Основная
1. Гвоздев регуляции активности генов в процессе транскрипции // Соросовский Образовательный Журнал. 1996. № 2. С. 22-31.
2. Биология развития: В 3-х т. Пер. с англ. М.: Мир, 1995. – 352с.
3. , Общая и молекулярная генетика. Учеб. пособие.-3-е изд., Новосибирск: Сиб. унив. изд-во, 2006. – 479 с.
4. Колчанов транскрипции генов эукариот: базы данных и компьютерный анализ // Mol. Biol. 1997. T. 31. C. 581–583.
5. Патрушев генов. М.: Наука, 2000. – 527 с.
6. Переверзев генетика - это миф или реальность?// http://bperevehzev. *****/ginetik. html. –2010
7. Попов с молекулярно-генетическими основами. М.: Книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009. – 304 с.
Дополнительная
1. , Жимулев . Структура и функции. - Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2009. – 258 с.
2. , : Метилирование ДНК и канц Гены и геномы. М.: Мир, -1998.
3. Физиологическая генетика / под редакцией , -Вечтомова. М.: Медицина, 1976. – 470 с.
4. Sambrook J., E. F. Fritsch, T. Maniatis. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbour Laboratory Press, 19p.
5. Mackay V. L., Li X. H., Flory M. R., Turcott E., Law G. L., Serikawa K. A., Xu X. L., Lee H., Goodlett D. R., Aebersold R., Zhao L. P., Morris D. R. Gene expression analyzed by high-resolution state array analysis and quantitative proteomics // Mol. Cell. Proteomics. 2004. V. 3. P. 478-489.
6. , , Матвеева анализ экспрессии генов. Учебное пособие. СПб.: ТЕССА, 20с.
вопросы для устного опроса
1. Функция гена.
2. Классификация генов.
3. Взаимодействие генов при развитии признака. Проявление генов в фенотипе.
4. Регуляция экспрессии генов на претранскрипционном уровне.
5. Регуляция экспрессии генов на транскрипционном уровне.
6. Регуляция экспрессии генов на посттранскрипционном уровне.
7. Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции.
8. Генные сети.
9. Эпигеномика.
10. Генетическое картирование, сравнительное исследование разных геномов.
11. Картирование генов или полногеномный анализ.
12. Методы анализа полиморфизма ДНК.
13. Методы анализа экспрессии генов.
14. Методы протеомного анализа.
15. Методы анализа метилирования ДНК
16. Методы анализа микро РНК.
Генетика микроорганизмов (ФД. А. 02)
(64 часа)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | Прокариоты как генетические объекты. Мутации у микроорганизмов (2 часа) | Проработать лекцию и литературу | [1, 2, 3, 4, 5] | Тестовая контрольная работа |
2 | Плазмиды. Нестабильность генома (2 часа) | Проработать лекцию, литературу | [6, 7, 8, 9, 10] | Тестовая контрольная работа |
3 | Методы рекомбинации у прокариот (2 часа) | Проработать литературу, подготовить выступления | [4, 6, 2д] | Тестовая контрольная работа |
4 | Методы изучения генетики бактерий. Микроорганизмы как объекты генной инженерии (2 часа) | Проработать литературу, подготовить выступления | [5, 6, 8, 10, 1-3д] | Тестовая контрольная работа |
Рекомендуемая литература
1. Инге-Вечтомов с основами селекции. - М.: Просвещение, 1989.
2. Гены. М., Мир, 20с.
3. , , Билева Дж. С и др. Генетика. - М: Академкнига. 20стр.
4. Захаров генетики микроорганизмов. - Мн.: Выш. шк., 197с.
5. , Мацелюх карты микроорганизмов.-Киев: Наукова думка, 198с.
6. Чемерилова обмена генетической информацией у бактерий и их использование в гибридологическом анализе. Метод. указание. - Иркутск: Изд-во ИГУ, 19с.
