Резюме
РЕЗЮМЕ
Фамилия: | Есюнина |
Имя: | Дарья Михайловна |
Дата рождения: | 18 мая 1988 |
Место рождения: | Киров, Россия |
Гражданство: | Российское |
Рабочий адрес: Телефон | Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов, Институт молекулярной генетики РАН, площадь академика Курчатова, 2, Москва, Россия, 123060 +7 (495) 196 00 15 *****@***ru |
Опыт работы
2014-настоящее время – научный сотрудник, Институт молекулярной генетики РАН, Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов
2011-2014 – младший научный сотрудник, Институт молекулярной генетики РАН, Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов
2010-2013 – аспирантура на Биологическом факультете МГУ им. , Кафедра молекулярной биологии
2011 – краткосрочная стажировка, Институт биотехнологии, Вильнюс, Литва
2010 – защита диплома с отличием
2005-2010 – студент Биологического факультета МГУ им. , Кафедра молекулярной биологии
Членство в биохимических обществах
2013-настоящее время – FEBS Society member
2012-настоящее время – Biochemical Society member
Премии и заслуги
2014 - приз за лучший постерный доклад на 76th Harden Conference Total Transcription, September 1-5, 2014, Cambridge, UK;
2014 - победитель конкурса «Будущее молекулярной генетики» среди молодых научных сотрудников ИМГ РАН;
2013 - диплом за лучший доклад на стендовой сессии молодых ученых на юбилейной конференции, посвященной 35-летию ИМГ РАН;
2009 - премия имени за лучшую курсовую работу на Кафедре молекулярной биологии МГУ;
2008 - стипендия имени академика
Сведения о научной работе
На 4 курсе выполняла курсовую работу в ИМГ РАН в Лаборатории молекулярной генетики микроорганизмов (ЛМГМ) под руководством зав. лабораторией, д. б.н. и аспиранта (на время выполнения) ЛМГМ ИМГ РАН по теме «Роль σ-субъединицы РНК-полимеразы в инициации транскрипции на однонитевых ДНК-матрицах». Курсовая работа защищена на оценку «отлично», за нее была получена премия имени . На 5 курсе выполняла дипломную работу в ИМГ РАН в Лаборатории молекулярной генетики микроорганизмов (ЛМГМ) под руководством зав. лабораторией, д. б.н. и аспиранта (на время выполнения) ЛМГМ ИМГ РАН по теме «Поиск факторов, определяющих межвидовые различия в реакции расщепления РНК РНК-полимеразами E. coli и D. radiodurans». Дипломная работа защищена на оценку «отлично».
С октября 2010 года по сентябрь 2013 года являлась аспирантом МГУ имени и выполняла работу над кандидатской диссертацией в ИМГ РАН по теме "Особенности реакции расщепления РНК и регуляции активности у РНК-полимераз Deinococcus radiodurans, Thermus aquaticus и Thermus thermophilus" под руководством д. б.н. Кульбачинского степень кандидата биологических наук присуждена 19 декабря 2013 года. С 2011 г. по настоящее время являюсь младшим научным сотрудником ЛМГМ ИМГ РАН.
Основной областью научных интересов является изучение механизмов транскрипции и регуляции экспрессии генов у прокариот, анализ механизмов функционирования и регуляции работы бактериальной РНК-полимеразы на разных стадиях транскрипции.
Являюсь участником грантов РФФИ, РНФ, Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», ранее являлась участником исследований по государственным контрактам в рамках Федеральной целевой программы "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России", а также грантов Президента для докторов и кандидатов наук. Являюсь руководителем гранта РФФИ мол_а. Результаты исследований неоднократно докладывались на российских и международных научных конференциях и отражены в 8 публикациях в международных журналах.
Навыки работы
Клонирование, сайт-направленный мутагенез, экспрессия и выделение белков, жидкостная хроматография, бактериальная дигибридная система, флуоресцентные методы при работе с культурами клеток и белками/нуклеиновыми кислотами, метод быстрых кинетик, методы транскрипции in vitro и футпринтинга, ведение и работа с бактериальными культурами, ДНК-белковые сшивки, EMSA.
Список публикаций
Статьи
1. , Кульбачинский и характеристика рекомбинантной РНК-полимеразы Deinococcus radiodurans. Биохимия, 2015; 80 (10): 1542-1550.
2. Esyunina D, Klimuk E, Severinov K, Kulbachinskiy A. Distinct pathways of RNA polymerase regulation by a phage-encoded factor. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Feb 17;112(7):2017-22.
3. Basu RS, Warner BA, Molodtsov V, Pupov D, Esyunina D, Fernandez-Tornero C, Kulbachinskiy A, Murakami KS. Structural basis of transcription initiation by bacterial RNA polymerase holoenzyme. J Biol Chem. 2014 Aug 29;289(35):24549-59.
