Ф. И.О.:

Название работы:

Изучение механизмов регуляции экспрессии оперонов рибосомных белков у бактерий в нормальных и стрессовых условиях

Краткое представление:

Я, работал в Лаборатории структуры и функций генов человека и в 2010 году защитил кандидатскую диссертацию на тему "Исследование регуляции оперона rpsB-tsf, кодирующего рибосомный белок S2 и фактор элонгации трансляции Ts", после чего продолжил работать в лаборатории. За это время овладел арсеналом генно-инженерных, микробиологических и молекулярно-генетических подходов, а также научился работать с компьютерными программами и базами данных и применять их для теоретического анализа.

В настоящее время, перешёл в новообразованную Лабораторию регуляторной транскриптомики, где продолжаю работать над проблемой регуляции биосинтеза рибосомных белков у бактерий. Являюсь первым автором 7 статей на данную тему. Выступал на различных российских и международных конференциях с устными и стендовыми докладами, некоторые из них были отмечены грамотами (конференция «Ломоносов-2006», конференция, посвящённая 75-летию со дня рождения академика (2009)). По результатам работы опубликовано 8 статей в рецензируемых научных журналах, сделано 19 докладов на Российских и международных конференциях.

       В ближайшие годы планирую в составе Лаборатории регуляторной транскриптомики заниматься изучением регуляции синтеза цинк-содержащего рибосомного белка L31 и его паралога YkgM в норме и в условиях дефицита цинка, а также разработкой подходов для изучения регуляции синтеза рибосомных белков у Микобактерий.

НЕ нашли? Не то? Что вы ищете?

Список грантов.

Грант РФФИ № 06-04-48353-а. Новые аспекты в регуляции экспрессии оперонов рибосомных белков у бактерий, 2006 -2008 г., исполнитель. Грант РФФИ № 09-04-01014-а. Транскрипционная и пост-транскрипционная регуляция синтеза рибосомного белка S2 и фактора элонгации Ts, 2009 - 2011 г., исполнитель. Грант РФФИ № 12-04-01138-а. Регуляция оперонов рибосомных белков L25 и S20. 2012-2014 г., исполнитель. Грант РФФИ № 15-04-04597 А

Изучение регуляции экспрессии оперонов рибосомных белков L13-S9 (rplM-rpsI), L21-L27 (rplU-rpmA) и L28-L33 (rpmB-rpmG) у гамма-протеобактерий. 2015-2017 г., исполнитель.

Список публикаций:

1. , , (2005). Штамм Escherichia coli, продуцирующий безлидерную мРНК с хромосомного lac-промотора. Биоорганическая химия. 31, №5, 557-560.

       [Komarova AV, Tchufistova LS, Aseev LV, Boni IV. (2005). An Escherichia coli strain producing a leaderless mRNA from the chromosomal lac-promoter. Russ. J.Bioorg. Chem., 31(5):557-560]

http://link. /article/10.1007%2Fs11171-005-0069-6

2. Aseev L. V., Levandovskaya A. A., Tchufistova L. S., Scaptzova N. V., Boni I. V. (2008). A new regulatory circuit in ribosomal protein operons: S2-mediated control of the rpsB-tsf expression in vivo. RNA, 14(9): 1882-1894.

http://rnajournal. cshlp. org/content/14/9/1882.full

3. , , (2009). Консервативность регуляторных элементов, контролирующих экспрессию rpsB-tsf оперона у гамма-протеобактерий. Молекулярная биология, 43(1): 111-118.

       [Aseev L. V., Levandovskaya A. A., Skaptsova N. V., Boni I. V. (2009). Conservation of regulatory elements controlling the expression of the rpsB-tsf operon in gamma-proteobacteria. Molecular biology (Moscow), 43(1): 101-107.]

http://link. /article/10.1134%2FS0026893309010142

4. , (2011). Внерибосомные функции бактериальных рибосомных белков. Молекулярная биология 45(5): 805-816.

       [Aseev L. V., Boni I. V. (2011). Extraribosomal functions of bacterial ribosomal proteins.

Molecular biology (Moscow), 45(5):739-750.]

http://link. /article/10.1134%2FS0026893311050025

5. Aseev L. V., Chugunov A. O., Efremov R. G., Boni I. V. (2013). A single missence mutation in a coiled-coil domain of Escherichia coli ribosomal protein S2 confers thermo-sensitive phenotype that can be suppressed by ribosomal protein S1. J Bacteriol. Jan;195(1):95-104.

doi: 10.1128/JB.01305-12.

http://jb. asm. org/content/195/1/95.full

6. , , (2014).Анализ активности и регуляции удлиненного "-10" rpsB-промотора Escherichia coli in vivo. Биохимия. 79(8): 974-984.

       [Aseev L. V., Koledinskaya L. S., Boni I. V. (2014). Dissecting the Extended “–10” Escherichia coli rpsB Promoter Activity and Regulation in vivo. Biochemistry (Mosc), Aug;79(8):776-84. doi: 10.1134/S0006297914080057.]

http://link. /article/10.1134%2FS0006297914080057

7. Aseev L. V., Bylinkina N. S., Boni I. V. (2015). Regulation of the rplY gene encoding 5S rRNA binding protein L25 in Escherichia coli and related bacteria. RNA, 21(5):851-861. doi: 10.1261/rna.047381.114.

http://rnajournal. cshlp. org/content/21/5/851.abstract

8. Aseev L. V., Koledinskaya L. S., Boni I. V. (2016). Regulation of Ribosomal Protein Operons rplM-rpsI, rpmB-rpmG, and rplU-rpmA at the Transcriptional and Translational Levels. J Bacteriol. Aug 25;198(18):2494-502. doi: 10.1128/JB.00187-16. Print 2016 Sep 15.

