Die Untersuchung des Gyrationsradius von Polymereketten, insbesondere im Kontext biologischer Moleküle, zeigt, wie essentielle Parameter wie die Persistenzlänge und die Konturlänge das Verhalten und die Struktur solcher Moleküle beeinflussen. Die Mechanik dieser Polymere, wie sie in Zellprozessen vorkommen, lässt tiefere Einblicke in die Dynamik biologischer Makromoleküle zu.
Um die grundlegenden Eigenschaften eines Polymers zu verstehen, nehmen wir als Beispiel die Berechnung des Gyrationsradius für eine „Wurm-förmige“ Kette, die sich durch eine festgelegte Persistenzlänge auszeichnet. Eine lange, elastische Kette, wie sie in vielen biologischen Systemen vorkommt, verhält sich in erster Näherung durch das Modell der „Wurm-förmigen Kette“, das eine Mischung aus entropischen und enthalpischen Kräften berücksichtigt. Der Gyrationsradius (der Radius der dreidimensionalen Verteilung der Enden der Kette) in diesem Modell kann durch die grundlegende Formel für lange Ketten berechnet werden, wobei der Wert in etwa 1/pL³ für lange Ketten gilt, bei denen L >> p. Dies stellt einen ersten Näherungswert für relativ lange Ketten dar, wobei L die Konturlänge der Kette und p die Persistenzlänge ist.
Für biologische Polymere, wie etwa Aminosäureketten in Proteinen, können wir die Gyrationsradien und mittleren End-zu-End-Abstände berechnen, indem wir die Persistenzlänge und die Konturlänge kennen. So zeigt die Berechnung für eine Aminosäurekette mit etwa 300 Aminosäuren, dass der Gyrationsradius ungefähr 3,4 nm beträgt. Diese Zahl liegt nahe am Durchmesser von gefalteten Proteinen wie dem grünen fluoreszierenden Protein (GFP), was darauf hinweist, dass die Aminosäuren einer ungefalteten Kette sich bereits sehr nah beieinander befinden. Diese Nähe spielt eine entscheidende Rolle beim hydrophoben Kollaps, der während der Protein-Faltung eine sekundäre und tertiäre Struktur bildet.
Die Mechanismen der DNA-Verpackung in Viren bieten ebenfalls interessante Einblicke in die Kräfte, die auf lange Biopolymere wirken. Beim λ-Phagen, einem Virus, das das Bakterium E. coli infiziert, wird die DNA mit einer Persistenzlänge von etwa 50 nm in ein sehr kleines Volumen gepresst, wobei der Gyrationsradius der DNA etwa 500 nm beträgt. Diese hohe Packungsdichte wird durch molekulare Motoren, sogenannte Terminase, ermöglicht, die die DNA in die Kapsidstruktur des Virus drücken. Diese Kräfte, die sowohl die interne Spannung der DNA als auch die Wechselwirkungen zwischen der DNA und der Kapsidwand umfassen, sind für die Funktionsweise des Virus während der Infektion und Replikation von entscheidender Bedeutung.
Die Berechnungen für das menschliche Genom, das mehr als drei Gigabasenpaare umfasst, verdeutlichen die enorme Länge und den damit verbundenen Gyrationsradius der DNA im Zellkern. Trotz dieser gigantischen Ausdehnung bleibt die DNA kompakt verpackt, indem sie um Histone gewickelt wird. Hierbei wird ein enormer Biege-Energieaufwand aufgebracht, um die DNA zweimal um das Histon zu winden, wobei diese Energie durch die positive Oberflächenladung des Histons und die negative Ladung der DNA teilweise ausgeglichen wird. Diese Balance ermöglicht es der DNA, trotz der hohen Energieanforderungen zugänglich für andere Proteine zu bleiben, was für Prozesse wie die Transkription und Replikation von entscheidender Bedeutung ist.
Was diese Beispiele gemein haben, ist die fundamentale Rolle, die der Gyrationsradius und die mechanischen Eigenschaften von Polymereketten bei biologischen Prozessen spielen. Die Fähigkeit, die Form und die Struktur von Makromolekülen zu verstehen, ist essenziell, um die Funktion von Zellen und Viren zu entschlüsseln. Darüber hinaus ist es von Bedeutung, die Wechselwirkungen zwischen den biologischen Molekülen und ihrer Umgebung zu berücksichtigen, da diese Kräfte direkt die Stabilität und Reaktivität von biologischen Prozessen beeinflussen können.
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Wie entsteht das Membranpotential und wie lässt es sich theoretisch beschreiben?
Die theoretische Grundlage zur Beschreibung des Membranpotentials wurde ursprünglich im Rahmen der physikalischen Chemie entwickelt und fand bald ihren Weg in die Biologie, insbesondere in die Neurophysiologie. Die Nernst-Gleichung ist ein zentrales Werkzeug zur quantitativen Beschreibung der Gleichgewichtslage eines Ions über eine semipermeable Membran hinweg. Ihre Ableitung basiert auf der Annahme eines Konzentrationsgradienten eines einzelnen Ionentyps sowie einer selektiven Membranpermeabilität, die nur diesem Ion den Durchtritt erlaubt. Wird auf eine solche Membran ein Potential ΔΦ angewendet, entsteht eine elektrochemische Kraft, die das Ion zum Durchtritt veranlasst. Der dabei entstehende elektrochemische Beitrag zur freien Gibbs-Energie kann durch ΔGe = ZeNAΔΦ beschrieben werden, wobei Z die Wertigkeit des Ions, e die Elementarladung und NA die Avogadro-Zahl darstellt – zusammengefasst als Faraday-Konstante F.
