биоинформационный анализ гена металлопротеазы Morganella morganii ZM
,
Научный руководитель - , к. б.н., доцент
Казанский (Приволжский) федеральный университет, 420008, Россия, г. Казань, ул. Кремлевская, ИФМиБ, 18
Грам-отрицательные энтеробактерии Morganella morganii способны вызывать различные оппортунистические инфекции. В настоящее время отсутствуют данные о роли внутриклеточных протеиназ этой бактерии в патогенезе. Настоящая работа посвящена идентификации и биоинформационному анализу гена внутриклеточной металлопротеазы M. Morganii ZM. Ранее нами было показано, что в геноме M. morganii КТ есть ген, кодирующий протеиназу, гомологичную протеализину и гримелизину Serratia proteamaculans и S. grimesii соответственно. Предполагается, что гримелизин и протеализин могут играть определенную роль в процессах инвазии патогенов в клетки эукариот. Основываясь на последовательности гена M. morganii KT (http://www. ncbi. nlm. nih. gov/nuccore/455418716?report=genbank&from=1950949&to=1952049, ген транскрибируется с комплементарной цепи), были сконструированы праймеры для выявления гомологичного гена в геноме клинического изолята M. morganii ZM. Продукты амплификации были секвенированы. Выравнивание нуклеотидных последовательностей генов металлопротеиназ M. morganii ZM и M. morganii KT позволило идентифицировать ОРС длиной в 1104 н. п., которая имела два тандемно расположенных стоп-кодона. Транслированная аминокислотная последовательность состояла из 366 а. о. Blast-анализ генов M. morganii KT и M. morganii ZM выявил 83% идентичность по нуклеотидной последовательности, гомология по аминокислотной последовательности составила 86% (при сходстве 92%). Анализ регуляторной области гена M. morganii ZM (программа BPROM, http://) позволил выявить предполагаемую промоторную область, консенсусные сайты «-10» и «-35» которой находятся на расстоянии 41 и 62 н. о. от стартового кодона соответственно. В промоторной области обнаружены предполагаемый сайт связывания ?D17-субъединицы РНК-полимеразы и последовательность Шайна-Дальгарно (рис. 1.).
Рисунок 1. Регуляторная область гена гипотетической металлопротеазы M. morganii ZM. TGA – стоп-кодон предыдущего гена, rpoD17 – сайт связывания ?-фактора, SD – последовательность Шайна-Дальгарно.
Таким образом, идентифицирован ген металлопротеиназы в геноме изолята M. Morganii ZM и проведен биоинформационный анализ его регуляторной области. Работа поддержана грантом РФФИ-рег № 13-04-97130.
