Задание d1. Выполнила Босхомджиева Баина

Задание d1. Выполнила Босхомджиева Баина

Определение вторичной структуры

C помощью программы DSSP  определяли вторичную структуру белка 2FEP

Рис. 1 Изображение структуры 2FEP

Сравнение  границ элементов вторичной по данным работы программы с границами, приведенными в заголовке PDB файла

Таблица 1. Результаты определения границ элементов вторичной структуры программой DSSP для структуры 2FEP

Структура	Результат DSSP	Аннотация в PDB-файле
HELIX
б-спираль	14-29	15-27
б-спираль	43-55	46-53
б-спираль	102-115	102-116
SHEET
в-тяж	3-8	3-7
в-тяж	33-38	32-37

Редкие элементы вторичной структуры : 310, спирали ( 154-156, 219-221) , в-мостики (в-bridges)-  360.

Границы в-тяжей и б-спиралей, определённые программой DSSP, практически соответствуют таковым в pdb-файле. Алгоритм DSSP показал сравнимое качество предсказания, а отличие каждой границы неверного предсказания от границы в pdb-файле составляет один аминокислотный остаток.

Сервис Sheep

С помощью SheeP была построена карта одного из в-листов структуры 2FEP (были использованы параметры по умолчанию)

Рис. 2 Карта в-листа для структуры 2 FEP

По карте видно, что выбранный в-лист состоит из шести  тяжей. Изображение его в структуре приведено ниже.

Рис. 3  в-лист (выделен серым цветом) в структуре 2FEP

Один столбец карты соответствует одному «хребту» (crest) в-листа. Один из таких «хребтов», соответствующий аминокислотам в шестом столбце карты (остаткам Ser97 ,Ile67,Phe123, Leu145, Ser157, Ile319), показан на следующем изображении:

Рис. 4 в-лист (выделен белым цветом) в структуре 2FEP и Cб-атомы, соответствующие одному из его «хребтов» (показаны зеленым )