Федеральное государственное автономное образовательное учреждение
высшего профессионального образования
«МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ
(государственный университет)»
УТВЕРЖДАЮ
Проректор по учебной работе
_______________
«____»______________ 2014 г.
ФАКУЛЬТЕТ БИОЛОГИЧЕСКОЙ И МЕДИЦИНСКОЙ ФИЗИКИ
КАФЕДРА ИННОВАЦИОННОЙ ФАРМАЦЕВТИКИ И БИОТЕХНОЛОГИИ
ПРОГРАММА
вступительных испытаний поступающих на обучение по программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре
по специальной дисциплине
НАПРАВЛЕНИЕ ПОДГОТОВКИ: 06.06.01 БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ
НАПРАВЛЕННОСТЬ (ПРОФИЛЬ): 03.01.02 БИОФИЗИКА
Форма проведения вступительных испытаний: | Экзамен (устный) |
ЗАВ. КАФЕДРОЙ
(подпись) (фамилия)
“ “ 2014 года.
«Медицинская химия»
- история развития медицинской химии, основные подходы и теории
- кинетика и фармакокинетика, основные уравнения фармакокинетики
- ADME/Tox, включая Vd, PPB, CYP450-опосредованный метаболизм, T1/2, P-gp, BBB-permeability, HIA, Cl, Cmax, C0, LD50, CC50, суррогатный ADME и т. д.
- основные параметры, характеризующие активность и селективность ЛС (IC50, EC50, ED50, Kib, Kif, Kb и и. д.)
- молекулярный механизм действия и строение системы микросомального окисления
- механизмы биотрансформации ЛС, понятие про-лекарство
- строение и функции биологических мембран (ГЭБ, ЭПМ, ЖКТ), молекулярные механизмы транспорта ЛС
- фармакодинамика, биологические мишени, молекулярные механизмы действия ЛС
- классификация ЛС по молекулярному механизму действия
- терапевтически-значимые внутриклеточные сигнальные пути, способы регуляции с использованием ксенобиотиков
- супрамолекулярные взаимодействия в живых системах, hot-points, классификация пространственных взаимодействий между белками
- агонисты, антагонисты, ингибиторы, активаторы (аллостерические, суицидные, обратимые, частичные, переходного состояния и т. д.)
- современные подходы к созданию новых физиологически активных малых молекул
- средства нацеленной доставки (Flytraps, Clips, Tweezers, nanoparticles)
- изостеризм / биоизостеризм / M2D / дженерики / топологические аналоги
- комбинаторная химия и биологический скрининг, избранные подходы комбинаторной химии (методы и реакции: Уги, Пассерини, синтезы на основе изоцианатов и т. д.), методы биоскрининга (HTS, UHTS), белковые чипы, твердофазный и жидкофазный синтез
- белок-белковые взаимодействия (PPI) как биологическая мишень, особенности строения, синтез и механизмы действия пептидомиметиков, включая миметики α-поворотов, β-спиралей и петель.
- миметики DRE, включая p53/MDM2/MDMX/SMYD2, SH2/SH3 домены, DRD2-4, LFA-1/ICAM, PIF-домены, антагонисты окситоцинового рецептора, RGD белки, β-Catenin/Tcf4, LEDGF/HIV-IN, HPV E1/E2, IFN-a/IFNAR, TNF-a триммер, Bax/bac и др.
- фокусированные и тематические библиотеки органических соединений, методы создания/тестирования, фазы клинических испытаний, животные и клеточные модели, proof-of-concept.
- понятия хит, лид, лекарственный кандидат, фальш-позитивные соединения (Frequent Hitters, promiscuous compounds)
- актуальные вопросы медицинской химии, включая Sp3- и «Beyond Flatland»-концепции, спиро-соединения, targeted diversity и т. д.
- медицинско-химические основы токсичности лекарственных соединений, химическая модификация, оптимизация фармакокинетических свойств. Механизмы токсичности 1,4- и 1,2-Михаэль, ангидриды кислот, галоген производные, гидроксамовые кислоты (перегруппировка Лоссена), фураны и тиофены, 3-алкил замещенные индолиноны, бор - и фосфо-органические соединения, иминохиноны и хиноны, сопряженные активированные диеновые системы, фототоксичность, напряженные циклы, производные гидразинов, про-токсины, алкилаторы (ковалентная модификация белков) и интеркаляторы, хелаторы, тератогены, метал-органические соединения, основания Шиффа и Манниха, конденсированные ароматические системы и т. д.