Тезисы конференций:

1. Исследование аутогенного контроля экспрессии оперона rpsB-tsf Escherichia coli: идентификация регуляторной области. Тезисы докладов XIII Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов-2006", секция Биология, 12-15 апреля 2006, МГУ, с. 16-17.

2. , Чуфистова (Калединская) Л. С., Регуляция синтеза рибосомных белков. Тезисы докладов VIII чтений, посвященных памяти академика . 25-27 окт. 2006, ИБХ РАН, с. 24.

3. , , Регуляция оперона rpsB-tsf, кодирующего рибосомный белок S2 и фактор элонгации трансляции Ts. Тезисы докладов IV Съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов, Новосибирск 11-15 мая 2008 г., с. 90.

4. онсервативность регуляторных элементов, контролирующих экспрессию оперона rpsB-tsf у гамма-протеобактерий. Тезисы докладов международной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов – 2008», секция Биология 8-11 апреля 2008, МГУ, с. 144-145.

5. , , Аутогенная регуляция оперона rpsB-tsf, кодирующего рибосомный белок S2 и фактор элонгации трансляции Ts. Тезисы докладов XXI зимней молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». 9-11 февраля 2009, ИБХ РАН, с.13.

6. , Регуляция оперона rpsB-tsf, кодирующего рибосомный белок S2 и фактор элонгации Ts. Тезисы докладов международной научной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященной 75-летию со дня рождения академика Юрия Анатольевича Овчиннокова. 28 сентября – 1 октября 2009, ИБХ РАН, том 2, с 14-15.

7. Aseev L. V., Boni I. V. Autogenous regulation of the rpsB-tsf operon of Escherichia coli. Abstracts of VII International conference Ribosome synthesis-2006, Airlie Conference centre, Virginia, USA, p. 58.

8. Leonid V. Aseev, Ludmila S. Tchufistova and Irina V. Boni. A new regulatory circuit in ribosomal protein operons: S2-mediated control of rpsB-tsf expression. Abstracts of International Conference “Ribosomes 2007”, Sea Crest Resort, Cape Cod, MA USA, June 3-8, p.33.

9. L. V. Aseev, N. V. Scaptzova, and I. V. Boni. Conservation of the regulatory elements that control expression of the rpsB-tsf operon in gamma-proteobacteria. Book of Abstracts, II International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology, BioMicroWorld-2007. 28 November-1 December 2007, Seville, Spain, page 538. http://www. formatex. org/biomicroworld2007.

10. Aseev L. V., Levandovskaya A. A., Skaptsova N. V., Boni I. V. Dissection of the Escherichia coli rpsB promoter: in vivo analysis of activity and stringent response. Book of Abstracts, III International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology, BioMicroWorld-2009. 2 – 4 December 2009, Lisbon, Portugal, page 580.

11. Aseev L. V., Bylinkina N. S. and Boni I. V. Stringent response is critical for survival of Escherichia coli upon treatment with inhibitors of aminoacyl-tRNA-synthetases, microcin C and albomycin. Book of Abstracts, IV International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology, BioMicroWorld-2011. 14 – 16 September 2011, Torremolinos, Spain, page 527.

[Стендовое сообщение]

12. , , Необходимость (p)ppGpp для выживания Escherichia coli при воздействии ингибиторов аминоацил-тРНК-синтетаз. Х чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова. Москва-Пущино, 14-17 ноября 2011 г.


13. Leonid V. Aseev, Natalia linkina and Irina V. Boni. Stringent response is critical for survival of Escherichia coli upon treatment with inhibitors of aminoacyl-tRNA-synthetases, microcin C and albomycin. French-Russian workshop "Chemistry in Molecular Biology", M. V. Lomonosov Moscow State University, December 16 - 19, 2011.

[Доклад]

14. Механизмы регуляции биогенеза рибосом у бактерий. ИБХ 2013.

Тезисы докладов XXV международной зимней молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». 11-15 февраля 2013, ИБХ РАН, стр. 32.

[Доклад]

15. , , Изучение механизмов клеточного ответа Escherichia coli на антибиотики-ингибиторы аминоацил-тРНК-синтетаз. ИБХ 2013.

Тезисы докладов XXV международной зимней молодёжной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». Москва, 11-15 февраля 2013, стр. 32.

[Стендовое сообщение]

16. Leonid V. Aseev, Natalia linkina, and Irina V. Boni. Regulation of the rplY gene encoding 5S rRNA binding protein L25 in Escherichia coli and related bacteria. 38-th FEBS Congress, 6 – 11 July 2013, St Petersburg, Russia. Page 45.

[Стендовое сообщение]

17. , , Особенности регуляции моноцистронных оперонов рибосомных белков L25 и S20. Международная научная конференция по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященная 55-летию ИБХ РАН и 80-летию со дня рождения академика . Москва, 15-19 сентября 2014 г. Тезисы опубликованы в специальном выпуске журнала ActaNaturae 2014, стр. 17.

[Стендовое сообщение]

18. , , Регуляция биосинтеза рибосомных белков у бактерий: правила и исключения. X молодёжная школа-конференция с международным участием «Актуальные аспекты современной микробиологии 2015». Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, Москва, 27-30 октября 2015 г. стр. 20-22

[Доклад]

19. Aseev L. V., Koledinskaya L. S., Boni I. V. Transcriptional and translational regulation of ribosomal protein operons in Escherichia coli. 7th Congress of European Microbiologists FEMS 2017, 9 – 13 July 2017, Valencia, Spain.

[Стендовое сообщение]