEUMOPHILA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA LEGIONELLALES LEGIONELLACEAE LEGIONELLA |
13 | ASSY_LEGPL | Q5WZ50 | LEGIONELLA PNEUMOPHILA STRAIN LENS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA LEGIONELLALES LEGIONELLACEAE LEGIONELLA |
14 | ASSY_METCA | Q609X7 | METHYLOCOCCUS CAPSULATUS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA METHYLOCOCCALES METHYLOCOCCACEAE METHYLOCOCCUS |
15 | ASSY_MORB | Q9K4Y8 | MORITELLA ABYSSI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ALTEROMONADALES MORITELLACEAE MORITELLA |
16 | ASSY_MORPR | Q9K4Z3 | MORITELLA PROFUNDA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ALTEROMONADALES MORITELLACEAE MORITELLA |
17 | ASSY_PASMU | P57877 | PASTEURELLA MULTOCIDA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE PASTEURELLA |
18 | ASSY_PHOLL | Q7MYD8 | PHOTORHABDUS LUMINESCENS SUBSP LAUMONDII | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE PHOTORHABDUS |
19 | ASSY_PHOPR | Q6LVG8 | PHOTOBACTERIUM PROFUNDUM PHOTOBACTERIUM SP STRAIN SS9 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE PHOTOBACTERIUM |
20 | ASSY_PSEAE | Q9HY84 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PSEUDOMONADALES PSEUDOMONADACEAE PSEUDOMONAS |
21 | ASSY_PSEPK | P59604 | PSEUDOMONAS PUTIDA STRAIN KT2440 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PSEUDOMONADALES PSEUDOMONADACEAE PSEUDOMONAS |
22 | ASSY_PSESM | Q87XM3 | PSEUDOMONAS SYRINGAE PV TOMATO | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PSEUDOMONADALES PSEUDOMONADACEAE PSEUDOMONAS |
23 | ASSY_SALTI | Q8Z3H5 | SALMONELLA TYPHI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
24 | ASSY_SALTY | Q8ZLT0 | SALMONELLA TYPHIMURIUM | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
25 | ASSY_SHEON | Q8EK28 | SHEWANELLA ONEIDENSIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ALTEROMONADALES SHEWANELLACEAE SHEWANELLA |
26 | ASSY_SHIFL | P59609 | SHIGELLA FLEXNERI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
27 | ASSY_VIBCH | Q9KNT8 | VIBRIO CHOLERAE | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
28 | ASSY_VIBF1 | Q5E2E7 | VIBRIO FISCHERI STRAIN ATCC 700601 / ES114 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
29 | ASSY_VIBPA | P59605 | VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
30 | ASSY_VIBVU | Q8DCN0 | VIBRIO VULNIFICUS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
31 | ASSY_VIBVY | Q7MH72 | VIBRIO VULNIFICUS STRAIN YJ016 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
32 | ASSY_XANAC | Q8PK26 | XANTHOMONAS AXONOPODIS PV CITRI | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA XANTHOMONADALES XANTHOMONADACEAE XANTHOMONAS |
33 | ASSY_XANCP | Q8P8J4 | XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV CAMPESTRIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA XANTHOMONADALES XANTHOMONADACEAE XANTHOMONAS |
34 | ASSY_XYLFA | Q9PEM9 | XYLELLA FASTIDIOSA | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA XANTHOMONADALES XANTHOMONADACEAE XYLELLA |
35 | ASSY_XYLFT | P59606 | XYLELLA FASTIDIOSA STRAIN TEMECULA1 / ATCC 700964 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA XANTHOMONADALES XANTHOMONADACEAE XYLELLA |
36 | ASSY_YERPE | Q8ZFV7 | YERSINIA PESTIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA |
37 | Q3IHT8_PSEHT | Q3IHT8 | PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANKTIS STRAIN TAC 125 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ALTEROMONADALES PSEUDOALTEROMONADACEAE PSEUDOALTEROMONAS |
38 | Q65SH4_MANSM | Q65SH4 | MANNHEIMIA SUCCINICIPRODUCENS STRAIN MBEL55E | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE MANNHEIMIA |
39 | Q66C31_YERPS | Q66C31 | YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA |
40 | Q6DAZ8_ERWCT | Q6DAZ8 | ERWINIA CAROTOVORA SUBSP ATROSEPTICA PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE PECTOBACTERIUM |
41 | Q6FD28_ACIAD | Q6FD28 | ACINETOBACTER SP STRAIN ADP1 | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE PECTOBACTERIUM |
