Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы Clustalw, с «биологически правильным» выравниванием из BaliBase»

Task 9

Protocol 9

Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы Clustalw, с «биологически правильным» выравниванием из BaliBase»

Образец

For a description of the procedures, methods and data bases used in the research and analyzis, please see Task9.doc.

Результаты

Идентификатор выравнивания из BaliBase: 1eft_ref1

Идентификаторы последовательностей:

Идентификатор: Accession Number (AC; SwissProt)

eftu_theaq: Q01698

ef1a_sulac: P17196

erf2_picpi: P23637

selb_ecoli: P14081

Максимальный процент совпадения последовательностей: 35

Минимальный процент совпадения последовательностей: 25

Заданный фрагмент: с 351 до конца

Блок выравнивания из BaliBase, содержащий заданный фрагмент

eftu_theaq 348 ...dvtgvvrlpqgvemvmpgdnVTFTVELIKPVALEEGLRFAIRE. ggr

ef1a_sulac 328 ...siacrvsaeknpqfikagdsAIVKFKPIKELVAEKFRRFAMRD. mgk

erf2_picpi 332 eevtftqllhskkapafakqgmkIIAVLETTEPVCIESLGRFTLRD. qgq

selb_ecoli 287 ..shvtgrvsll........ednLAELVFDTPLWLADN. DRLVLRDisar

eftu_theaq 394 tvgagvvtkile.........

ef1a_sulac 374 tvgvgviidv...........

erf2_picpi 381 tiaigkvtkll..........

selb_ecoli 326 ntlagarvv............

Выделение цветом обознают заданный фрагмент BALiBase

Блок выравнивания из файла clustalw.msf

Выделение цветом обознают заданный фрагмент BALiBase

Выводы Результатов

Длина заданного фрагмента (с 351 до конца) из Bali Base соответствует 71 а. к. остаткам

Доля «правильных» колонок в этом фрагменте равно 23/71=0.324

Число «правильных» колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf равно 0

Другие наблюдения

«Правильные» колонки, совпавшие с колонками в файле clustalw. msfб совсем отсутствуют.

Нумерация последовательностей совсем не соответствует нумерация выравнивания.

Working Files

Directory\file H:\Term2\Practice_Works\Practic9\Отчет\	Content and Comments
Protocol9.doc	this

Основные порталы (построено редакторами)

Домашний очаг Дом • Дача • Садоводство • Дети • Активность ребенка • Игры • Красота • Женщины • (Беременность) • Семья • Хобби Здоровье: • Анатомия • Болезни • Вредные привычки • Диагностика • Народная медицина • Первая помощь • Питание • Фармацевтика История: СССР • История России • Российская Империя Окружающий мир: Животный мир • Домашние животные • Насекомые • Растения • Природа • Катаклизмы • Космос • Климат • Стихийные бедствия Справочная информация Документы • Законы • Извещения • Утверждения документов • Договора • Запросы предложений • Технические задания • Планы развития • Документоведение • Аналитика • Мероприятия • Конкурсы • Итоги • Администрации городов • Приказы • Контракты • Выполнение работ • Протоколы рассмотрения заявок • Аукционы • Проекты • Протоколы • Бюджетные организации Муниципалитеты • Районы • Образования • Программы Отчеты: • по упоминаниям • Документная база • Ценные бумаги Положения: • Финансовые документы Постановления: • Рубрикатор по темам • Финансы • города Российской Федерации • регионы • по точным датам Регламенты Термины: • Научная терминология • Финансовая • Экономическая Время: • Даты • 2015 год • 2016 год Документы в финансовой сфере • в инвестиционной • Финансовые документы - программы

Техника Авиация • Авто • Вычислительная техника • Оборудование • (Электрооборудование) • Радио • Технологии • (Аудио-видео) • (Компьютеры) Общество Безопасность • Гражданские права и свободы • Искусство • (Музыка) • Культура • (Этика) • Мировые имена • Политика • (Геополитика) • (Идеологические конфликты) • Власть • Заговоры и перевороты • Гражданская позиция • Миграция • Религии и верования • (Конфессии) • Христианство • Мифология • Развлечения • Масс Медиа • Спорт (Боевые искусства) • Транспорт • Туризм Войны и конфликты: Армия • Военная техника • Звания и награды Образование и наука Наука: Контрольные работы • Научно-технический прогресс • Педагогика • Рабочие программы • Факультеты • Методические рекомендации • Школа • Профессиональное образование • Мотивация учащихся Предметы: Биология • География • Геология • История • Литература • Литературные жанры • Литературные герои • Математика • Медицина • Музыка • Право • Жилищное право • Земельное право • Уголовное право • Кодексы • Психология (Логика) • Русский язык • Социология • Физика • Филология • Философия • Химия • Юриспруденция

Мир Регионы: Азия • Америка • Африка • Европа • Прибалтика • Европейская политика • Океания • Города мира Россия: • Москва • Кавказ • Регионы России • Программы регионов • Экономика Бизнес и финансы Бизнес: • Банки • Богатство и благосостояние • Коррупция • (Преступность) • Маркетинг • Менеджмент • Инвестиции • Ценные бумаги: • Управление • Открытые акционерные общества • Проекты • Документы • Ценные бумаги - контроль • Ценные бумаги - оценки • Облигации • Долги • Валюта • Недвижимость • (Аренда) • Профессии • Работа • Торговля • Услуги • Финансы • Страхование • Бюджет • Финансовые услуги • Кредиты • Компании • Государственные предприятия • Экономика • Макроэкономика • Микроэкономика • Налоги • Аудит Промышленность: • Металлургия • Нефть • Сельское хозяйство • Энергетика Строительство • Архитектура • Интерьер • Полы и перекрытия • Процесс строительства • Строительные материалы • Теплоизоляция • Экстерьер • Организация и управление производством