В связи с экономическими преобразованиями и формированием рыночных отношений, в России возникла потребность в создании независимой судебной системы, специально приспособленной для рассмотрения экономических споров между хозяйствующими субъектами. В июле 1991 года принят Закон "Об арбитражном суде". Постановлением Верховного Совета РСФСР от 4 июля 1991 года "О введении в действие Закона РСФСР "Об арбитражном суде" с 1 октября 1991 года на территории Российской Федерации были упразднены Арбитражные суды и иные аналогичные органы в системе министерств и ведомств. С 15 апреля 1992 года введён в действие Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации, а с 1 июля 1995 года – новый Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации. С этого же момента вступил в силу новый Федеральный конституционный закон "Об арбитражных судах в Российской Федерации". Вместо действовавшей двухзвенной системы арбитражных судов создана трёхзвенная; промежуточным звеном между Высшим арбитражным Судом Российской Федерации и арбитражными судами субъектов Российской Федерации являются Федеральные арбитражные суды округов.
Верховный Совет Республики Карелия 13 ноября 1991 года принял Постановление "Об образовании Высшего арбитражного Суда Республики Карелия". Этим же постановлением в соответствии с Законом РСФСР "Об арбитражном суде" от 4 июля 1991 года созданному суду были переданы полномочия по осуществлению судопроизводства и имущество Государственного арбитража.
Председателем Высшего арбитражного суда Республики Карелия в 1992 году стал Николай Александрович Малышев. С апреля 1985 года он занимал должность Главного Государственного арбитра Карельской АССР.
В 1991 году Государственному арбитражу были выделены помещения в здании Верховного Совета Республики Карелия на улице Куйбышева. С 1995 года и по настоящее время Арбитражный суд Республики Карелия занимает здание, расположенное по улице Красноармейской, дом 24а.