4. Tagami S, Sekine S, Minakhin L, Esyunina D, Akasaka R, Shirouzu M, Kulbachinskiy A, Severinov K, Yokoyama S. Structural basis for promoter specificity switching of RNA polymerase by a phage factor. Genes Dev. 2014 Mar 1;28(5):521-31.
5. Miropolskaya N*, Esyunina D*, Klimasauskas S, Nikiforov V, Artsimovitch I, Kulbachinskiy A. Interplay between the trigger loop and the F loop during RNA polymerase catalysis. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(1):544-52.
6. Pupov D*, Esyunina D*, Feklistov A, Kulbachinskiy A. Single-strand promoter traps for bacterial RNA polymerase. Biochem J. 2013 Jun 1;452(2):241-8.
7. Berdygulova Z*, Esyunina D*, Miropolskaya N, Mukhamedyarov D, Kuznedelov K, Nickels BE, Severinov K, Kulbachinskiy A, Minakhin L. A novel phage-encoded transcription antiterminator acts by suppressing bacterial RNA polymerase pausing. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):4052-63.
8. Zhilina E, Esyunina D, Brodolin K, Kulbachinskiy A. Structural transitions in the transcription elongation complexes of bacterial RNA polymerase during sigma-dependent pausing. Nucleic Acids Res. 2012 Apr;40(7):3078-91.
*- совместное первое авторство
Участие в конференциях
1. Esyunina D., Agapov A., Pupov D., Kulbachinskiy A. «Catalytic properties and regulation of RNA polymerase from Deinococcus radiodurans», FASEB conference Mechanism and Regulation of Prokaryotic Transcription, June 21-26, 2015, Saxton River, VT, USA
2. Daria Esyunina, Andrey Kulbachinskiy, «Distinct modes of transcription antitermination by the p7 protein of Xanthomonas oryzae phage xp10», 76th Harden Conference Total Transcription, September 1-5, 2014, Cambridge, UK, p. 19;
3. Natalia Miropolskaya, Daria Esyunina, Andrey Kulbachinskiy, «Role of the f loop in the active centre of bacterial RNA polymerase in the reactions of RNA synthesis and RNA cleavage», 76th Harden Conference Total Transcription, September 1-5, 2014, Cambridge, UK, p. 30;
4. Danil Pupov, Daria Esyunina, Ritwika S. Basu, Katsushiko S. Murakami, Andrey Kulbachinskiy, «The mechanism of RNA priming in the active centre of bacterial RNA polymerase», 76th Harden Conference Total Transcription, September 1-5, 2014, Cambridge, UK, p. 33;
5. Shunsuke Tagami, Shun-ichi Sekine, Leonid Minakhin, Daria Esyunina, Ritwika S. Basu, Ryogo Akasaka, Mikalo Shirouzu, Andrey Kulbachinskiy, Konstantin Severinov, Shigeyuki Yokoyama, «A transcription factor from bacteriophage induces conformational change of bacterial RNA polymerase to alter its promoter specificity», 76th Harden Conference Total Transcription, September 1-5, 2014, Cambridge, UK, p. 43;
6. N. Miropolskaya, D. Esyunina, S. Klimasauskas, A. Kulbachinskiy, «Molecular mechanisms of catalysis in RNA polymerases from thermophilic and mesophilic bacteria», Molecular Machines: lessons from integrating structure, biophysics and chemistry, 18-21 May, 2014, Heidelberg, Germany, p. 85;
7. D. Esyunina, A. Kulbachinskiy, «Role of the trigger loop in RNA cleavage catalyzed by bacterial RNA polymerases», Molecular Machines: lessons from integrating structure, biophysics and chemistry, 18-21 May, 2014, Heidelberg, Germany, p. 85;
8. Esyunina D., Kulbachinskiy A., «The trigger loop in the RNA polymerasse active center determines species-specific differences in the RNA cleavage reaction», FASEB conference Mechanism and Regulation of Prokaryotic Transcription, June 23-28, 2013, Saxton River, VT, USA, poster A19;
9. D. Esyunina, «The mechanism of transcription antitermination by the p7 protein of Xanthomonas oryzae phage Xp10», EMBO/FEBS Advanced Course Host-Microbes Interactions, August 31 – September 6, 2013, Spetses, Greece, p. 47;
10. Pupov D., Esyunina D., Kulbachinskiy A., «Highly specific transcription templates and sensors for RNA polymerase activity based on single-stranded DNA aptamers». 38th Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013, July 6-11 2013, Saint-Petersburg, Russia, p. 40;
11. Esyunina D., Severinov K., Kulbachinskiy A., «The mechanism of transcription antitermination by the p7 protein of Xanthomonas oryzae phage Xp10». 38th Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013, July 6-11 2013, Saint-Petersburg, Russia, p. 47;
12. Miropolskaya N., Esyunina D., Klimasauskas S., Kulbachinskiy A., «Interplay between the trigger loop and the Floop in the active centre of bacterial RNA polymerase during catalysis». 38th Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013, July 6-11 2013, Saint-Petersburg, Russia, p. 99;
13. М., «G-петля в активном центре бактериальной РНК-полимеразы определяет межвидовые различия в реакции расщепления РНК». «Биология – наука XXI века» 17 международная Пущинская школа-конференция молодых ученых, 22-26 апреля 2013 года, Пущино, Россия, с. 194;
14. , , М., Кульбачинский ДНК, содержащей поврежденные нуклеотиды, бактериальными РНК-полимеразами. XXV Зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, 11-15 февраля 2013 г.;
15. Kulbachinskiy A., Esyunina D., Pupov D., «Transcription initiation on single-stranded DNA promoters by bacterial RNA polymerase», The 73rd Harden Conference Machines on genes II - The central dogma at the interface of biology, chemistry and physics. 19-23 August, 2012, Oxford, UK, p. 40;
16. Esyunina D., Miropolskaya N., Bass I., Klimašauskas S., Kulbachinskiy A., «Interplay between the trigger loop and the F loop in the RNA polymerase active centre during nucleotide addition and RNA cleavage», The 73rd Harden Conference Machines on genes II - The central dogma at the interface of biology, chemistry and physics. 19-23 August, 2012, Oxford, UK, p. 39.
