Характеристика аллелофонда башкирских популяций крупного рогатого скота черно-пестрой и симментальской пород по микросателлитам (стр. 2 )

Табл. 2. Анализ молочной продуктивности коров симментальской породы

Показатели	Продуктивность по лактациям
1-я лактация	2-я лактация
Число голов	95	95
удой, кг	3105±93	3726±112
жир, %	4,00±0,03	4,80±0,03
молочный жир, кг	123,7±3,5	178,1±5,1
белок, %	2,84±0,01	3,41±0,01
молочный белок, кг	88,3±2,7	127,1±3,8

3.2 Характеристика аллелофонда башкирских популяций

черно-пестрого скота по микросателлитам

3.2.1. Анализ аллельных профилей

Анализ микросателлитных профилей изучаемых популяций скота черно-пестрой породы проводили, как между собой, так и в сравнении с другими популяциями скота черно-пестрой и голштинской пород отечественного (Московская область) и импортного происхождения.

Примечание: Ось Х – локусы МС, ось Y - число аллелей соответствующих микросателлитных локусов. CHP_AGRО – коровы
АФ «Стерлитамакская», CHP_GUSP – коровы хозяйства ГУСП «Стерлитамакское».

Рис. 2. Число аллелей в локусах микросателлитов у исследованных популяций крупного рогатого скота

Как показано на рисунке 2, число аллелей МС варьировало от 2 в локусе ILST005 до 15 в локусе TGLA122. В целом наибольшим генетическим разнообразием характеризовалась популяция CHP_AGRO (9,0±1,1 аллелей на локус против 7,9±1,0 в популяции CHP_GUSP), что было обусловлено, в основном, наличием редких аллелей (табл. 3).

Табл. 3. Наличие информативных и эффективных аллелей в изучаемых популяциях коров черно-пестрой породы

Популяция	Число аллелей МС	Число аллелей МС на локус
Na	Na≥5%	Ne
CHP_AGRO	108	9,0±1,1	4,7±0,1	4,5±0,5
CHP_GUSP	95	7,9±1,0	4,2±0,1	3,8±0,3

Примечание: Na≥5% - информативные аллели (с частотой встречаемости ≥5%); Ne – эффективные аллели.

Анализ аллельных профилей коров CHP_AGRO и CHP_GUSP показал, что по большинству исследованных локусов МС выявлен сходный характер распределения частот встречаемости аллелей. По некоторым локусам выявлены заметные различия: так, аллель 295 локуса ILST006 у коров CHP_AGRO имел частоту встречаемости - 0,221, а у коров CHP_GUSP - 0,123. Частоты встречаемости аллеля 266 локуса BM1818 составили 0,529 и 0,269, аллеля 151 локуса TGLA122 – 0,144 и 0,340, аллеля 81 локуса TGLA,178 и 0,370, соответственно. По всей видимости, различия в частотах встречаемости аллелей МС между исследуемыми популяциями были обусловлены использованием различных быков-производителей.

Оценка информативности локусов МС для проведения экспертизы на достоверность происхождения в изучаемых популяциях черно-пестрого скота показала вероятность подтверждения родителей 99,98-99,99%, вероятность исключения родителей – >99,99%.

Сравнительный анализ аллельных профилей башкирских популяций черно-пестрого скота с другими популяциями черно-пестрого и голштинского скота отечественного (Московская область) и зарубежного (немецкого, американского, бельгийского, шведского) происхождения показал их высокое генетическое сходство по большинству исследованных локусов МС: коэффициенты корреляции распределения аллелей МС по локусам МС составили: BM1818 – 0,49-0,98, BM1824 – 0,80-0,99, BM2113 – 0,07-0,55, TGLA122 – 0,12-0,78, TGLA126 – 0,85-0,93, TGLA227 – 0,33-0,70, ETH10 – 0,92-0,97, ETH225 – 0,880,93, ILST006 – 0,88-0,93, SPS115 – 0,92-0,95. Показано высокое генетическое сходство башкирских популяций с популяцией черно-пестрого скота Московской области: лишь 1,3% генетических различий по МС были обусловлены межгрупповыми различиями, и 98,7% приходилось на внутрипопуляционное разнообразие.

3.2.2. Определение уровней гетерозиготности и показателей F-статистики

С целью оценки генетической изменчивости в изучаемых популяциях скота в сравнении с другими породами, нами был выполнен расчет наблюдаемой и ожидаемой степеней гетерозиготности, определёны показатели F – статистики (табл. 4).