7. Хесин генома. М., 1984.
8. Плазмиды. Методы. Под ред К. Харди. М. Мир. 1990.
9. . Экспрессия генов. М. Наука.. 2000.
10. . Мобильные генетические системы. М, Наука.2007.
Дополнительная
1. Рот Дж. Методы генетической инженерии: Генетика бактерий. - М., 198с.
2. . «Генетическая трансформация и трансфекция» - М. Наука, 1980.
3. Генетика и физиология микроорганизмов – перспективных объектов генной инженерии. Сборник научных трудов. Пущино. 1985.
4. Профильные журналы Российской академии наук (по перечню ВАК РФ - Генетика, Молекулярная генетика, Биотехнология и др.).
вопросы для устного опроса
1. Организация генетического материала у прокариот. Хромосома и плазмиды. Механизм репликации.
2. Генотип и фенотип; отличие генотипической и фенотипической изменчивости?
3. Мутации у микроорганизмов. Ненаправленный характер мутаций. Непрямой отбор фагоустойчивых мутантов методом реплик (опыт Лурия и Дельбрюка).
4. Индуцированный мутагенез. Механизм действия мутагенов. Проявление признаков.
5. Методы селекции бактерий с полезными признаками. Отбор мутантов, устойчивых к ингибиторам, антибиотикам и бактериофагам; ауксотрофных мутанты; неспособных использовать определенный субстрат; чувствительных к температуре
6. Репарация и ее механизмы. Световая и темновая репарация. Мутации, нарушающие репарацию.
7. Формы переноса генетического материала и генетическое картирование бактерий. Конъюгация у бактерий. Фактор F и состояние Hfr. Фактор F¢. Картирование ДНК бактерий путем конъюгации
8. Плазмиды. Факторы фертильности (F). Факторы резистентности (R). Фактор переноса устойчивости (RTF). Механизм устойчивости к антибиотикам. Несовместимость плазмид.
9. Трансформация. Особенности переноса генетического материала при трансформации. Компетентность.
10. Генетическое картирование при трансформации: сцепление маркеров, рекомбинационный анализ. Генетическая карта хромосомы E. coli.
11. Трансдукция и ее виды: неспецифическая, специфическая, абортивная.
12. Нестабильность генома. Мобильные генетические элементы микроорганизмов. IS-элементы и транспозоны бактерий.
13. Шаффлинг как метод направленной эволюции in vitro.
14. Методы изучения генома бактерий
15. Использование микроорганизмов в качестве объектов генной инженерии
Биоинформатика (ФД. А.03)
(64 часа)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | Введение. Основные области исследований. Медицинские аспекты. Базы данных, их виды. Использование баз данных (22 часа) | Проработать лекцию, рекомендов. литературу | [1-4, 1-7д] | Тестовая контрольная работа |
2 | Выравнивание последовательностей. Точечные матрицы. Программы для поиска множественного выравнивания последовательностей по базам данных (10 часов) | Проработать рекомендов. литературу | [1-4, 1-7д] | Тестовая контрольная работа |
3 | Филогения. Филогенетические деревья. Изменчивость белковых структур. Предсказание и моделирование белковых структур (10 часов) | Проработать рекомендов. литературу | [1-4, 1-7д] | Тестовая контрольная работа |
4 | Анализ полногеномных (genome-wide) данных. Использование программ для анализа полногеномных данных (22 часа) | Проработать лекцию, рекомендов. литературу | [1-4, 1-7д] | Тестовая контрольная работа |
Рекомендуемая литература
Основная
1. «Введение в биоинформатику» М., «Бином Лаборатория знаний», 20с.
2. «Анализ биологических последовательностей» М., «НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", Институт компьютерных исследований», 2006, 480 с.
3. -Д., «Молекулярное моделирование. Теория и практика», «Бином. Лаборатория знаний», 2010, 320 с.
