Я б сделал так:

1.забронировал гостиницу где нить в Бржевнове, чтоб не больше 5 минут ходьбы до остановки трамвая (туда от Zitna добираться около 20 минут на 22 трамвае, остановка которого под 45 слева снизу на улице Jecna. Ехать налево, через Влтаву до ост. Pohořelec‎ (предыдущая Brusnice).
2.по прилету в аэропорту снять денег в банкомате сколько надо, тут же купил билет на городской транспорт на сутки за 100 крон, сел в такси и через 15 минут бросил шмотки в гостинице и сразу б договорился чтоб заказали такси на утро.
3. сел в трамвай и доехал до площади Pohorelec(2-3 остановки)(не забыть прокомпостировать билетик и про него до отъезда забыть, главное - не потерять:) ) Можно и пешком дойти, но времени мало а ходить придется много, так что трамвай:)


4. вернуться от остановки чуть назад, кивнув по дороге памятнику Кеплеру с Браге, не обращая внимания на туристов прошмыгнуть в Страговский монастырь, посмотреть на скульптуру льва во дворе, увитом каким то плющом, растолкать локтями организованных туристов, толпящихся в калитке рядом с ресторанчиком и смотрящих куда то вдаль, спуститься на 20 метров ниже и пройдя 15-30 метров вправо по асфальтовой дорожке в гордом одиночестве офигеть от вида раскинувшегося внизу города. Найти все знАковые здания, представить что сегодня все это будет совсем рядом и офигеть еще раз. 
5. вернуться в Страговский монастырь, взять 0,25 черного Sv. Norbert в монастырском пивоваре, посидеть 10 минут за столиком во дворе, наконец-то выдохнуть, посмотреть на нарисованную на стене(и салфетках) схему пивоварения, улыбнуться, увидев на стене геральдического льва, и спуститься на Погоржелец.
6. Выйти на Лоретанскую, заглянуть в пивную у черного вола(понятно что пива еще не хочется, но посмотреть на нее внутри надо обязательно, просто чтоб понять как оно бывает). И если вдруг... черный козел там очень вкусный:)
7. пройти через площадь оставляя Лорету справа, нырнуть на пустую улочку Капуцинска, и узкими не то улочками не то проходами вывалиться на Градчанскую. 
8. Попытаться разобраться где чей дворец, плюнуть на это, подойти к воротам Пражского Града, свернуть перед ним направо посмотреть еще раз на Прагу сверху и потопать вниз по Нерудовой до Малостранской площади, посмотреть на собор святого Микулаша и потопать вслед за толпой в сторону Карлова моста.
9. перед мостовой башней проскользнуть мимо ресторанных столиков налево, выйти на улицу у Лужецкого семинариста, приколоться над пешеходным светофором в проходе между домами, свернуть на Цигельну и посмотреть на писающих мужиков от Д. Черны, протопать до Малостранской и перейти Влтаву по Манешову мосту, глядя на Карлов мост со стороны.