Техническое задание
№ п/п | Наименование заказа | Описание объекта закупки | Количество товара единицы измерения |
Услуга по проведению CAGE анализа | Услуга по проведению полно геномного анализа кэп-областей тотальной РНК, выделенной из образцов, предоставляемых Заказчиком. Услуга включает в себя забор материала (замороженные при -80єС ткани животных) из лаборатории Заказчика (). Материал должен транспортироваться к месту выполнения анализа при температуре не более -80єС. Сохранение температуры на всем пути следования должно быть подтверждено показаниями датчиков температуры, находящимися внутри упаковки с грузом (предоставляется Исполнителем). В лаборатории исполнителя должно быть проведено выделение тотальной РНК. Целостность выделенной РНК должна быть подтверждена с помощью Agilent Bioanalyzer или на аналогичном оборудовании, позволяющем определить целостность нуклеиновых кислот и электрофоретически. С использованием выделенной РНК должен быть проведен cинтез полной кДНК обратной транскриптазой с олиго-Т праймером, комплементарным полиаденилированному 3’-концу мРНК. Далее должна быть проведена рестрикция гибридов кДНК-РНК реагентом специфично взаимодействующим с двумя соседними гидроксильными группами КЭПа, и проводящего биотинилирование с последующим гидролизом мРНК, получение одноцепочечной полной кДНК. Далее должно проводиться получение конкатемеров лигированием липких GATC концов, возникших после обработки рестриктазами. Полученные конкатемеры должны быть использованы для создания библиотеки клонов для последующего секвенирования на платформе Illumina c длиной ридов 50 пар оснований. Количество прочтения на библиотеку должно быть не менее 20 000 000 ридов. Должно быть проведено картирование полученных ридов на референсный геном и осуществлен анализ протоколами специфичными для кэп-анализа экспрессии РНК (например ReCLU). Результатом анализа должен быть электронный носитель с прочтениями библиотек, а также детальный отчет на русском или английском языке, отражающий набор последовательностей секвенированных областей, следующих за сайтами старта транскрипции, и их уровень экспрессии. Граница начала транскрипции каждого гена должна быть определена с точностью до одного нуклеотида. В отчете должен быть представлен анализ регуляторных элементов, контролирующие экспрессию генов, так, чтобы было возможно сопоставление уровня экспрессии с различных точек инициации транскрипции, выявление и анализ мотивов в прилегающих к ним областях для поиска и качественного описания энхансеров и промоторов. Услуга должна быть осуществлена в течение не более 90 (Девяноста) дней с даты подписания Договора. | 60 образцов |
Срок оказания услуг - не более 90 (Девяноста) дней с даты заключения договора.
Цена договора включает в себя все расходы, связанные с исполнением договора, в том числе НДС.
Ответственный исполнитель | Руководитель подразделения | |
(ФИО, подпись) | (ФИО, подпись) |