4. Заккаи Дж. «Методы в молекулярной биофизике. Структура, функция, динамика. В 2 томах», М., «КДУ», 2009
Дополнительная
1. Achuthsankar S. Nair Computational Biology & Bioinformatics – A gentle Overview, Communications of Computer Society of India, January 2007
2. Alexander D. H., Novembre J., Lange K. «Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals» // Genome Res. 2009 Epub 2009 Jul 31
3. Patterson N., Price A. L., Reich D. «Population structure and eigenanalysis» // PLoS Genet. 2006 Dec; 2(12)
4. Lawson D. J., Hellenthal G., Myers S., Falush D. «Inference of population structure using dense haplotype data» // PLoS Genet. 2012 Jan; 8(1)
5. Gilbert D. Bioinformatics software resources. Briefings in Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, 2:300–304.
6. Cristianini, N. and Hahn, M. Introduction to Computational Genomics, Cambridge University Press, 2006.
7. Tisdall, James. "Beginning Perl for Bioinformatics" O'Reilly, 2001.
Вопросы для устного опроса
1. Использование последовательностей для определения филогенетических взаимосвязей.
2. Изучение структуры белков. Виды медицинских приложений биоинформатики.
3. Базы данных последовательностей нуклеиновых кислот.
4. Базы данных белковых последовательностей. Базы данных структур. Банки данных метаболических путей.
5. Библиографические базы данных. ENTREZ. Система поиска последовательностей (SRS). Ресурс идентификации протеинов (PIR).
6. Понятие выравнивания последовательностей. Точечная матрица сходства.
7. Мера сходства последовательностей. Расчет выравнивания для двух последовательностей.
8. Множественное выравнивание последовательностей. Связь множественных выравниваний последовательностей и структур. PSI-BLAST.
9. Скрытые марковские модели (HMM).
10. Цели и принципы филогенетических исследований. Понятие филогенетического дерева.
11. Методы кластеризации. Кладистические методы.
12. Общая характеристика белков. Стабильность и денатурация белков. Сворачивание (фолдинг) белков.
13. Классификация структур белков. База данных SCOP. Критическая оценка предсказаний структуры (CASP).
14. Предсказание вторичной структуры, нейронные сети. Моделирование по гомологии. Распознавание фолда.
15. Алгоритмы Монте-Карло для перебора конформаций белка. Программа LINUS.
16. Общее понятие о полногеномных данных. Программа PLINK и ее использование (формат данных, контроль качества данных и базовый анализ).
17. Программа ADMIXTURE для анализа структуры популяций.
18. Метод главных компонент при работе с полногеномными данными.
19. Анализ гаплотипов в популяциях с помощью программы fineSTRUCTURE.
Биоэтика (ФД. А.04)
(68 часов)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | Введение в биоэтику. | Проработать лекцию, рекомендованную литературу | [1, 2, 3, 5-15] | Тестовая контрольная работа |
2 | Этические проблемы новейших биотехнологий. | Проработать лекцию, рекомендованную литературу | [2, 4, 5-15] | Контрольная работа |
Рекомендуемая литература
1. , Михайлова этика: теория, принципы и проблемы. Части I и 2, -М,: Изд-во ММСИ, г.
2. Биомедицинская этика /Под ред. В, И .Покровского,- М»: Медицина, 1997г.
3. Биомедицинская этика /Под ред. В.И .Покровского и , вып.2.- М.: Медицина, 1999г.
4. Биоэтика: принципы, правила, проблемы /Под ред. ,-М,: Эдиториал УРСС, 1998г.
5. Введение в биоэтику /Под ред, . –М.: Прогресс-Традиция, 1998г.
6. Врачебные ассоциации, медицинская этика и общемедицинские проблемы. Сб. Официальных документов. –М., 1996г.
7. Врачи, пациенты, общество. Права человека и профессиональная ответственность врача в документах международных организапий,-Киев,1996г.
