Аспиранты 2015 г. поступления (стр. 2 )

Eliseeva IA. In silico motif analysis suggests an interplay of transcriptional and translational control in mTOR response. / Eliseeva IA, Vorontsov IE, Babeyev KE, Buyanova SM, Sysoeva MA, Kondrashov FA, Kulakovskiy IV. // Translation. -- 2013. -- 1:e27469. doi:10.4161/trla.27469

I. Kulakovskiy. From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. / I. Kulakovskiy, V. Levitsky, D. Oshchepkov, L. Bryzgalov, I. Vorontsov, V. Makeev // Journal of Bioinformatics and Computational Biology -- 2013 -- 11(1): 1340004. doi:10.1142/S0219720013400040

Ilya E Vorontsov. Jaccard index based similarity measure to compare transcription factor binding site models. / Ilya E Vorontsov, Ivan V Kulakovskiy and Vsevolod J Makeev // Algorithms for Molecular Biology -- 2013 -- 8:23. doi:10.1186/1748-7188-8-23

Участие в грантах:

14-04-01838 А. (2014-2016) Взаимосвязь регуляции транскрипции и трансляции в клеточном ответе на ростовые стимулы.

15-34-20423 мол_а_вед. (2015-2016) Модели мотивов в нуклеотидных последовательностях для анализа ДНК-белкового узнавания в задачах регуляторной геномики высших эукариот.

Участие в конференциях:

[устный доклад] (2015) January 12-15, 6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, BIOINFORMATICS 2015, Lisbon, Portugal.  I. E. Vorontsov, I. V. Kulakovskiy, G. Khimulya, D. D. Nikolaeva, V. J. Makeev; PERFECTOS-APE: Predicting Regulatory Functional Effect of SNPs by Approximate P-value Estimation. p.102-108, DOI: 10.5220/0005189301020108

[стендовый доклад] (2014) March 27-28, Integrative and Computational Biology, V IMPPC Annual Conference and 4DCellFate Workshop, Barcelona, Spain.  I. A. Eliseeva, I. E. Vorontsov, K. E. Babeyev, S. M. Buyanova, M. A. Sysoeva, F. A. Kondrashov, I. V. Kulakovskiy; mTOR mRNA targets and transcription-translation rendezvous: a peep through sequence analysis keyhole.

[стендовый доклад] (2014) March 27-28, Integrative and Computational Biology, V IMPPC Annual Conference and 4DCellFate Workshop, Barcelona, Spain.  I. Kulakovskiy, I. Vorontsov, G. Khimulya, V. Makeev; Comparison and classification of transcription factor binding sites models with application to functional annotation of regulatory sequence variants.

[стендовый доклад] (2013) July 21-23, 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 12th European Conference on Computational Biology, ISMB/ECCB 2013, Berlin, Germany.  I. Vorontsov, I. Kulakovskiy, V. Makeev; Jaccard Index to Compare Position Weight Matrices of Transcription Factor Binding Sites.

Авторские свидетельства:

Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 000. ФАЗАН-ПРО (Функциональная Аннотация Замен Нуклеотидов – Предсказание Особенностей). Авторы: (RU), (RU), (RU). Заявка № 000. Дата поступления 11 ноября 2013г. Дата государственной регистрации в Реестре программ для ЭВМ 13 февраля 2014г.

(function(messageBody){ if (!messageBody) { return null; } function bindEvent(el, eventName, eventHandler) { if (el. addEventListener){ el. addEventListener(eventName, eventHandler, false); } else if (el. attachEvent){ el. attachEvent('on'+eventName, eventHandler); } } var LinksListener = function(link){ this. link = link; this. originHref = link. getAttribute('href'); this. clearHref = this._clearHref(this. originHref); var self = this; bindEvent(this. link, 'mouseover', function(){ self. link. setAttribute('href', self. clearHref); }); bindEvent(this. link, 'mousedown', function(evt){ if (evt) { if (typeof evt. whitch!= 'undefined' && evt. whitch!= 3) { self. link. setAttribute('href', self. originHref); } else if (evt. button!= 2) { self. link. setAttribute('href', self. originHref); } } else { self. link. setAttribute('href', self. originHref); } }); } LinksListener. prototype._clearHrefReg = /\/link\?check=1.*?url=([^&]+).*?/ LinksListener. prototype._clearHref = function(href) { var res = this._clearHrefReg. exec(href); var clearHref = href; if (res) { try { clearHref = decodeURIComponent(res[1]); } catch (e) { clearHref = unescape(res[1]); } } return clearHref; }; var links = messageBody. getElementsByTagName('A'); for (var i = 0; i  

4. Омарова Джамиля Камильевна

Группа генетической адаптации человека

Зачислена в очную аспирантуру на бюджетной основе 12 августа 2013 года.

Приказ № 24/а §3от 12 августа 2013 года.

Научный руководитель: д. б.н. Булаева Казима Багдадовна.

Тема исследования: «Роль потери геторозиготности в патогенезе комплексных заболеваний в родословных из генетических изолятов».

Утверждена на заседании Ученого Совета ИОГан РАН 5 ноября 2013 года, Протокол № 7.

