Материалы к занятию 17. Задания

Материалы к занятию 17

Задания

Задание - построить матрицу переходных вероятностей замен аминокислотных остатков. Исходные данные - полученные Вами на прошлом занятии выравнивания Вашего белка с его гомологами.

1.  Скопируйте в свою текущую рабочую директорию файл P:/y03/TERM2/practice17/ matrix. xls под именем my_matrix. xls. Этот файл содержит заготовки для 2-х матриц.

2.  Откройте Ваши выравнивания и позовите преподавателя, он укажет, какие фрагменты лучше

взять для построения матриц.

3.  Посчитайте число пар аминокислотных остатков в каждом фрагменте выравниваний, запишите результаты в матрицы.

Имейте в виду, что

а) позиция выравнивания, в которой Вы видите 2 идентичных остатка, например, Ala,

порождает число «2» в элементе матрицы, соответствующем паре Ala-Ala;

б) число замен X-Y должно быть равно числу замен Y-X, т. е. одна пара в одной позиции

выравнивания вносит вклад в 2 элемента матрицы.

Сохраните Ваши матрицы в файле my_matrix. xls.

4.  Создайте суммарную нормированную матрицу.

На том же листе, где расположены полученные Вами матрицы, создайте третью матрицу, представляющую собой сумму первых 2-х. Скопируйте суммарную матрицу на новый лист книги (подсказка – копируйте только значения!). А затем нормируйте новую матрицу по строкам:

, где pab- элемент конечной матрицы, nab – число замен вида a®b , - сумма всех пар с остатком а

5.  Создайте файл resume. doc, в котором

а) приведите названия выравненных белков (ID);

в) приведите фрагменты выравниваний, использованных для построения матрицы переходов;

с) опишите свойства полученной матрицы переходов:

какой остаток чаще «мутирует»?

показывает ли Ваша матрица какие-либо предпочтительные замены?

6.  Откройте матрицы переходных вероятностей, построенные на основе BLOSUM

( файлы blosum80.txt и blosum60.txt в директории P:/y03/TERM2/practice17). Сравните с полученной Вами, Ваши наблюдения опишите в файле resume. doc.