К набору реагентов «АмплиСенс® Yersinia pestis-FL» «ПЦР-комплект» вариант FRT

ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора ВКЛАДЫШ К набору реагентов «АмплиСенс® Yersinia pestis-FL» «ПЦР-комплект» вариант FRT Формат FRT Форма 1:REF R-B79(RG,iQ,Dt) Приборы роторного типа (Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000, Rotor-Gene Q и др.) Настройки для приборов Канал Threshold/Порог More Settings/Outlier Removal/Устранение выбросов Slope Correct/ Коррект. уклона Eliminate Cycles before/Исключить циклы FAM/Green 0,03 10 % включена 5 JOE/Yellow 0,03 10 % включена 5 Примечание – В том случае, если кривые флуоресценции по каналу JOE/Yellow не соответствуют экспоненциальному росту, установить значение порога отрицательных проб (NTC threshold/Порог Фона - ПФ) равным 15 %. Приборы планшетного типа (iCycler iQ, iQ5, «ДТ-96» и др.) Настройки для приборов iCycler iQ, iQ5 При анализе результатов амплификации по каждому из каналов установить следующие параметры: в меню Base Line Cycles выбрать User Defined, Select all, Edit Range и задать Start Cycle = 2, Ending Cycle = 20 (по каналу FAM/FAM-490), Start Cycle = 2, Ending Cycle = 10 (по каналу JOE/HEX/JOE-530). В меню Crossing Threshold выбрать User Defined, задать Threshold Position для канала FAM/FAM-490 – 50, для канала JOE/HEX/JOE-530 – 100. «ДТ-96» 1. Установить Критерий положительного результата ПЦР – 60 %, Величина Threshold – 10, Критерии достоверности результата: нижняя граница/порог положительного результата – 5 %. Опцию Нормализация данных не использовать (галочка в соответствующем окне должна отсутствовать). 2.Отключить Фитирование (сглаживание) данных при помощи кнопки Ф. 3. Поочередно для каналов Fam, Hex установить уровень пороговой линии. Рекомендуемая пороговая линия для всех каналов – 20. В том случае, если кривые флуоресценции пересекают пороговую линию, не имея характерную сигмоидную форму, уровень пороговой линии необходимо повысить. Граничные значения порогового цикла Ct Образец Прибор Rotor-Gene 3000/6000/Q iCycler iQ, iQ5 «ДТ-96» FAM/Green JOE/Yellow FAM/FAM-490 JOE/HEX/JOE-530 Fam Hex Детекция ВКО Детекция Y. pestis Детекция ВКО Детекция Y. pestis Детекция ВКО Детекция Y. pestis ОК < 24 - < 28 - < 28 - К+ < 27 < 23 < 31 < 30 < 31 < 30 Исследуемые образцы < 27 < 38 < 31 < 39 < 30 < 39

ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора ВКЛАДЫШ К набору реагентов «АмплиСенс® Yersinia pestis-FL» «ПЦР-комплект» вариант FRT Формат FRT Форма 1:REF R-B79(RG,iQ,Dt) Приборы роторного типа (Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000, Rotor-Gene Q и др.) Настройки для приборов Канал Threshold/Порог More Settings/Outlier Removal/Устранение выбросов Slope Correct/ Коррект. уклона Eliminate Cycles before/Исключить циклы FAM/Green 0,03 10 % включена 5 JOE/Yellow 0,03 10 % включена 5 Примечание – В том случае, если кривые флуоресценции по каналу JOE/Yellow не соответствуют экспоненциальному росту, установить значение порога отрицательных проб (NTC threshold/Порог Фона - ПФ) равным 15 %. Приборы планшетного типа (iCycler iQ, iQ5, «ДТ-96» и др.) Настройки для приборов iCycler iQ, iQ5 При анализе результатов амплификации по каждому из каналов установить следующие параметры: в меню Base Line Cycles выбрать User Defined, Select all, Edit Range и задать Start Cycle = 2, Ending Cycle = 20 (по каналу FAM/FAM-490), Start Cycle = 2, Ending Cycle = 10 (по каналу JOE/HEX/JOE-530). В меню Crossing Threshold выбрать User Defined, задать Threshold Position для канала FAM/FAM-490 – 50, для канала JOE/HEX/JOE-530 – 100. «ДТ-96» 1. Установить Критерий положительного результата ПЦР – 60 %, Величина Threshold – 10, Критерии достоверности результата: нижняя граница/порог положительного результата – 5 %. Опцию Нормализация данных не использовать (галочка в соответствующем окне должна отсутствовать). 2.Отключить Фитирование (сглаживание) данных при помощи кнопки Ф. 3. Поочередно для каналов Fam, Hex установить уровень пороговой линии. Рекомендуемая пороговая линия для всех каналов – 20. В том случае, если кривые флуоресценции пересекают пороговую линию, не имея характерную сигмоидную форму, уровень пороговой линии необходимо повысить. Граничные значения порогового цикла Ct Образец Прибор Rotor-Gene 3000/6000/Q iCycler iQ, iQ5 «ДТ-96» FAM/Green JOE/Yellow FAM/FAM-490 JOE/HEX/JOE-530 Fam Hex Детекция ВКО Детекция Y. pestis Детекция ВКО Детекция Y. pestis Детекция ВКО Детекция Y. pestis ОК < 24 - < 28 - < 28 - К+ < 27 < 23 < 31 < 30 < 31 < 30 Исследуемые образцы < 27 < 38 < 31 < 39 < 30 < 39