Метод Смита–Ватермана не влияет на:

А) инициализацию матрицы

Б) заполнение матрицы

В) счет и путь выравнивания

Г) минимизацию редакционного расстояния

Выберите программу, которая сравнивает аминокислотные последовательности

А) BLASTX

Б) PSI–BLAST

В) TBLASTX


Попарное выравнивание применяется для:

А) нахождения консервативных участков в наборе гомологичных последовательностей.

Б) нахождения сходных участков

В) нахождения и сопоставления участков, одинаково уложенных в пространстве


Скрытые марковские модели (HMM) – это метод, в котором

А) подбираются данные для последовательностей, аналогичных запрошенной

Б) осуществляется описание тонких различий, существующих между семействами гомологичных последовательностей

В) выделяют наборы признаков, наблюдаемых в однородной выборке многих последовательностей


Какое количество методов реализовано в программе IT Microcosm

А) 3  Б) 4  В) 5


База данных, в которой представлена классификация укладок, основанная на выравнивании структур

А) SCOP

Б) CATH

В) FSSP

Г) DDD

Вариант 14


Связный граф – это:

А) абстрактная структура, содержащая вершины и ребра

Б) группа последовательно соединенных ребер

В) структура, содержащая хотя бы один путь между вершинами

Г) структура, содержащая один и только один путь между любыми двумя точками


Выберите аминокислоты, которые относятся к типу маленькие неполярные остатки

А) Gly, Ala, Ser, Thr

Б) Cys, Val, Ile, Leu, Pro, Phe, Tyr, Met, Trp

В) Asn, Gln, His

Г) Asp, Glu

НЕ нашли? Не то? Что вы ищете?

Д) Lys, Arg


Выберите продольную упаковку листов

А) Б)


Структурное выравнивание применяется для:

А) нахождения консервативных участков в наборе гомологичных последовательностей.

Б) нахождения сходных участков

В) нахождения и сопоставления участков, одинаково уложенных в пространстве


Участки ДНК, распознаваемые регуляторами транскрипции или ферментами рестрикции, имеющие похожие последовательности, которые располагаются, то на одной цепи, то на другой – это

А) Делеции

Б) Повторы

В) Палиндромы


Граф – это:

А) абстрактная структура, содержащая вершины и ребра

Б) группа последовательно соединенных ребер

В) структура, содержащая хотя бы один путь между вершинами

Г) структура, содержащая один и только один путь между любыми двумя точками

Как называется методы докинга, при котором докируются фрагменты молекул, которые затем сшиваются; фармакофорный докинг

А) Фрагментные

Б) Решеточные

В) Якорные

Г) С использованием скоринг–функций


Дерево – это:

А) абстрактная структура, содержащая вершины и ребра

Б) группа последовательно соединенных ребер

В) структура, содержащая хотя бы один путь между вершинами

Г) структура, содержащая один и только один путь между любыми двумя точками


Модуль TestSim, в программе IT Microcosm выдает данные

А) вероятности наличия активности у исследуемого соединения

Б) вероятности наличия  и отсутствия активности

В) функции принадлежности к классу активных


Профили – это метод, в котором

А) подбираются данные для последовательностей, аналогичных запрошенной

Б) осуществляется описание тонких различий, существующих между семействами гомологичных последовательностей

В) выделяют наборы признаков, наблюдаемых в однородной выборке многих последовательностей

Вариант 15


Выберите формулу для определения цены мутации

А)

Б)

В)

Г)


База данных, в которой представлен словарь DALI доменов

А) SCOP

Б) CATH

В) FSSP

Г) DDD


Как называется методы докинга, при котором группа атомов биомишени, попавших в одну ячейку пространственной решетки, заменяются «псевдоатомом»; «аминокислотные атомы» силового поля AMBER

А) Фрагментные

Б) Решеточные

В) Якорные

Г) С использованием скоринг–функций


Выберите подробную модель скелета белка:

А)   Б)   В)



Сведемние вместе сходных предметов различая классы объектов, более сходных с любыми другими – это:

А) Иерархическая кластеризация

Б) Кластеризация

В) Подобие

База данных, в которой представлена классификация белков структур

А) SCOP

Б) CATH

В) FSSP

Г) DDD


Выравнивание последовательностей – это

А) математический метод

Б) биоинформатический метод

В) биологический метод


Какое количество стратегий реализовано в программе IT Microcosm

А) 3

Б) 4

В) 5


Укажите способ, при котором невозможно использовать Профили

А) проводить выравнивание для малого объема выборок, с указанием всего набора характеристик данного семейства.

Б) проводить выравнивание дальнеродственных последовательностей

В) определение активного сайта и его функций, по набору остатков высокой степени консервативности


Укажите формулу для определения среднеквадратичного отклонения соответствующих атомов

А)   Б)   В)

Вариант 16


Что используют для предсказания позиций поворотов между элементами вторичной структуры

А) профиль гидрофобности

Б) сравнение с гомологичной последовательностью

В) анализ аминокислотной последовательности


Выберите ортогональную упаковку листов

А) Б)


Как называется методы докинга, при котором не выполняется оптимизация конформации фрагмента молекулы лиганда, обычно жесткого

А) Фрагментные

Б) Решеточные

В) Якорные

Г) С использованием скоринг–функций


Путь – это:

А) абстрактная структура, содержащая вершины и ребра

Б) группа последовательно соединенных ребер

В) структура, содержащая хотя бы один путь между вершинами

Г) структура, содержащая один и только один путь между любыми двумя точками


Выберите упаковку б–спиралей «Пучок»

А) Б) В)


Величина Z-score­ – это:

А) мера сходства среднего и стандартного отклонения весов полученных выравниваний

Б) мера сходства максимального и стандартного отклонения весов полученных выравниваний

В) мера сходства минимального и стандартного отклонения весов полученных выравниваний


Если две последовательности (состоящие из 350 аминокислот) имеют расстояние в 7 PAM, то последовательности совпадают на:

А) 7%  Б) 93%  В)

Выравнивание последовательностей в основном применяется для:

А) аннотирования геномов, а также для определения и функции генов.

Б) установления гомологии для двух и более последовательностей

В) расшифровки нового штамма вируса


Целью сравнивания двух или более последовательностей являются:

1) соизмерить их сходство и установить соответствие между остатками;

2) отметить консервативные и вариабельные области;

3) высказать соображения об эволюционных взаимосвязях

Верно:

А) 1, 2, 3;

Б) 1 и 2;

В) неверна ни одна из целей;


Как называется метод докинга, при котором для оценки энергии образования комплекса используются специальные «оценочные» параметры

А) Фрагментные

Б) Решеточные

В) Якорные

Г) С использованием скоринг–функций

Вариант 17


Метод измерения расстояния между двумя последовательностями по Хэммингу заключается в определении:

А) максимального числа операций редактирования, необходимых для того, чтобы превратить одну строку в другую

Б) количества несовпадающих позиций между двумя последовательностями одинаковой длины

В) минимального числа операций редактирования, необходимых для того, чтобы превратить одну строку в другую

Г) количества совпадающих позиций между двумя последовательностями одинаковой длины

Из за большого объема этот материал размещен на нескольких страницах:
1 2 3 4 5 6 7