Рабочая программа (стр. 4 )

1.  Гельцер с микроорганизмами - основа жизни растений. М.:Наука.1990.134 с.

2.  , , Багирова и молекулярная фитопатология. М.: Общество фитопатологов, 2001 г., 302 с.

3.  , , Шпирная растений: методы исследований. Учебное пособие. – Уфа, БашГУ, - 2007. – 57 с.

4.  Курсанова представлений о природе иммунитета растений. М.: Наука, 19с.

5.  Плотникова растений и селекция на устойчивость к вредителям и болезням. – Москва, Колос, - 20с.

6.  Попкова фитопатология. – Москва, Дрофа, - 20с.

7.  Тарчевский системы растений. Москва, Наука– 298 с.

8.  А, , 2009. Симбиозы растений и микроорганизмов / С.-Пб.: Изд-во С.-Петерб. ун-та, - 210с.

9.  , Проворов симбиотической азотфиксации с основами селекции / СПб.: Наука, 1998. – 194 с.

10.  Тютерев основы индуцирования болезнеустойчивости растений. С-Пб. центр защиты растений». ВИЗРс.

11.  Шакирова устойчивости растений к стрессовым факторам и ее регуляция. Уфа: Изд-во Гилем. 20с.

12.  , , и др. Иммунитет растений/ Под ред. проф. . — М.: Колос, 2005. — 190 с.

Вопросы к зачету

1.  История формирования знаний о мире патогенов растений.

2.  Роль открытия микроскопа в формировании современного взгляда на болезни растений.

3.  и в создании основ фитоиммунологии.

4.  Формирование современного взгляда на процессы взаимоотношения растений с другими организмами (нейтрализм, аменсализм, комменсализм, конкуренция, паразитизм, мутуализм (симбиоз), протокооперация).

5.  Народно-хозяйственное значение знаний по защите растений.

6.  Классификация болезней растений.

7.  Облигатные и факультативные паразиты,

8.  определение понятий «патогенность, вирулентность, агрессивность».

9.  Характеристика симптомов заболеваний растений: гнили, пятнистости, язвы, хлорозы, налеты, увядания, опухоли, пустулы, мумификации, отставания в росте, кустистости, деформации.

10.  Процесс развития заболевания, его основные стадии: заражение, инкубационный период, собственно болезнь.

11.  Факторы, определяющие распространение патогенов.

12.  Сравнение механизмов устойчивости растений с иммунитетом других форм живых организмов. Современные методы, необходимые для изучения физиологических механизмов устойчивости растений к фитопатогенам.

13.  Роль сигнальных систем растения и патогена (гормоны, элиситоры, супрессоры) в развитии устойчивости/восприимчивости растений к патогенам,

14.  Роль защитных белков растений в формировании устойчивости и белков агрессивности патогена,

15.  Белки рецепторной системы растений и патогенов

Перечень тем рефератов

1.  Фитоиммунология как составная часть общей иммунологии и физиологии растений.

2.  Двухфазность ответа растений на внедрение патогена: распознавание патогена и защитная реакция.

3.  Роль рецепторов и специфических для них элиситоровв распознавании.

4.  Некротрофы и биотрофы — низко - и высокоспециализированные патогены.

5.  Детерминанты устойчивости растений к патогенам.

6.  Детерминанты патогенности микроорганизмов.

7.  Теория Флора “ген-на-ген”.

8.  Роль вторичных метаболитов в вертикальной и горизонтальной устойчивости.

9.  Народно-хозяйственное значение использования знаний o иммунитете растений, история, сравнение механизмов устойчивости растений с иммунитетом других форм живых организмов.

10.  Роль сигнальных систем в развитии устойчивости растений к фитопатогенам и механизмам передачи и запуска систем иммунитета или напротив восприимчивости.

11.  Роль защитных белков в формировании устойчивости. Белки рецепторной системы растений.

12.  Роль гормональной системы растений в запуске защитных систем растений.

13.  Механизмы развития системной приобретенной и индуцированной устойчивости растений к фитопатогенам.

14.  Механизмы запуска и ингибирования защитных систем с участием сигнальных молекул.

15.  Роль активных форм кислорода, как вторичных мессенджеров, в запуске защитных систем растений.

16.  Практическое использование знаний о устойчивости растений к патогенам.

17.  Методы изучения физиологических механизмов устойчивости растений к патогенам.