Промежуточная аттестация за 1-ый год: - аттестована 1 октября 2014 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год – 1 октября 2015 – не проходила аттестацию.

5.

Лаборатория популяционной генетики

Зачислена в очную аспирантуру на бюджетной основе 12 августа 2013 года.

Приказ № 24/а §4 от 01.01.01 года.

Научный руководитель: д. б.н., зав. лабораторией популяционной генетики.

Тема исследования: «Генетическая структура популяций серого волка (Canis lupus L.) Сибири».

Утверждена на заседании Ученого Совета ИОГен РАН 5 ноября 2013 года, протокол № 7.

Промежуточная аттестация за 1-ый год: - аттестована 1 октября 2014 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год - аттестована 1 октября 2015 года.

Публикации:

, , Политов распределение изменчивости микросателлитных локусов и мтДНК волка Сибири Canis lupus L.

4.

Лаборатория генетики микроорганизмов

Зачислен в очную аспирантуру на бюджетной основе 12 августа 2013 года.

Приказ № 24/а § 5 от 01.01.01 года.

Научный руководитель: , д. б.н., проф., заведующий лабораторией генетики микроорганизмов.

Тема исследования: «Изучение роли whiB7 гена и генов его регулона в природной устойчивости к антибиотиками у микобактерий»

Утверждена на заседании Ученого Совета ИОГен РАН 5 ноября 2013 года, протокол № 7.

Промежуточная аттестация за 1-ый год: - аттестован 1 октября 2014 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год - аттестован 1 октября 2015 года.

Форумы:

•Shur KV, Klimina KM, Zakharevich NV, et al. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain E186hv of Beijing B0/W Lineage with Reduced Virulence. Genome Announcements. 2015;3(3):e00403-15. doi:10.1128/genomeA.00403-15.

•

•Maslov DA, Shur KV, Bekker OB, et al. Draft Genome Sequences of Two Pyrazinamide-Resistant Clinical Isolates, Mycobacterium tuberculosis 13-4152 and 13-2459. Genome Announcements. 2015;3(4):e00758-15. doi:10.1128/genomeA.00758-15.

•

•Maslov DA, Zaĭchikova MV, Chernousova LN, Shur KV, Bekker OB, Smirnova TG, Larionova EE, Andreevskaya SN, Zhang Y, Danilenko VN. Resistance to pyrazinamide in Russian Mycobacterium tuberculosis isolates: pncA sequencing versus Bactec MGIT 960. Tuberculosis (Edinb). 2015 Sep;95(5):608-12.

Публикации:

1) II Конгресс национальной ассоциации фтизиатров, Спб, 2013 устный доклад

2) 38th FEBS Congress, Russia, Saint Petersburg 2013 постерный доклад

3) The 2015 TB SUMMIT, European Scientific Conferences, United Kingdom, London, 2015. Постерный доклад.

8.

Лаборатория генетики микроорганизмов

Переведен в очную аспирантуру ИОГен РАН на бюджетной основе 20 декабря 2013 года.

Приказ о переводе № 47/а от 2 декабря 2013 года.

Научный руководитель: , д. б.н., проф., заведующий лабораторией генетики микроорганизмов.

Тема исследования: «Аспартат-аммиак-лиазы бактекрий: генетическое конструирование вариантов с измененными каталитическими свойствами и их применение в биотехнологии».

Утверждена на заседании Ученого Совета ИОГен РАН 17 декабря 2013 года, протокол № 9.

Промежуточная аттестация за 1-ый год: - аттестован 1 октября 2014 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год - аттестован 1 октября 2015 года.

Публикации:

1) Биотехнология (5.2014) ISSN 0234-2758 – , , Яненко экспрессия гена аспартазы (L-аспартат-аммонийлиазы) в клетках Escherichia coli.

2) VII Московский международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития-2013. Участие в постерной сессии - Высокоэффективная экспрессия гена аспартазы в Escherichia coli , , ФГУП «ГосНИИгенетика», Москва

Аспиранты 2012 г. поступления

(Обучение по ФГТ)

1.

Лаборатория генетических основ идентификации растений

Зачислен в очную аспирантуру на бюджетной основе 31 октября 2012 года.

Приказ № 47/а § 1 от 29 октября 2012 года

Научный руководитель: – д. б.н., ведущий научный сотрудник.

Тема исследования: «Генетический контроль и полиморфизм легкорастворимых белков зерна ячменя».

Утверждена на заседании Ученого Совета ИОГен РАН 21 февраля 2013 года, протокол № 1.

Промежуточная аттестация за 1-ый год – аттестован 19 февраля 2014 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год – аттестован 10 февраля 2015 года.

Промежуточная аттестация за 2-ой год – аттестован 1 октября 2015 года.

Конференции:

1.  «Проблемы использования генетических маркеров для паспортизации и идентификации сортов ячменя.» , , «Идеи в современном мире», Санкт – Петербург, 6 - 9 ноября 2012 г.

2.  «Полиморфизм запасных белков у современных сортов ярового ячменя, возделываемых на территории РФ» В, , VI Съезд Вавиловского Общества Генетиков и Селекционеров (ВОГиС) и ассоциированные генетические симпозиумы г. Ростов-на-Дону, 15 - 20 июня 2014 г