Результаты поиска по паттерну в банке данных SwissProt

        gi|1172449  MKIGIVGAMA QEVEILKNLM ADRTETRVAS AVIFEGKING KDVALLQSGI

        gi|3183122  MRLAVIGAME EEVTILRNKL ENAKTETIAH CEFTTGEYEG TEVILLKSGI

  gi|7674113  MKIGIIGAIE QEIRKIKEII NNLKIKKIGN IKIYTGTFKK IEIFLILSGI

  gi|11133319  MKIGIIGAIN QETERLKKII HFYIEKKINT YKIYIGKFKS HDVFLIKSGI

  gi|38258064  MKKEIKKNYR IGIIAALQQE VQILFNKLKN YKINKISNIT FYIGNIHNIH

  gi|7674116  MQKIGILGAM REEITPILEL FGVDFEEIPL GGNVFHKGVY HNKEIIVAYS

  gi|3183121  MVQKIGILGA MREEITPILE LFGVDFEEIP LGGNVFHKGV YHNKEIIVAY

  sw|P24247  MKIGIIGAME EEVTLLRDKI ENRQTISLGG CEIYTGQLNG TEVALLKSGI

Паттерн: M-[KRQV]-[ILKQ]-[GAEIK]-[IVG]-[VIKG]-[GKLI]-[ANGL]-[MIYAG]-[AENMR]

Результаты поиска:

- в результате поиска было найдено 24 последовательности;        

- были найдены все последовательности моего выравнивания;

- последовательности с явно отличающимися названиями найдены, потому что в выравнивании практически нет совпадающих аминокислот и паттерн получился с явно «размытыми» критериями.

Описание всех известных паттернов в белке MTNN_ECOLI

Известные сайты и мотивы в белке MTNN_ECOLI



Идентификатор документа PROSITE

(AC)

Идентификатор документа

с описанием мотива

Название мотива

Тип подписи

(паттерн, профиль)

Паттерн (регулярное выражение)

Насколько подпись специфична?

Сколько мотивов нашлось в белке?

PS00008

PDOC00008

Сайт N-миристилирования

Паттерн

G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} [G is the N - myristoylation site]

Не специфична

8

PS00001

PDOC00001

Сайт гликозирования

Паттерн

N - {P} - [ST] - {P}

N is the glycosylation site

Не специфична

2

PS00005

PDOC00005

Сайт фосфорилирования казеинкиназы

Паттерн

[ST] - x - [RK]

S or T is the phosphorylation site

Не специфична

1

PS00006

PDOC00006

Сайт фосфорилирования казеинкиназы II

Паттерн

[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site]

Не специфична

1