Биотехнология растений (ОД. А.06)

(54 часа)

№	Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)	Задания по самостоятельной работе аспирантов	Рекомендуемая литература	Форма контроля самост. работы
1	Биотехнология растений как наука и отрасль производства (14 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1, 9, 14]	Тестовая контрольная работа
2	Дедифференциация и морфогенез растительных клеток in vitro: технология управления (12 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[7, 8, 10, 13, 15]	Тестовая контрольная работа
3	Микроклональное размножение растений (14 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1, 2, 6, 9, 15]	Тестовая контрольная работа
4	Использование культуры тканей и клеток в селекции растений (14 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[3, 11, 12, 15]	Тестовая контрольная работа

Рекомендуемая литература

1.  Биотехнология в сельском хозяйстве. Новосибирск, 1993. – 108 с.

2.  Бутенко клеток высших растений in vitro и биотехнологии на их основе. - М: ФБК-ПРЕСС, 19с.

3.  , , От Микроспоры - к сорту. - М.: Наука, 2010.174 с.

4.  Бутенко клеток растений и биотехнология. М.: Наука, 19с.

5.  Бутенко. культивируемых клеток и биотехнология растений. М.: Наука, 19с.

6.  , , Сарнацкая микроклонального размножения растений. К.: Наукова думка, 1992. – 232 с.

7.  , , Полищук культуры тканей в физиологии и биохимии растений. Киев: Наукова думка, 19с.

8.  , Дмитриева растений М:тАбрис, 20с.

9.  Лутова высших растений. - Изд. 2-е. - СПб.: Изд-во С.-Петерб. ун-та, 20с.

10.  , , Прокофьев сельскохозяйственной биотехнологии. – М.: «Агропромиздат», 1990.384 с.

11.  Сидоров растений: Клеточная селекция. – Киев: Наукова думка, 19с.

12.  Чиркова основы устойчивости растений. – СПб.: Изд-во С.-Петерб. ун-та, 20с.

13.  Шевелуха растений и его регуляция в онтогенезе. М.: Агропромиздат, 19с.

14.  , , и др. Сельскохозяйственная биотехнология. М.: Высшая школа, 19с.

15.  , , и др. Сельскохозяйственная биотехнология М.: Высшая школа, 20с.

Вопросы к зачету

1. Этапы развития биотехнологии растений.

2. Биотехнология растений и биобезопасность.

3. Международное и российское законодательство в отношении производства ГМ-растений и получаемых из них продуктов.

4. Культуры изолированных органов, тканей, клеток растений и схемы их получения. Культура растительных клеток в промышленности.

5. Дедифференциация, дифференциация и морфогенез растительных клеток и тканей in vitro. Способы управления.

6. Протопласты. Гибридизация соматических клеток и ее использование в селекции растений.

7. Сомаклональная изменчивость и возможности использования в селекции растений.

8. Технология получения безвирусного семенного материала картофеля.

9. Селекция растительных клеток устойчивых к абиотическим и биотическим стрессовым факторам in vitro.

10. Использование культуры изолированных растительных тканей и клеток в селекции растений.

11. Промышленное культивирование клеток растений. Принципы технологии и направления использования.

12. Андрогенез и эмбриокульутра растений in vitro. Технологии управления морфогенезом растительных клеток in vitro.

13. Стволовые клетки и меристема растений - сравнительный анализ.

14. Особенности синтеза вторичных растительных соединений in vitro.

15. Перспективные направления генетической модификации растений. Современное состояние производства генетических модифицированных растений в мире.

16. Методы биотехнологии в создании сортов сельскохозяйственных культур, устойчивых к болезням.

17. Российские школы и центры биотехнологии растений.

Перечень тем рефератов

1. Культура растительных клеток в промышленности.

2. Перспективные направления генетической модификации растений.

3. Современное состояние производства генетических модифицированных растений в мире.

4. Биотехнология растений – аспекты безопасности для человека.

5. Методы биотехнологии в создании болезнеустойчивых сортов растений.

6. Работы ученых Башкортостана в области биотехнологии растений.

7. Перспективные направления в промышленном культивировании растительных клеток.

8. Технологии управления морфогенезом растительных клеток in vitro.

9. Стволовые клетки и меристема растений - сравнительный анализ.

10. Особенности синтеза вторичных растительных соединений in vitro.

