Мутационный ландшафт светлоклеточного почечноклеточного рака в популяции Воронежской области
1,4, 1,4, 1,4, 1,4, 2, 4, 1,3, 1,4
1 – ФГБОУ ВПО «Воронежский Государственный Университет», Воронеж, Россия.
2 – БУЗ ВО «Воронежский областной клинический онкологический диспансер», Воронеж, Россия.
3 – Медицинский колледж имени Альберта Эйнштейна, Университет Йешива, Нью-Йорк, США.
4 – Автономная коммерческая организация «Научно-исследовательский институт постгеномных технологий», АНО «НИИПТ»
Частота встречаемости рака почек с каждым годом возрастает в развитых странах. Самый высокий уровень наблюдается в Центральной Европе, и, в частности, в Чехии, достигнув 24,1 /100,000 у мужчин и 10,5 / 100,000 женщин, в то время как эквивалентные показатели для Соединенного Королевства - 10.9 / 100,000 и 5,8 / 100000. Примерно 90% почечных раковых образований - карциномы почечных клеток развиваются в светлоклеточный почечноклеточный рак (ПКР), который является наиболее распространенным гистологическим типом рака (70-80%).
Целью данной работы являлась определение мутаций, характерных для рака почек пациентов Воронежского областного клинического онкологического диспансера методом таргеного секвенирования c гистологически подтвержденным ПКР.
Приготовление библиотек проводили с помощью набора Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 (Life Technologies, США) с панелями праймеров Comprehensive Cancer panel (Life Technologies, США), содержащей 16000 пар праймеров, покрывающих 15749 мутаций 409 онкогенов из базы данных COSMIC. Секвенирование проводили на базе платформы Ion PGM (Life Technologies, США). Анализ данных осуществляли посредством программы Ion Reporter, вид анализа - AmpliSeq CCP paired sample – сравнение обнаруженных однонуклеотидных замен в ткани с имеющимися в базах данных, отфильтровывание ложноположительных результатов с сохранением истинных мутаций. Первоначально полученные риды в ходе секвенирования отфильтровываются по ряду показателей – качеству (Phred quality scores >30) и выравниванию относительно референсного генома человека (версия hg 19 или grch 37). Далее возможные мутации отфильтровываются на основании аннотации генов для идентификации тех, которые локализованы в белок-кодирующих областях. Функциональные замены аннотируются с помощью баз данных CCDS, RefSeq, Ensembl и геномного браузера UCSC (University of California, Santa Cruz, https:// genome. ucsc. edu/). Визуальный просмотр финальных мутаций возможен в программе IGV (Broad Institute, Harvard University, https://www. broadinstitute. org/igv/).
Были выявлены в среднем по 30 соматических мутаций у каждого пациента в экзонных и интронных областях генов. Общими для всех пациентов были миссенс-мутации в экзонных участках генов VHL, KDR, CTC, APC и NRAS, в промоторных зонах генов EGFR, PDGFRA, HNF1A, HNF4A, HNF1B, TNF, в интронных областях генов CDKN2B, PTEN, NOTCH4, PAX5, участвующих в модификации хроматина. Ряд мутаций в указанных генах не содержится в имеющихся базах данных (COSMIC, dbSNP, ClinVar).
Выявлены мутации в гене супрессоре Гиппеля-Линдау VHL, которые наблюдаются в 80% случаев ПКР. Ряд мутаций, обнаруженных методом секвенирования, полученные в ходе данного исследования, не зарегистрированные в существующих базах данных, говорят о популяционной гетерогенности причин развития ПКР, а так же о различиях в молекулярных механизмах протекания заболевания. Наблюдаемые изменения могут рассматриваться как потенциальные биомаркеры развития светлоклеточного почечноклеточного рака.
Исследование поддержано грантом Министерства образования и науки РФ RFMEFI57414X0027 (номер соглашения 14.574.21.0027).