8. Медицина и права человека: Нормы и правила права, этики, католической, протестантской, иудейской, мусульманской и буддистской религиозной морали /Пер, с франц.-М.: АО И/Г «Прогресс.
9. Основы биоэтики/Под ред. ,-Красноярск:Изд-ЕО ПИК «Офсет», 1997г.
10. Сборник нормативных актов по охране здоровья граждан Российской Федерации / Под ред. ,- М., 1995г.
11. В, Биоэтика в России: ценности и законы,-М. 1997г.
12. Этика практической психиатрии. Руководство для врачей /Под
ред. ВА. Тихоненко. - М., 1996г.
13. Этико-правовые аспекты проекта «Геном человека» Международные документы и аналитические материалы /Под ред. . М., 1994г.
14. Этические и правовые проблемы клинических испытаний и научных экспериментов на человеке и животных. Сборник материалов к конференции.- М.. Российский Национальный Комитет по биоэтике, 1994г.
15. B. Этика врачевания. Современная медицина и православие.-М.,2001г.
вопросы для устного опроса
1. Этика как наука о морали. История медицинской этики в России.
2. Деонтологическая этика.
3. Принцип «не навреди».
4. Принцип «делай благо».
5. Принцип уважения автономии пациента.
6. Принцип справедливости.
7. История биомедицинских экспериментов на человеке и животных.
8. Правило правдивости.
9. Правило конфиденциальности.
10. Правило информированного согласия.
11. Краткая история проблемы искусственного аборта. Аборт: морально-этические pro et contra. Аборт и медицинское сообщество.
12. Экстракорпоральное оплодотворение.
13. Суррогатное материнство.
14. Специфика моральных проблем медицинской генетики.
15. Медико-генетическая информация: моральные проблемы получения и использования.
16. Этические проблемы международного проекта «Геном человека».
17. Евгеника.
18. Морально ли тратить средства на трансплантологию?
19. Моральные проблемы получения органов от живых доноров.
20. Проблема справедливости в распределении дефицитных ресурсов для трансплантации.
21. Моральные проблемы трансплантации фетальных органов и тканей.
22. Генетическая информация как собственность.
23. Моральные проблемы реализации международного проекта "Геном человека". Патентование генов.
24. Старые и новые варианты евгеники.
25. Этические принципы генодиагностики и генетической терапии и инженерии. "Право знать" и "право не знать" генетический диагноз.
26. Медицинская генетика и криминалистика. Моральные аспекты генетических методов идентификации личности.
27. Проблема клонирования человека.
Научно-исследовательский семинар (ФД. А.05)
(28 часов)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | Научная деятельность: сущность и специфика. (8 часов) | Проработать лекцию, рекомендов. литературу | [1-7] | Тестовая контрольная работа |
2 | Методология научной публикации (6 часов) | Проработать лекцию, рекомендов. литературу | [1-7] | Тестовая контрольная работа |
3 | Подготовка и оформление диссертационной работы (6 часов) | Проработать рекомендов. литературу | [8-14] | Тестовая контрольная работа |
4 | Представление результатов исследования на семинарах и защите диссертации (8 часов) | Проработать рекомендов. литературу | [10, 13-14] | Тестовая контрольная работа |
Рекомендуемая литература
1. , Новиков научного исследования. – М.: Либроком. – 280 с.
2. , Туленков научного исследования: Учеб. Пособие. – Киев, 2004. – 216 с.
3. Петров вопросы научного знания. – М.: Высшая школа, 1977. – 224 с.
4. Фальсификация и методология научно-исследовательских программ. – М.: Медиум, 1995.
5. Куликов философского анализа науки: методология, смысл и цель. – Томск, 2005. – 184 с.
6. , Елсуков научного познания. – Минск, 1974 – 152 с.
7. Избранные труды по методологии науки/ Пер. с англ. и нем. ; общ. ред. и вступ. ст. . – М.: Прогресс, 1986. – 542 с.