Физиология трансгенных растений (ОД. А.07)

(64 часов)

№	Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)	Задания по самостоятельной работе аспирантов	Рекомендуемая литература	Форма контроля самост. работы
1	Методы получения трансгенных растений (16 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1, 7]	Тестовая контрольная работа
2	Перенос генов в растения при помощи Agrobacterium tumefaciens (16 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[3, 4, 9]	Тестовая контрольная работа
3	Бинарные векторы, маркерные и селективные гены (16 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[3, 5]	Тестовая контрольная работа
4	Промоторы для генной инженерии растений (16 часов)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[2, 3, 6, 8]	Тестовая контрольная работа

Рекомендуемая литература

Основная

1.  Щелкунов инженерия: Учеб-справ. Пособие. – 3-е изд. Новосибирск. 20с.

2.  Генная инженерия растений. Лабораторное руководство. – М.: Мир, 1991. – 408 с.

3.  , Андрианов агробактерий и генетическая инженерния растений. М.: Наука, 19с.

4.  Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений / под ред. Вл. В. Кузнецова, , . – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2012. – 487 с. : ил. – (Методы в биологии).

Дополнительная

1.  Mikulits W, Chen D., Mfillner E. W. Dexamethasone inducible gene expsion optims by glucocorticoid antagonists // Nucleic Acids Research, 1995, V. 23. P. .

2.  Зверева С. Д., Романов  гены для генетической инженерии растений: характеристика и методы тестирования // Физиология растений. 2000. 47, 3: 479-488.

3.  Кулуев и их полногеномные промоторы // Биомика. 2013.

4.  ,  , Романов и индуцибельность функционирования промотора пататина класса 1 картофеля в трансгенном арабидопсисе // Физиология растений. Т.С. 397-408.

Вопросы к зачету

1. Получение трансгенных и транспластомных растений методом баллистической трансформации.

2. Электропорация и ПЭГ-трансформация протопластов.

3. Корончатые галлы и бородатые корни – опухоли растений. Agrobacterium tumefaciensи Agrobacterim rhizogenes.

4. Строение Ti - и Ri-плазмид.

5. Перенос Т-ДНК в геном растений.

6. Агробактериальная трансформация растений

7. Получение трансгенных растений из бородатых корней.

8. Использование Ti плазмид A. tumefaciens для создания трансгенных растений.

9. Коинтегративная векторная система.

10. Бинарная векторная система.

11. Маркерные и селективные гены, используемые в генной инженерии растений.

12. Конститутивные промоторы, используемые в генной инженерии растений.

13. Ткане - и органоспецифичные растительные промоторы.

14. Индуцибельные растительные промоторы.

15. Целевые гены, используемые при создании трансгенных растений.

16. Применение методов качественной и количественной ПЦР для анализа экспрессии генов в трансгенных растениях.

17. Применение метода саузерн-блот гибридизации при изучении трансгенных растений.

18. Определение отностительного содержания транскриптов генов растений с помощью ОТ-ПЦР.

19. Применение методов одномерного и двумерного электрофорезов белковых молекул при исследовании трансгенных растений.

20. Использование метода вестерн-блот-гибридизации для анализа экспрессии трансгена на белковом уровне.

21. Основные направления модификации хозяйственно-ценных растений.

22. Биобезопасность трансгенных растений.

Перечень тем рефератов

1. Метод агробактериальной трансформации.

2. Метод биобаллистики.

3. Электропорация протопластов растений.

4. Транспластомные растения.

5. Применеие Agrobacterim rhizogenes для получения композитных и трансгенных растений.

6. Ti плазмида.

7. Коинтегративная векторная система.

8. Бинарная векторная система.

9. Маркерные и селективные гены в растилеьной биотхенологии.

10. Репортерные гены для генетической инженерии растений.

11. Зеленый флюресцентный белок GFP.

12. Конститутивные растительные промоторы.

13. Тканеспецифичные растительные промоторы.

14. Индуцибельные растительные промоторы.

15. Количественный ОТ-ПЦР в реальном времени.

16. Основные направления модификации хозяйственно-ценных растений.

17. Биобезопасность трансгенных растений.