17. Kulbachinskiy, D. Pupov, N. Miropolskaya, D. Esyunina, «Targeting of functionally important sites of bacterial RNA polymerase by single-stranded DNA aptamers», International Conference on Postgenomic Technology for Biomedicine, June 25-29, 2012, Novosibirsk, Russia, p. 173;
18. D. Esyunina, N. Miropolskaya, L. Minakhin, A. Kulbachinskiy, «Gp39, a novel phage-encoded inhibitor of bacterial RNA polymerase», International Conference on Postgenomic Technology for Biomedicine, June 25-29, 2012, Novosibirsk, Russia, p. 85;
19. D. V. Pupov, D. M. Esyunina, A. V. Kulbachinskiy, «Aptamer-based methods for screening and characterization of novel inhibitors of bacterial RNA polymerase», International conference on Postgenomic Technology for Biomedicine, June 25-29, 2012, Novosibirsk, Russia, p. 177;
20. , , «Необычные свойства РНК-полимеразы Deinococcus radiodurans», 16 Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых, 19-22 апреля, 2012, Пущино, Россия, с. 105;
21. , М., В, «Образование напряженных элонгационных комплексов при формировании сигма-зависимых пауз в ходе транскрипции РНК-полимеразой Escherichia coli», 16 Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых, 19-22 апреля, 2012, Пущино, Россия, с. 106;
22. , , , «Свойства однонитевых ДНК-матриц, полученных на основе аптамеров к холоферменту РНК-полимеразы Escherichia coli», Научная конференция по биоорганической химии и биотехнологии «Х чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова», 14-17 ноября, 2011, Москва, Россия;
23. М., , «Новый фактор антитерминации транскрипции, действующий на РНК-полимеразу термофильных бактерий», Научная конференция по биоорганической химии и биотехнологии «Х чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова», 14-17 ноября, 2011, Москва, Россия;
24. , , , «Механизмы коррекции ошибок транскрипции бактериальной РНК-полимеразой», Тезисы доклада на V Российском симпозиуме «Белки и пептиды», 8-12 августа, 2011, Петрозаводск, Россия, с. 131;
25. М., , «Получение и функциональная характеристика рекомбинантной РНК-полимеразы Deinococcus radiodurans», Тезисы доклада на V Российском симпозиуме «Белки и пептиды», 8-12 августа, 2011, Петрозаводск, Россия, с. 300;
26. , , , «Высокоспецифичные ингибиторы бактериальной РНК-полимеразы на основе аптамеров», Тезисы доклада на V Российском симпозиуме «Белки и пептиды», 8-12 августа, 2011, Петрозаводск, Россия, с. 421;
27. , , «Механизмы взаимодействий РНК-полимеразы Escherichia coli с природными и синтетическими ДНК-лигандами», Тезисы доклада на 15 Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых, 18-22 апреля, 2011, Пущино, Россия, с. 4;
28. Есюнина Д., «Молекулярные механизмы, определяющие точность синтеза РНК бактериальной РНК-полимеразой», 7-я международная конференция по биоинформатике структуры и регуляции генома, 20-27 июня, 2010, Новосибирск, Россия;
29. М., , «Поиск районов бактериальной РНК-полимеразы, участвующих в реакции расщепления РНК», «Биология – наука XXI века», 14-я международная Пущинская школа-конференция молодых ученых, 19-23 апреля, 2010, Пущино, Россия, с.133;
30. , М., , «Создание однонитевых транскрипционных матриц для РНК-полимеразы с использованием метода SELEX», 1-й Международный форум по нанотехнологиям, 3-5 декабря, 2008, Москва, Россия. с. 504-505.
