Рабочая программа дисциплины по выбору «Частная микробиология и систематика микроорганизмов» (стр. 4 )

4. Генотипические характеристики и филогенетические связи микроорганизмов. Определение и анализ нуклеотидных последовательностей гена(ов) 16S рРНК. Риботипирование. Рестрикционные профили ДНК. Полимеразная цепная реакция (ПЦР). ДНК-зонды. Идентификация insitu. Принципы построения филогенетических деревьев.

5. Хемотаксономия. Диагностические компоненты клеточной стенки. Особенности липидного состава клеток бактерий. Таксономическая специфичность состава жирных кислот целых клеток, фосфолипидов, гликолипидов, изопреноидных хинонов дыхательной цепи, миколовых кислот, полиаминов, пигментов и т. д. Маркерные белки. Методы определения хемотаксономических характеристик.

6. Белковые профили микроорганизмов в классификации и идентификации.

7. Серологические методы в систематике.

8. Использование методов аналитического пиролиза и инфракрасной спектрометрии в систематике и идентификации микроорганизмов.

9. Нумерическая таксономия. Компьютерная идентификация. Компьютерные программы кластерного анализа.

10. Определители бактерий. Принципы систематизации прокариот в определителе Берджи (Берджи, 1994).

11. Аноксигенныефототрофныеэубактерии. Пурпурные серные бактерии (сем.Chromatiaceae) и пурпурные несерные бактерии (сем.Rhodospirillaceae). Морфологическое разнообразие, организация и функционирование фотосинтетического аппарата, фотосинтетические пигменты. Потребность в экзогенных донорах электронов. Источники углерода и азота. Отношение к кислороду. Разнообразие метаболических возможностей пурпурных бактерий. Зеленые бактерии (порядок Chlorobiales). Морфология. Организация фотосинтетического аппарата. Особенности метаболизма зеленых бактерий. Гелиобактерии и эритробактерии. Особенности метаболизма. Экология аноксигенныхфототрофныхэубактерий.

12. Сульфатредуцирующие эубактерии. Морфология. Метаболизм. Механизм сульфатного дыхания. Анаболизм сульфатредуцирующихэубактерий. Сульфатредукторы с неполным окислением субстрата (ацетогенные) и полным окислением субстрата. Функционирование ацетил-КоА-пути у сульфатредукторов. Распространение сульфатредуцирующих бактерий в природе. Сульфатредукторы как важная группировка вторичных анаэробов. Роль в круговороте серы. Анаэробная коррозия железа.

13. Аэробные хемолитотрофные бактерии. Тионовые бактерии. Морфология, метаболизм, распространение и роль в природе. Нитрифицирующие бактерии. Морфология, метаболизм, экологическое значение. Железоокисляющие и марганецокисляющие бактерии. Морфология, метаболизм. Механизм окисления Fe2+ Thiobacillusferrooxidans. Магнитные бактерии.

14. Архебактерии. Отличия архебактерий от эубактерий. Черты сходства архебактерий с эукариотами.

15. Метанообразующие бактерии (метаногены).Мофологияметаногенов. Хемотаксономические особенности метаногенов. Метаболизм метаногенов. Водородные, ацетокластические, метилотрофныеметаногены. Механизм образования СН4. Отношение метаногенов к факторам внешней среды (t, рН, минерализация среды). Распространение метаногенов в природе и их роль. Систематика метаногенов. Практическое использование. Получение биогаза.

16. Экстремальные галофилы (галобактери).Мофологиягалобактерий. Хемотаксономические особенности галобактерий. Особенности ДНК галобактерий. Механизмы осмофилии. Метаболизм. Механизм бесхлорофильного фотосинтеза. Систематика галобактерий. Натронобактерии. Места обитания экстремальныхгалофилов.

Экстремальные термофилы и гипертермофилы. Температурный диапазон термофильных архей. Кренархеоты. Отношение термофильных архей к рН среды. Механизмы термофилии. Мофология. Хемотаксономические особенности. Конструктивный и энергетический метаболизм экстремально термофильных архей. Аэробное и анаэробное (серное) дыхание, брожение. Систематика экстремальных термофилов и гипертермофилов. Места обитания экстремальных термофилов и гипертермофилов.

