Сравнение разных способов оценки эволюционных расстояний между гомологичными нуклеотидными последовательностями.
Цель задания – сравнить метод Джукса-Кантора с методом нескорректированных расстояний, основываясь, на реальных расстояниях между последовательностями:
Реальные расстояния:
abc | ef | e | f | def | d | c | ab | b | a |
7 | 70 | 100 | 100 | 50 | 100 | 100 | 47 | 100 | 100 |
0 | 77 | 107 | 107 | 57 | 107 | 93 | 40 | 93 | 93 |
0 | 30 | 30 | 20 | 70 | 170 | 117 | 170 | 170 | |
0 | 60 | 50 | 100 | 200 | 147 | 200 | 200 | ||
0 | 50 | 100 | 200 | 147 | 200 | 200 | |||
0 | 50 | 150 | 97 | 150 | 150 | ||||
0 | 200 | 147 | 200 | 200 | |||||
0 | 133 | 186 | 186 | ||||||
0 | 53 | 53 | |||||||
0 | 106 | ||||||||
0 |
Расстояния, рассчитанные посредством программы distmat методом неоткорректированных расстояний:
root | abc | ef | E | f | def | d | c | ab | b | a |
0.00 | 5.27 | 38.14 | 46.51 | 47.17 | 29.25 | 46.77 | 46.57 | 27.87 | 47.10 | 46.64 |
0.00 | 40.84 | 48.35 | 49.14 | 32.67 | 49.34 | 44.27 | 24.77 | 44.99 | 44.66 | |
0.00 | 19.37 | 18.91 | 14.10 | 37.68 | 58.63 | 52.11 | 62.91 | 61.07 | ||
0.00 | 33.99 | 30.11 | 47.69 | 61.33 | 57.18 | 65.42 | 63.70 | |||
0.00 | 29.31 | 46.90 | 62.98 | 58.30 | 65.94 | 64.36 | ||||
0.00 | 29.31 | 56.06 | 46.38 | 58.76 | 57.25 | |||||
0.00 | 63.24 | 57.84 | 65.35 | 64.95 | ||||||
0.00 | 54.02 | 63.04 | 63.04 | |||||||
0.00 | 30.37 | 30.57 | ||||||||
0.00 | 48.62 | |||||||||
0.00 |
Расстояния, рассчитанные с помощью Jukes-Kantor method:
root | abc | ef | e | f | def | d | c | Ab | b | a |
0.00 | 5.46 | 53.28 | 72.59 | 74.35 | 37.07 | 73.29 | 72.76 | 34.84 | 74.17 | 72.94 |
0.00 | 58.99 | 77.61 | 79.87 | 42.91 | 80.45 | 66.92 | 30.06 | 68.71 | 67.89 | |
0.00 | 22.40 | 21.79 | 15.62 | 52.35 | 114.15 | 89.00 | 136.89 | 126.24 | ||
0.00 | 45.28 | 38.49 | 75.78 | 127.68 | 107.79 | 154.30 | 141.97 | |||
0.00 | 37.18 | 73.64 | 137.30 | 112.66 | 158.54 | 146.47 | ||||
0.00 | 37.18 | 103.22 | 72.25 | 114.76 | 108.07 | |||||
0.00 | 138.97 | 110.61 | 153.78 | 150.77 | ||||||
0.00 | 95.54 | 137.72 | 137.72 | |||||||
0.00 | 38.93 | 39.26 | ||||||||
0.00 | 78.36 | |||||||||
0.00 |
Видно, что расстояния, рассчитанные по методу Джукса – Кантора, ближе к реальным, чем расстояния, рассчитанные по некорректированному методу.
На основе полученных данных была построена диаграмма:
Видно, что метод Джукса-Кантора точнее, кроме того он отклоняется от истинных расстояний по с некоторым коэффициентом, лежащим в пределах от 0.7 до 0.8, в то время как метод некорректированных расстояний дает большие ошибки при больших расстояниях.
