Физико-химической биологии им. МГУ

Темы курсовой  работы по бииоинформатике (для студентов 1-3 курсов), которая может быть выполнена в отделе биохимии животной клетки НИИ Физико-химической биологии им. МГУ
(зав. отделом профессор Владимир Израилевич Муронец).

Тема курсовой работы

Выявление белков, содержащих фрагменты, сходные с  аминокислотной последовательностью глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (ГАФД) (руководиИзвестно, что некоторые антитела на ГАФД взаимодействуют с другими белками. Задача работы: выявить те  белки, которые содержат эпитопы, характерные для ГАФД (как при прямом, так и при обратном прочтении ее последовательности). Цель работы – разработать адекватные методы выявления эпитопов и выяснить причины взаимодействия моноклональных антител с белками, которые при обычных методах анализа гомологий не содержат эпитопов. После проведения подготовительной теоретической работы возможна проверка этих предположений в эксперименте. Работа поддержана грантами РФФИ (2004-2006 и 2005-2007), грантом НАТО (2004-2006 год) и грантом ИНТАС (2004-2006 год). Возможно последующее выполнение дипломной работы,

Публикации группы  проф. .

Shalova I. N. , Asryants R. A., Sholukh M. V., Saso L.,  Kurganov B. I., Muronetz V. I.,  Izumrudov V. A. Interaction of Polyanions with Basic Proteins, 2 Influence of Complexing Polyanions on the Thermoaggregation of Oligomeric Enzymes Macromol. Biosci. 2005, 5, 1184–1192 Rahuel-Clermont S, Arutyunov D, Marchal S, Orlov V, Muronetz V, Branlant G. Thermal destabilization of non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Streptococcus mutans upon phosphate binding in the active site. J Biol Chem. 2005; 280(19):18590-18597.  Polyakova OV, Roitel O, Asryants RA, Poliakov AA, Branlant G, Muronetz VI. Misfolded forms of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase interact with GroEL and inhibit chaperonin-assisted folding of the wild-type enzyme. Protein Sci. 2005;14(4):921-928. Arutyunova EI, Arutyunov DY, Pleten' AP, Nagradova NK, Muronetz VI. Antibodies specific to modified glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase induce inactivation of the native enzyme and change its conformation. Biochim Biophys Acta. 2004 Jul 1;1700(1):35-41. Schmalhausen, E. V., Pleten', A. P., Muronetz, V. I. Ascorbate-induced oxidation of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. Biochem. Biophys. mun. 2003, 308(3), 492-496. Arutyunova, E. I., Danshina, P. V., Domnina, L. V., Pleten’, A. P., Muronetz, V. I. Oxidation of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase enhances its binding to nucleic acids. Biochem. Biophys. mun. 2003, 307(3), 547-552. . Muronetz, V. I., Korpela, T. Isolation of antigens and antibodies by affinity chromatography. J. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2003, 790(1-2), 53-66 (Review). Pushkin, A., Abuladze, N., Newman, D., Muronets, V., Sassani, P., Tatischev, S., Kurtz, I. The C-termini of NBC3 and the 56 kDa subunit of the vacuolar proton pump are PDZ motifs involved in their interaction. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2003, 284(3), C667-673. Ivinova, O. N., Izumrudov, V. A., Muronetz, V. I., Galaev, I. Y., and Mattiasson, B.  Influence of Complexing Polyanions on the Thermostability of Basic Proteins, Macromolecular Bioscience, 2003, 3, 210-215. Arutyunov, D. Y., Muronetz, V. I. The activation of glycolysis performed by the non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in the model system. Biochem. Biophys. m. 2003, 300(1), 149 – 154. Roitel, O., Ivinova, O., Muronetz, V., Nagradova, N., Branlant, G. Thermal unfolding used as a probe to characterize the intra - and intersubunit stabilizing interactions in phosphorylating D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus. Biochemistry. 2002, 41(24), 7556-7564. Danshina, P. V., Schmalhausen, E. V., Avetisyan, A. V., Muronetz, V. I. Mildly oxidized glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase as a possible regulator of glycolysis. IUBMB Life. 2001, 51(5), 309-314. Muronetz, V. I., Sholukh, M., Korpela, T. Use of protein-protein interactions in affinity chromatography. J Biochem. Biophys. Methods. 2001, 49(1-3),29-47. Review. Iazykova, M. Iu., Muronets, V. I. Coimmobilization of lactate dehydrogenase and low molecular weight thiols on sepharose. Prikl. Biokhim. Mikrobiol. 2001, 37(2), 197-201. Kazakov, S. V., Muronetz, V. I., Dainiak, M. B., Izumrudov, V. A., Galaev, I. Yu, Mattiasson, B. Light scattering study of the antibody-poly(methacrylic acid) and antibody-poly(acrylic acid) conjugates in aqueous solutions. Macromolecular Bioscience. 2001, 1, 157-163. Muronetz, V. I., Kazakov, S. V., Dainiak, M. B., Izumrudov, V. A., Galaev, I. Y., Mattiasson, B. Interaction of antibodies and antigens conjugated with synthetic polyanions: on the way of creating an artificial chaperone. Biochim. Biophys. Acta. 2000, 1475(2),141-150. , ,  , Муронец   глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы в регуляции образования 2,3-дифосфоглицерата в эритроцитах. Биохимия, 2000, 65: 83-88. ,  , Муронец лактатдегидрогеназы протеинкиназами.  Биохимия, 2000, 65: 1409-1414. , Муронец иммобилизация лактатдегидрогеназы и низкомолекулярных тиолов на сефарозе. Прикладная биохимия и микробиология, 2001, 37: 197-20 Dainiak, M. B., Muronetz, V. I., Izumrudov, V. A., Galaev, I. Y., Mattiasson, B. Production of Fab fragments of monoclonal antibodies using polyelectrolyte complexes. Anal. Biochem. 2000, 277(1), 58-66.