8. Райзберг и ученая степень. Пособие для соискателей. - М.: ИНФРА-М, 20с.
9. Кузнецов работы: методика подготовки и оформления. - 4-e изд., перераб. и доп. - М.: Дашков и Ко, 20с.
10. Марьянович . Инструкция по подготовке и защите. - М.: АСТ, Астрель-СПб, Харвест, 20с.
11. Батько ученой степени. Практические рекомендации (от диссертации до аттестационного дела). - 5-е изд., переработанное, дополненное. - СПб.: МОП АНО "НТЦ им. ", 20с.
12. Ануфриев исследование. Курсовые, дипломные и диссертационные работы. - М.: Ось-89, 20с.
13. Волков . Подготовка, защита, оформление. Практическое пособие. - М.: Гардарики, 20с.
14. Кузин диссертация. Методика написания, правила оформления и порядок защиты. Практическое пособие для аспирантов и соискателей ученой степени. - М.: Ось-89, 20с.
вопросы для устного опроса
1. Научная деятельность: сущность и специфика. Принципы организации научно-исследовательской деятельности. Структура научно-исследовательской деятельности, взаимосвязь компонентов НИД.
2. Организация процесса проведения исследования. Основные этапы научного исследования. Методы научного исследования.
3. Актуальные проблемы исследований в области генетики. Выбор и обоснование темы исследования. Постановка целей и задач исследования, его структуры и плана работы аспирантов.
4. Научная публикация. Научный текст и научный стиль. Язык научных публикаций. Структура и манера изложения научного текста. Лексика научного текста. Полнота научного текста.
5. Работа с научной, учебной и справочной литературой, а также использование открытых баз данных, в том числе Интернет-ресурсов, для поиска информации. Системность поиска литературы.
6. Индексы научного цитирования (РИЦ). Ресурсы с ключевыми журналами по генетике и молекулярной биологии. Ведущие российские журналы, первая десятка по данным SCOPUS и ISI.
7. Базы данных электронных книг. Описание системы поиска. Ключевые слова и предметные каталоги.
8. Подготовка диссертационной работы. Основные разделы диссертации. Актуальность темы исследования.
9. Формулирование целей, задач, объекта, и основных гипотез исследования. Новизна исследования и положения, выносимые на защиту.
10. Обоснование методологии исследования. Выбор методов и описание выборки исследования.
11. Разработка темы и составление библиографического обзора.
12. Основная часть диссертации и способы ее структурирования.
13. Заключение диссертации: возможные варианты.
14. Оформление приложений и списка литературы.
15. Презентация по теме исследования. Расчет оптимального количества слайдов. Зрительное и устное восприятие слушателей.
16. Подготовка текста выступления. Требования к содержанию устного выступления.
17. Раздаточные материалы. Краткое представление полученных результатов.
18. Научная дискуссия. Ответы на вопросы. Регламент проведения защиты диссертации.
Рабочая программа разработана для аспирантов, проходящих обучение в аспирантуре Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН по специальности научных работников 03.02.07 – Генетика, составлена в соответствии с Федеральными государственными требованиями к структуре основной профессиональной образовательной программы послевузовского профессионального образования, утвержденными приказом Министерства образования и науки РФ от 01.01.2001 г. № 000.
Утверждена на заседании Ученого совета, Протокол № 12 от 09 ноября 2012 г.
Составители:
, доктор биологических наук, профессор
, доктор биологических наук, профессор
, доктор биологических наук, профессор
, доктор биологических наук
, доктор медицинских наук, доцент
, доктор биологических наук, доцент
, доктор биологических наук, доцент
, кандидат биологических наук, доцент
, кандидат биологических наук
Внутренний рецензент:
, доктор биологических наук, профессор
Внешний рецензент:
, доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой биологии Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Башкирский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации
|
Из за большого объема этот материал размещен на нескольких страницах:
1 2 3 4 5 |