Факультативные дисциплины

Достижения транкриптомики, протеомики и метаболомики в науке о растениях (ФД. А.часа)

№	Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)	Задания по самостоятельной работе аспирантов	Рекомендуемая литература	Форма контроля самост. работы
1	Методы оценки экспрессии генов растений (32 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1, 2, 3, 6, 7, 8]	Тестовая контрольная работа
2	Современные подходы к коли-чественной оце-нке раститель-ных белков (16 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[3, 5, 8]	Тестовая контрольная работа
3	Количественная оценка низкомо-лекулярных ме-таболитов растений (16 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[2, 4]	Тестовая контрольная работа

Рекомендуемая литература

1.  J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbour Laboratory Press, 19p.

2.  Janz D., Behnke K., Schnitzler J.-P., Kanawati B., Schmitt-Kopplin Ph., Polle A. Pathway analysis of the transcriptome and metabolome of salt sensitive and tolerant poplar species reveals evolutionary adaptation of stress tolerance mechanisms // BMC Plant Biology. 2010. V. 10. P. 1-7.

3.  Mackay V. L., Li X. H., Flory M. R., Turcott E., Law G. L., Serikawa K. A., Xu X. L., Lee H., Goodlett D. R., Aebersold R., Zhao L. P., Morris D. R. Gene expression analyzed by high-resolution state array analysis and quantitative proteomics // Mol. Cell. Proteomics. 2004. V. 3. P. 478-489.

4.  Shulaev V., Cortes D., Miller G., Mittler R. Metabolomics for plant stress response // Physiol. Plant. 2008. V. 132. P. 199-208.

5.  Taylor N. L., Tan Y.-F., Jacoby R. P., Millar A. H. Abiotic environmental stress induced changes in the Arabidopsis thaliana chloroplast, mitochondria and peroxisome proteomes // Journal of Proteomics. 2009. V. 72. P. 367-378.

6.  Zeller G., Henz S. R., Widmer C. K., Sachsenberg T., Gunnar R., Weigel D., Laubinger S. Stress-induced changes in the Arabidopsis thaliana transcriptome analyzed using whole-genome tiling arrays // Plant Journal. 2009. V. 58. P. 1068–1082.

7.  , , Матвеева анализ экспрессии генов. Учебное пособие. СПб.: ТЕССА, 20с.

8.  Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений / под ред. Вл. В. Кузнецова и др. 20с.

Вопросы к зачету

1.  Методы оценки транскрипционной активности генов.

2.  Принцип метода Нозерн-блот-гибридизации.

3.  Принцип метода полимеразной цепной реакции после обратной транскрипции (ОТ-ПЦР). Особенности метода ПЦР в режиме реального времени.

4.  Анализ экспрессии генов с помощью ДНК-микрочипов (DNA-microarray).

5.  Принципы методов одномерного и двумерного электрофореза белков.

6.  Обнаружение и локализация белков в гелях. Методы окрашивания гелей.

7.  Метод Вестерн-блот-гибридизации. Этапы проведения анализа белков с помощью Вестерн-блот-гибридизации и особенности метода.

8.  Методы хроматографии для оценки вторичных метаболитов растений.

9.  Принципы методов газожидкостной и высоко-эффективной жидкостной хроматографии.

10.  Методы гистохимии в идентификации и локализации суберина, лигнина и других фенольных соединений в растительных тканях.

11.  Автофлуоресценция растительных полимеров – продуктов вторичного метаболизма.

12.  Наиболее распространенные красители, используемые для количественной оценки содержания и локализации вторичных метаболитов в тканях растений.

Фитогормоны в регуляции неспецифической устойчивости растений (ФД. А. 02)

(64 часа)

№	Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)	Задания по самостоятельной работе аспирантов	Рекомендуемая литература	Форма контроля самост. работы
1	Фитогормоны и их сигналинг (25 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1, 2, 4, 5,, 15, 18, 19]	Тестовая контрольная работа
2	Участие АБК в регуляции стресс-устойчивости (25 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1-4, 7-19, 16, 17]	Тестовая контрольная работа
3	Салицилат-, жасмонат - и этилен - индуцированная системная устойчивость (25 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[6-8, 10, 12-18]	Тестовая контрольная работа
4	Значение других гормонов в регуляции устойчивости растений (25 ч)	Проработать лекцию, рекомендов. литературу	[1-3, 8, 9, 13, 16-18]	Тестовая контрольная работа

Рекомендуемая литература

1.  Argueso CТ, Ferreira FJ, Kieber JJ Environmental perception avenues: the interaction of cytokinin and environmental response pathways // Plant Cell Environ. 2009. V. 32. P. 1147–1160.

2.  Bajguz A, Hayat S. Effects of brassinosteroids on the plant responses to environmental stresses. Plant Physiol Biochem // 2009. V. 47. P. 1-8.