17. Актиномицеты. Общие сведения об актиномицетах. Морфология. Метаболизм. Биологически активные вещества актиномицетов. Отношение к факторам внешней среды. Распространение. Систематика актиномицетов. Методы изучения и принципы идентификации актиномицетов. Группы актиномицетов. Нокардиоформные актиномицеты. Роды с многогнездовыми спорангиями. Актинопланы. Стрептомицеты. Мадуромицеты. Термоактиномицеты.

18. Систематика грибов.

19. Миксомицеты.

20. Класс Chytridiomycetes. Общая характеристика. Порядок хитридиевые (Chytridiales). Порядок бластокладиевые (Blastocladiales). Порядок моноблефаридовые (Monoblepharidales). Экология хитридиевых грибов.

21. Класс Oomycetes. Общая характеристика. Распространение и значение оомицетов.

22. Класс Trichomycetes. Положение трихомицетов в системе других организмов. Главнейшие порядки трихомицетов: амебидиевые (Amoebidiales), эккриновые (Eccrinales), гарпелловые (Harpellales).

23. Класс Zygomycetes. Общая характеристика. Порядок Мукоровые (Mucorales). Порядок энтомофторовые (Entomophthorales). Порядок зоопаговые (Zoopagales).

24. Класс Ascomycetes. Общая характеристика. Цикл размножения аскомицетов. Подкласс голосумчатые или гемиаскомицеты (Hemiascomycetidae). Порядок эндомицетовые (Endomycetales). Сахаромицеты (семейство Saccharomycetaceae). Порядок тафриновые (Taphrinales). Порядок протомицетовые (Protomycetales). Порядок аскосферовые (Ascosphaerales). Подкласс эуаскомицеты (Euascomycetidae). Порядок эуроциевые (Eurotiales). Порядок онигеновые (Onygenales). Порядок микроасковые (Mickroascales). Порядок эризифовые (Erysiphales). Порядок Сферейные (Sphaeriales). Порядок Диопортовые (Dioporthales). Порядок Гипокрейные (Hypocreales). Порядок спорыньевые, или клавицепеовые (Clavicipitales). Экология эуаскомицетов, практическое значение.

25. Класс Basidiomycetes. Циклы развития базидиальных грибов. Микроскопические базидиомицеты. Порядок экзобазидиальные(Exobasidiales). Экзобазидиальные грибы – паразиты цветковых растений. Группа порядков гастеромицеты. Подклассы: гетеробазидиальные грибы (Heterobasidiomycetidae) и телиоспоромицеты (Theliosporomycetidae). Телиоспоромицеты. Цикл развития. Порядок головневые (Ustilaginales). Порядок ржавчинные (Uredinales).

26. Класс Deuteromycetes. Общая характеристика дейтеромицетов. Дейтеромицеты как продуценты биологически активных веществ. Порядок Hyphomycetales. Семейство монилиевые (Moniliaceae), семейство демациевые (Dematiaceae), семейство стильбелловые, иликоремиальные (Stilbellaceae), семейство туберкуляриевых (Tuberculariaceae). Экологические группы гифомицетов: почвенные, ксилофильные, паразиты растений, хищные, водные, микофильные, энтомофильные и др. Энтомопатогенные дейтеромицеты (родаVerticillium, Paecelomyces, Beauveria, Metarhizium). Грибы рода Trichoderma. Порядок меланкониальные (Melanconiales). Порядок сферопсидальные (Cphaeropsidales). Порядок стерильные мицелии (Myceliasterilla, или Agonomycetales).

7. ФОРМЫ ПРОМЕЖУТОЧНОГО И ИТОГОВОГО КОНТРОЛЯ:

В соответствии с учебным планом дисциплина «Частная микробиология и систематика микроорганизмов» на биолого-почвенном факультете преподается на 3-м курсе (6 семестр). Формы промежуточного контроля: рефераты, тестирование, оценки по разделам программы. Защита лабораторных работ – оформление результатов лабораторного занятия и их интерпретация, защита отчетов. Форма итогового контроля – экзамен. Система оценок: пятибалльная.

