Поиск мотивов в последовательности Pur6_Ecoli
с помощью средств PROSITE
В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов.
С помощью программы ScanProsite были найдено 9 известных мотивов в последовательности PurE. Результаты поиска представлены в таблице.
Идентифи-катор паттерна (accession number) | Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом | Паттерн | Число мотивов, обнаруженных в данном белке |
PS00005* | PDOC00005: Protein kinase C phosphorylation site (сайт фосфорилирования протеинкиназой С) | [ST]-x-[RK]. | 1 |
PS00006* | PDOC00006: Casein kinase II phosphorylation site (сайт фосфорилирования казеинкиназой II) | [ST]-x(2)-[DE]. | 4 |
PS00008* | PDOC00008: N-myristoylation site (сайт N-миристоилирования | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. | 4 |
* - отмечены часто встречающиеся в белках мотивы.
Последовательность GАSSTP удволетворяет паттерну G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}.
В записи паттерна [] – означеат, что надо взять одну из перечисленных аминокислот, {}-означает,
что нужно взять любую другую аминокислоту, x – любая аминокислота.
