База данных подтвержденных гликозилтрансфераз
гороваа, нирельа, оукача
а Институт органической химии им. Российской академии наук, 119991 г. Москва, Ленинский просп., д. 47, *****@***ac. ru
Ключевые слова: гликозилтрансфераза, база данных, CSDB, Arabidopsis thaliana, Escherichia coli
Углевод-активные ферменты (Carbohydrate-Active enZymes, CAZy) участвуют в сборке и процессинге гликанов у всех живых организмов. Подтвержденная информация по биохимическим активностям CAZy позволяет использовать эти ферменты в биотехнологии и медицине. Базы данных, содержащие экспериментально подтвержденные активности CAZy, чрезвычайно востребованы, однако слабо представлены среди современных биоинформатических ресурсов [Egorova, Toukach, 2018]. Мы разработали CSDB_GT, курируемую базу данных по подтвержденным и предсказанным активностям гликозилтрансфераз (ГТ), которые участвуют в биосинтезе природных гликанов растительного, бактериального и грибного происхождения [Egorova, Toukach, 2017]. CSDB_GT представляет собой базу данных на платформе базы данных природных углеводов CSDB (Carbohydrate Structure Database, http://csdb. glycoscience. ru) [Toukach, Egorova, 2016]. В настоящий момент она содержит подтвержденные активности ГТ Arabidopsis thaliana и подтвержденные и предсказанные активности ГТ Escherichia coli. В ближайшем будущем будут добавлены данные по ГТ Saccharomyces cerevisiae. Эксперты-гликобиологи вручную аннотируют активности ГТ на основании исходных публикаций. CSDB_GT включает идентификаторы белков и генов (названия, идентификационные номера и ссылки на другие базы данных), данные по активности (синтезируемую связь, донор и субстрат), уровень достоверности определения (in vivo, in vitro, in silico), полную структуру гликана, в синтезе которого участвует данный фермент (если известна), таксономическую информацию и литературные ссылки. CSDB_GT поддерживает поиск по идентификационным номерам (CSDB_GT, UniProt, GenBank и др.), названиям ферментов, активности и организмам. CSDB_GT находится в свободном доступе в Интернете (http://csdb. glycoscience. ru/gt. html). Работа поддержана Российским научным фондом (грант № 18-14-00098).
Список литературы
K. S. Egorova, Ph. V. Toukach, Glycoiformatics: bridging isolated islands in the sea of data // Angew. Chem. Int. Ed. 2018, ePub ahead of print, doi: 10.1002/anie.201803576. K. S. Egorova, Ph. V. Toukach, CSDB_GT: a new curated database on glycosyltransferases // Glycobiology 2017, 27(4), 285-290, doi: 10.1093/glycob/cww137. Ph. V. Toukach, K. S. Egorova, Carbohydrate structure database merged from bacterial, archaeal, plant and fungal parts // Nucleic Acids Res. 2016, 44(D1), D1229-D1236, doi: 10.1093/nar/gkv840.