| P BMT/15/13 Оргигинал на: англ. яз. ДАТА: 26 апреля 2016 г. | |
МЕЖДУНАРОДНЫЙ СОЮЗ ПО ОХРАНЕ НОВЫХ СОРТОВ РАСТЕНИЙ | ||
РАБОЧАЯ ГРУППА ПО БИОХИМИЧЕСКИМ И МОЛЕКУЛЯРНЫМ ТЕХНОЛОГИЯМ И ДНК-ПРОФАЙЛИНГУ
Пятнадцатая сессия
Москва, Российская Федерация, 24 – 27 мая 2016 г.
ОЦЕНКА ОБЩЕСТВЕННЫХ РЕСУРСОВ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ СОИ ДЛЯ ИХ ВОЗМОЖНОГО ПРИМЕНЕНИЯ В ОБЛАСТИ ОХРАНЫ СОРТОВ РАСТЕНИЙ
Документ подготовлен экспертами из Американской ассоциации семян
Правовая оговорка: настоящий документ не представляет политику или руководство УПОВ
введение
1. Определенные морфологические признаки являются основанием для установления новизны сорта в системе охраны сортов растений (PVP). Управление по охране сортов растений США (Board)[1],на своем заседании в декабре 2014[2],г. приняло подход, согласно которому Бюро по охране сортов растений США (US PVP Office) могло бы совместить вариант использования молекулярных маркеров в качестве дополнительной информации для установления отличимости сорта.
2. Этот доклад содержит обновленную информацию о работе, которая проводилась с этой целью до сих пор в отношении сои (Glycine max) Рабочей группой по молекулярным технологиям (MMWG), представленную Подкомитетом технических и законодательных экспертов, созданным в августе 2014 г. Управлением по охране сортов растений США и Американской ассоциацией семян (ASTA).
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3. Пластина BARCSoy6K была выбрана в качестве платформы для проведения анализов. Это часть набора 6000 маркеров из USDA SoySNP50K[3], которые были разработаны Лабораторией геномики и совершенствования сои Центра агрономических исследований Белтсвилла (BARC) which was developed by the Soybean Genomics and Improvement Lab, Beltsville Agricultural Research Center (BARC) в качестве более дешевой альтернативы для SoySNP50K, за общедоступную цену в $20 USD за образец.
4. Затем была выбрана другая панель 320 линий из Коллекции USDA Soybean Germplasm, которая сделала их генотипы по SoySNP50K общедоступными, см.[4],[5] Из полной коллекции 20000 записей, мы остановились на использовании всех неохраняемых сортов (180 записей), как мы ожидали тех, которые генетически ближе и часто связаны с коммерческим материалом, в настоящее время поступающим для PVP заявок. Остальные сорта были общественными образцами, отобранными главным образом на основе их отличия (160 записей).
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
5. Данные SNP качественного контроля (QC): данные молекулярных маркеров (MM) для 320 линий были загружены с веб-сайта soybase. org. Проверки контроля качества были уже применены авторами путем отсеивания каких-либо полиморфных SNP с величиной отсутствующих и гетерозиготных сигналов аллелей больше 10%. Генотипирование было сделано на семенах, полученных от одного растения, таким образом ожидалось низкое генотипическое разнообразие. В результате, в среднее число отсутствующих и гетерозиготных сигналов аллелей в этом наборе данных составляет менее 1% и дальнейший контроль качества не требуется.
6. Генетические попарные сходства (PWG sim) между 320 линиями в наших панелях были рассчитаны как процентное отношение идентичных сигналов SNP аллелей, см. диаграмму 1. Среднее PWG sim было обнаружено как 63%, с минимумом 43% и максимумом 99.8%. Из всех 51040 PWG sim, только 877 (или 1,7%) показывают PWG sim больше 80%, которые указывают силу MM для дифференцирования материала.
7. Анализ происхождения 10 пар с наивысшим PWG sim дал возможность выявить 5 случаев возвратного скрещивания, 1 случай повторного отбора и 4 случая, когда высокая схожесть не может быть объяснена происхождением. Мы подозреваем, что смешанный образец может являться причиной высокой степени схожести. В дальнейшем мы сделаем отчет по морфологическим отличиям между этими линиями.
8. Мы также изучали влияние отбора различных размеров наборов маркеров, выбранных из полного набора SoySNP50K по PWG sim, и обнаружили, что даже с более низким числом маркеров, корреляция остается очень высокой.
9. Используя данные общедоступных MM ресурсов по сое, мы собираемся сделать рекомендацию PWG sim порога, который, в дополнение к морфологическим признакам, может быть использован компетентными органами по охране сортов растений для целей установления отличимости сорта.
Frederic Achard*, Barry Nelson**
* Monsanto Company, 800 North Lindbergh Boulevard, St. Louis, MO 63167, USA
** Pioneer Hi-Bred International Inc., 7300 NW 62nd Ave., Johnston, IA 50131
[1] Закон США об охране сортов растений предусматривает создание Совета по охране сортов растений ("Board"), назначаемого Министром сельского хозяйства США. Совет состоит из 14 человек, которые являются специалистами в различных областях развития, и представляет сектор семеноводства, научных кругов и правительства. Обязанности Совета включают: (1) консультировать Министра о принятии норм и правил в целях облегчения надлежащего соблюдения закона; (2) обеспечивать консультативный комитет для Министра по апелляциям в отношении решений по заявкам Бюро по охране сортов растений и по запросам о выдаче чрезвычайных принудительных лицензий, представляющих общественный интерес; и (3) консультировать Министра о любых других вопросах, в рамках положений и правил практики по всем вопросам в соответствии со статьей 44 закона. Совместная рабочая группа по молекулярным маркерам Совет - ASTA является подкомитетом, который консультирует Совет и эффективно консультирует Министра сельского хозяйства. Начало форКонец формы
[2] http://www. ams. usda. gov/services/plant-variety-protection/pvpo-advisory-board
[3] Song, Q., D. L. Hyten, G. Jia, C. V. Quigley, E. W. Fickus et al., 2013. Development and evaluation of SoySNP50K, a high-density genotyping array for soybean. PLoSOne 8: e54985.
[4] Song, Q.; Hyten, D. L.; Jia, G.; et al., 2016. Fingerprinting Soybean Germplasm and Its Utility in Genomic Research. G3-GENES GENOMES GENETICS, 495-495.
[5] http://soybase. org/dlpages/index. php#snp50k
[Конец документа]