8. УЧЕБНО-МЕТОДИЧЕСКОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ КУРСА

Интернет-источники

http://microbiol. ru

http: //micro.

http://mikrobio.

http://www. antibiotic. ru

http://microbes-extremal

Оборудование

1.  Мультимедиапроектор

2.  Ноутбук

3.  Кодоскоп

4.  Комплект микробиологической лаборатории

5.  Микроскоп бинокулярный AxiostarPlusCart

6.  Микроскопы «Биолам»

7.  Микроскопы МБС-10,9

8.  Окуляр-микрометры винтовые МОВ 1-15

9.  Фазово-контрастное устройство КФ-4

10.  Темнопольные конденсоры

11.  Камеры Горяева

12.  Весы аналитические ВЛА

13.  Весы электронные СAS 120

14.  Колориметр КФК-77

15.  Стерилизатор ВК-75 (автоклав)

16.  Сушильный шкаф ТС-80

17.  Термостаты Т-80 и СКБ

18.  Холодильник «Стинол»

19.  Электроплита

Материалы

1.  Микробиологическая посуда

2.  Питательные среды

3.  Бактериологический агар

4.  Набор реактивов

5.  Коллекции культур микроорганизмов (актиномицетов, грибов)

6.  Плакаты: «Морфология актиномицетов», «Морфология микроскопических грибов», «Систематика грибов».

7.  Иллюстрации: «Дыхательные цепи аэробных хемолиторофных бактерий», «Роль микроорганизмов в круговороте углерода», «Роль микроорганизмов в круговороте азота», «Роль микроорганизмов в круговороте серы».

ЛИТЕРАТУРА

Основная

1.  Гусев : Учеб. для студ. биол. специальностей вузов / , . – 4-е изд. – М.: Академия, 2003. – 463 с.

2.  Емцев : Учеб. для вузов / , . – 5-е изд., перераб. и доп. – М.: Дрофа, 2005. – 445 с.

3.  Огарков – защитники, целители и разрушители / , , . - Иркутск: ГУНЦ РВХ ВСНЦ СО РАМН, 2008. – 248 с.

4.  Борисов микробиология, вирусология, иммунология / . – М.: Медицинское информационное агентство, 2002. – 734 с.

Дополнительная

1.  Практикум по микробиологии: Учеб. пособие для студ. вузов / [и др.]; Под ред. . – М.: Академия, 2005. – 604 с.

2.  Определитель актиномицетов / [и др.]. – М.: Наука, 1983. – 248 с.

3.  Теппер по микробиологии: Учеб. пособие для студ. вузов, обуч. по спец. 012400 "Микробиология" и биолог. спец./ , , . - М.: Дрофа, 2004.

4.  Определитель бактерий Берджи: В 2 т. Пер. с англ. под ред. / Под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита и др. – М.: Мир, 1997. – Т. 1. – 432 с.; Т. 2. – 368 с.

5.  Огарков на основе грибов / , , . - Иркутск: Изд-во ИГУ, 2005. -233 с.

6.  Огарков ВосточнойСибири / , – Иркутск: Изд-во. Иркут. ун-та, 2000. – 134 с.

7.  Огарков антагонистических и гиперпаразитных грибов в борьбе с болезнями растений / , : Метод. пособие. – Иркутск: Иркут. ун-т, 2003. – 37 с.

8.  Жизнь растений: В 6 т. – М.: Просвещение, 1976. – Т. 2: Грибы. – 479 с.

9.  Егорова биотехнологии / , , . – М.: Академия, 2006. – 208 с.

10.  Егоров учения об антибиотиках / – М.: Изд-во МГУ, 2003.

11.  Патогены насекомых: структурные и функциональные аспекты / Под ред. . – М.: Круглый год, 2001. – 736 с.

12.  Биологическая защита растений / , Ф. С.-У. Джалилов, и др.; Под ред. . – М.: КолосС, 2004. – 264 с.

13.  Заварзин в природоведческую микробиологию / , . – М.: Университет, 2001. – 255 с.

14.  Бациллы. Генетика и биотехнология: Пер. с англ. / Н. Амбулос, Р. Арчибальд, Т. Аткинсон и др.; Под ред. К. Харвуда. – М.: Мир, 1992. – 531 с.

ДОПОЛНЕНИЯ И ИЗМЕНЕНИЯ В РАБОЧЕЙ ПРОГРАММЕ

за _________/_________ учебный год

В рабочую программу _______________________________________________

(наименование дисциплины)

Для специальности _____________________________________________

(номер специальности)

Вносятся следующие дополнения и изменения:

Дополнения и изменения внес __________________________________________________________________

(должность, ФИО, подпись)

Рабочая программа пересмотрена и одобрена на заседании Ученого совета факультета

__________________________________________________________________

(наименование факультета)

«___» _______________ 20___ г.

Председатель Ученого совета __________________ _____________________

(подпись) (ФИО)