- механизмы вывода лекарств и их метаболитов из организма, фазы метаболизма, глутатион, глюкуронизация и другие модификации
- синтетические подходы к созданию новых ЛС, интеллектуальная собственность, особенности патентования новых ЛС
- основные мишени для ЛС, включая семейство GPCR, киназы, протеазы, трансферазы, оксидоредуктазы, изомеразы, лиазы, лигазы, гидролазы, транскрипционные факторы, COX1-3, MMPs, ионные каналы, ЦНС-мишени, нуклеарные рецепторы, полимеразы, синтазы и т. д. особенности взаимодействия ЛС с терапевтически значимыми мишенями, физиологический ответ
- эпигенетический аппарат и ассоциированные мишени, включая HDACs и MTs, лекарственные молекулы
- современные стратегии H2L оптимизации, SAR анализ
- принципы отбора химических соединений для нужд биоскрининга
- правила Липинского для пероральных ЛФ, модификации
- избранные приемы медицинской химии для оптимизации фармакокинетических свойств, активности и селективности, а также снижения токсичности
- fragment-based и рандомный скрининг, Bio-MNR
- взаимодействие ЛС с биологическими мембранами
- микроволновой синтез
- липофильность ЛС, методы определения
- многообразие скэффолдов, темплейтов и хемотипов
- основы агрохимии, классификация агрохимикатов
- основные мишени и молекулярные механизмы действия агрохимикатов
- принципы создания новых гербицидов, фунгицидов, акарицидов и регуляторов роста растений
ЛИТЕРАТУРА
1. Oprea T. I. - Chemoinformatics in Drug Discovery (2005)
2. Seifert R. f Wieland T. - G Protein-Coupled Receptors as Drug Targets (2005)
3. Kappe C. O., Stadler A. - Microwaves in Organic and Medicinal Chemistry (2005)
4. Bannwarth W., Hinzen B. - Combinatorial Chemistry, 2nd Ed. (2006)
5. Cruciani G. - Molecular Interaction Fields (2006)
6. Hamacher M. f Marcus K., Stuhler K., van Hall A., Warscheid В., Meyer H. E. - Proteomics in Drug Research (2006)
7. Triggle D. J., Gopalakrishnan M., Rampe D., Zheng W. - Voltage-Gated Ion Channels as Drug Targets (2006)
8. Rognan D. - Ligand Design for G Protein-Coupled Receptors (2006)
9. Smith D. A., van de Waterbeemd H., Walker D. K. - Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design, 2nd Ed. (2006)
10. Langer Т., Hoffmann R. D. - Pharmacophores and Pharmacophore Searches (2006)
11. Francotte E., Lindner W. - Chirality in Drug Research (2006)
12. Jahnke W., Erlanson D. A. - Fragment-based Approaches in Drug Discovery (2006)
13. Huser J. - High Throughput-Screening in Drug Discovery (2006)
14. Wanner K. T., Hofher G. - Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry (2007)
15. Mannhold R. - Molecular Drug Properties (2008)
16. Vaz R. J., Klabunde T. - Antitargets (2008)
17. Ottow E., Weinmann H. - Nudear Receptors as Drug Targets (2008)
18. van de Waterbeemd H., Testa B. - Drug Bioavailability, 2nd Ed. (2009)
19. Todeschini R. f Consonni V. - Molecular Descriptors for Chemoinformatics (2009)
20. Sippl W., Jung M. - Epigenetic Targets in Drug Discovery (2009)
21. Faller В., Urban L. - Hit and Lead Profiling (2009)
22. Ecker G., Chiba P. - Transporters as Drug Carriers (2009)
23. Ghosh A. K. - Aspartic Acid Proteases as Therapeutic Targets (2010)
24. Smit M. J., Lira S. A., Leurs R. - Chemokine Receptors as Drug Targets (2011)
25. Rautio J. - Prodrugs and Targeted Delivery (2011)
26. Sotriffer C. - Virtual Screening (2011)
27. Klebl В., Muller G., Hamacher M. - Protein Kinases as Drug Targets (2011)
28. De Clercq E. - Antiviral Drug Strategies (2011)
29. Smith D. A., Allerton C., Kalgutkar A. S., van de Waterbeemd H., Walker D. K. - Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design, 3rd Ed. (2012)
30. Kappe C. O., Stadler A., Dallinger D. - Microwaves in Organic and Medicinal Chemistry, 2nd Ed. (2012)
31. Gohlke H. - Protein-Ligand Interactions (2012)
32. Brown N. - Bioisosteres in Medicinal Chemistry (2012)
33. Kalgutkar A. S., Dalvie D., Obach R. S., Smith D. A. - Reactive Drug Metabolites (2012)
34. Domling A. - Protein-Protein Interactions in Drug Discovery (2013)
ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ЛИТЕРАТУРА
1. Граник медицинской химии. 2001
2. Kubinyi H. - QSAR - Hansch Analysis and Related Approaches (1993)
3. van de Waterbeemd H. - Chemometric Methods in Molecular Design (1995)
4. van de Waterbeemd H. - Advanced Computer-Assisted Techniques in Drug Discovery (1995)
5. Pliska V., Testa В., van de Waterbeemd H. - Lipophilicity in Drug Action and Toxicology (1996)
6. Holtje H.-D., Folkers G. - Molecular Modeling (1997)
7. Gubernator K. f Bohm H.-J. - Structure-Based Ligand Design (1998)
8. Gualtieri F. - New Trends in Synthetic Medicinal Chemistry (2000)
9. Clark D. E. - Evolutionary Algorithms in Molecular Design (2000)
10. Bannwarth W., Felder E. - Combinatorial Chemistry (2000)
11. Bohm H.-J., Schneider G. - Virtual Screening for Bioactive Molecules (2000)
12. Todeschini R. f Consonni V. - Handbook of Molecular Descriptors (2000)
13. Molema G. f Meijer D. K.F. - Drug Targeting Organ-Specific Strategies (2001)
14. Smith D. A., van de Waterbeemd H. f Walker D. K. - Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design (2001)
15. Lengauer T. - Bioinformatics - From Genomes to Drugs (2002)
16. Seydel J. K., Wiese M. - Drug-Membrane Interactions (2002)
17. Zerbe O. - BioNMR in Drug Research (2002)
18. Carloni P., Alber A. - Quantum Medicinal Chemistry (2003)
19. van de Waterbeemd H. f Lennernas H., Artursson P. - Drug Bioavailability (2003)
20. Bohm H.-J., Schneider G. - Protein-Ligand Interactions (2003)
21. Babine R. E., Abdel-Meguid S. S. - Protein Crystallography in Drug Discovery (2004)
22. DingermannT., Steinhilber D., Folkers G. - Molecular Biology in Medicinal Chemistry (2004)
23. Kubinyi H. f Muller G. - Chemogenomics in Drug Discovery (2004)