Табл. 4. Фактическая и ожидаемая степени гетерозиготности

Популяция	Ho	He	Ho-Heррвапавп	Fis
CHP_AGRO	0,729±0,032	0,741±0,032	-0,012	0,014±0,017
CHP_GUSP	0,691±0,032	0,710±0,031	-0,019	0,027±0,013

Примечание: Не – ожидаемая степень гетерозиготности, Ho – фактическая степень гетерозиготности, F - Разница Ho-He. «+ / -» - избыток / дефицит гетерозигот, Fis – индекс фиксации.

Как следует из данных таблицы 4, изучаемые популяции характеризуются высоким генетическим разнообразием. Достоверных различий между популяциями в уровне гетерозиготности выявлено не было. В обеих популяциях выявлен незначительный дефицит гетерозигот: 1,2–1,9%. На дефицит гетерозигот указывают положительные значения индекса Fis: 0,014 и 0,027, соответственно. Минимальная степень гетерозиготности выявлена в локусе ILST005 – 0,426 у коров CHP_GUSP и 0,452 - у коров CHP_AGRO, максимальная – в локусе ILST006 у коров CHP_GUSP – 0,840 и в локусе TGLA227 у коров CHP_AGRO – 0,904.

Анализ пространственного распределения изучаемых популяций черно-пестрого скота показал, что они представляют собой хорошо консолидированные частично перекрывающиеся массивы, что указывает на некоторые различия в ДНК-профилях, с другой стороны, - на общность происхождения (рис. 3).

Примечание: - CHP_AGRO,
- CHP_GUSP.

Рис. 3. Двухмерное распределение в группах коров CHP_AGRO и CHP_GUSP

3.3. Характеристика аллелофонда башкирской популяции симментальского скота по микросателлитам

Результаты анализа аллельных профилей микросателлитов показали отсутствие достоверных различий в разнообразии между башкирской популяцией и сравниваемыми популяциями симментальского скота (рис. 4).

Примечание: Башкирская (SIM_B), сибирская (SIM-SIB), орловская (SIM_O), австрийская (SIM-A) чистопородные и голштинизированная (SIM_H) популяции симментальского скота; Na – среднее число аллелей на локус, Ne – число эффективных аллелей на локус.

Рис. 4. Аллельные профили башкирской популяции в сравнении с другими популяциями симментальского скота

Среднее число аллелей на локус микросателлитов варьировало от 7,08±0,58 в австрийской и 7,08±0,72 в башкирской популяциях до 9,17±1,07 в популяции голштинизированного симментальского скота и в среднем по всем популяциям составило 9,00±0,37. Башкирская популяция симментальского скота при относительно невысоком уровне генетического разнообразия характеризовалась наиболее высоким числом эффективных аллелей на локус (4,11±0,37) по сравнению с другими чистопородными популяциями, в которых значения данного показателя варьировали от 3,17±0,24 до 4,00±0,47.

Как следует из данных таблицы 5, башкирская популяция симментальского скота характеризуется относительно высокой степенью гетерозиготности, которая составила 0,735 что было выше по сравнению с животными сибирской (0,731), орловской (0,682), австрийской (0,633), и голштинизированной популяциями (0,681). Анализ в аспекте отдельных локусов показал, что минимальная степень фактической гетерозиготности выявлена у башкирской популяции в локусе ETH10 – 0,488, максимальная в локусе TGLA227 – 0,934. Были выявлены достоверные различия в уровнях гетерозиготности у башкирской и сибирской (p<0,05), а также башкирской и австрийской популяций (p<0,05).

Табл. 5. Фактическая и ожидаемая степени гетерозиготности

Популяции	Ho	He	Ho-Heррвапавп	Fis
Башкирская	0,735±0,051	0,735±0,023	0,000	0,004±0,055
Сибирская	0,731±0,053	0,699±0,043	+0,032	-0,043±0,031
Орловская	0,682±0,048	0,669±0,048	+0,013	-0,031±0,033
Австрийская	0,633±0,030	0,664±0,026	-0,031	0,043±0,034
Голштинизированная	0,681±0,031	0,731±0,031	-0,050	0,068±0,017

Примечание: Не – ожидаемая степень гетерозиготности, Ho – фактическая степень гетерозиготности, F - Разница Ho-He. «+/-» - избыток / дефицит гетерозигот, Fis – индекс фиксации.