Gleichzeitig steigt mit der Diffusion eines Ions durch die Membran seine Konzentration auf der gegenüberliegenden Seite, was zu einem Konzentrationsausgleich durch Rückdiffusion führt. Der durch Konzentrationsunterschiede verursachte Beitrag zur freien Energie, ΔGc, lässt sich durch die thermodynamischen Beziehungen ΔGc = RT ln(c₂/c₁) ausdrücken. Im Gleichgewicht gilt dann ΔGe + ΔGc = 0, was schließlich zur klassischen Form der Nernst-Gleichung führt:
ΔΦ = − (RT / ZF) ln(c₂ / c₁)
Diese Gleichung beschreibt den Zusammenhang zwischen dem elektrochemischen Potential und dem Konzentrationsverhältnis eines bestimmten Ions auf beiden Seiten der Membran. In biologischen Zellen jedoch ist die Situation wesentlich komplexer, da verschiedene Ionentypen beteiligt sind – allen voran Natrium, Kalium und Chlorid – und ihre jeweiligen Membranpermeabilitäten durch eine Vielzahl spezialisierter Ionenkanäle reguliert werden.
Die Erweiterung dieses Modells wurde 1943 von David Goldman vorgestellt. Er formulierte eine Gleichung, die das Membranpotential unter der Annahme mehrerer gleichzeitig vorhandener Ionen beschreibt, deren Konzentrationen und Permeabilitäten unterschiedlich sind. Diese Gleichung, später als Goldman-Hodgkin-Katz-Gleichung bekannt geworden, berücksichtigt die relativen Permeabilitäten Pi jedes Ions sowie deren intra- und extrazelluläre Konzentrationen. Für Kalium, Natrium und Chlorid lässt sich das Membranpotential ΔΦ wie folgt berechnen:
ΔΦ = (RT / F) ln( (PK[K]ₒ + PNa[Na]ₒ + PCl[Cl]ᵢ) / (PK[K]ᵢ + PNa[Na]ᵢ + PCl[Cl]ₒ) )
Die Permeabilitätskonstanten Pi ergeben sich jeweils aus der Mobilität ui des Ions in der Membran, der Dicke der Membran a sowie den Verteilungskoeffizienten bi des Ions in der Membran:
Pi = (RT / Fa) × ui × bi
Die Gültigkeit dieser theoretischen Beschreibung wurde durch zahlreiche Experimente bestätigt, insbesondere durch die Arbeiten von Hodgkin und Katz zur Erregungsleitung in den Axonen des Tintenfischs. Diese Forschungen führten 1952 zur Entwicklung eines detaillierten elektrischen Modells der Membran durch Hodgkin und Huxley. Mithilfe dieser Theorie wurde die elektrische Depolarisation der Membran sowie die darauf folgende Weiterleitung des Signals entlang des Axons erklärbar.
Besondere Aufmerksamkeit erhielt hierbei die Analyse spannungsabhängiger Ionenkanäle. Hodgkin und Huxley konnten zeigen, dass die Leitfähigkeit einzelner Kanäle in charakteristischer Weise auf Spannungsänderungen reagiert. Die Kaliumkanäle etwa zeigen bei einer plötzlichen Spannungsänderung von 25 mV über 5 ms einen verzögerten Stromanstieg, der sich mathematisch mit einer Funktion vierter Ordnung beschreiben lässt. Diese Verzögerung konnte später durch strukturelle Untersuchungen der Kanalproteine erklärt werden.
Zur Berechnung des Gesamtstroms in der Membran wird der Beitrag aller beteiligten Ionenkanäle additiv berücksichtigt, ergänzt um Leckströme und die Membrankapazität. Diese Herangehensweise ermöglichte nicht nur ein tieferes Verständnis der Signalweiterleitung, sondern auch die gezielte Untersuchung einzelner Ionenkanäle. Die Entwicklung der Patch-Clamp-Technik und die strukturelle Auflösung vieler Ionenkanäle führten zu einem weiteren Verständnis dieser fundamentalen biologischen Prozesse.
Heute ist bekannt, dass es allein für Kaliumkanäle über 40 verschiedene genetische Kodierungen gibt. Diese genetische Vielfalt unterstreicht die funktionelle Spezialisierung der Ionenkanäle in unterschiedlichen Zelltypen und Geweben. Die genaue Untersuchung dieser Kanäle ist Gegenstand aktueller Forschung, da ihr Zusammenspiel letztlich das elektrische Verhalten ganzer Zellverbände prägt.
Mit modernen mikroskopischen Verfahren wie der Expression von fluoreszierenden Proteinen mit unterschiedlichen Spektren lässt sich mittlerweile die Verschaltung einzelner Neuronen innerhalb komplexer Nervensysteme nachvollziehen. Diese Technik ermöglicht es, die Konnektivität zwischen Nervenzellen sichtbar zu machen – etwa im Nervensystem der Fruchtfliege oder Maus – und erlaubt dadurch tiefere Einblicke in die Beziehung zwischen neuronaler Struktur und Verhalten.
Zu verstehen, wie elektrische Signale in einzelnen Nervenzellen entstehen und weitergeleitet werden, bildet die
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