Биоинформатика (стр. 7 )

А) вероятности наличия активности у исследуемого соединения

Б) вероятности наличия и отсутствия активности

В) функции принадлежности к классу активных

5.  Какое количество методов реализовано в программе IT Microcosm

А) 3 Б) 4 В) 5

6.  Программы BLAST сравнивают аминокислотные последовательности друг с другом, используя по умолчанию матрицу

А) BLOSUM26

Б) BLOSUM84

В) BLOSUM62

7.  Что используют для предсказания положений экспонированных на поверхности и погруженных в глобулу остатков

А) профиль гидрофобности

Б) сравнение с гомологичной последовательностью

В) анализ аминокислотной последовательности

8.  Фолдинг белка – это

А) формирование первичной структуры

Б) модификация аминокислотных остатков

В) формирование третичной структуры

Г) транспорт в митохондрии

9.  Каким методом нельзя проводить выравнивание последовательностей

А) Профили

Б) PSI-BLAST

В) HMM

Г) PM7

10.  Что такое edit script?

А) указание серий операций, которые трансформируют последовательность, индексирующую строки, горизонтально расположенную последовательность в последовательность, которая индексирует столбцы, - вертикально расположенную последовательность

Б) указание серий операций, которые трансформируют последовательность, индексирующую столбцы, вертикально расположенную последовательность в последовательность, которая индексирует ряды, - горизонтально расположенную последовательность

В) указание серий операций, которые трансформируют последовательность, индексирующую столбцы, горизонтально расположенную последовательность в последовательность, которая индексирует ряды, - вертикально расположенную последовательность

Вариант 23

1.  Чем больше редакционное расстояние, тем

А) больше разумных эволюционных путей между двумя последовательностями

Б) меньше разумных эволюционных путей между двумя последовательностями

В) количество разумных эволюционных путей между двумя последовательностями не связано с редакционным расстоянием

2.  Если две последовательности (состоящие из 350 аминокислот) имеют расстояние в 7 PAM, то последовательности совпадают на:

А) 7%

Б) 93%

В)

3.  Путь – это:

А) абстрактная структура, содержащая вершины и ребра

Б) группа последовательно соединенных ребер

В) структура, содержащая хотя бы один путь между вершинами

Г) структура, содержащая один и только один путь между любыми двумя точками

4.  Что используют для предсказания позиций поворотов между элементами вторичной структуры

А) профиль гидрофобности

Б) сравнение с гомологичной последовательностью

В) анализ аминокислотной последовательности

5.  Каким методом нельзя проводить выравнивание последовательностей

А) Профили

Б) PSI-BLAST

В) HMM

Г) PM7

6.  Укажите формулу для определения среднеквадратичного отклонения соответствующих атомов

А)

Б)

В)

7.  Укажите сервис, который не предназначен для поиска доменов

А) InterProScan

Б) CD server

В) PFScan

Г) Все сервисы предназначены для поиска доменов

Д) Только А и В

8.  Выберите аминокислоты, которые относятся к типу полярные остатки

А) Gly, Ala, Ser, Thr

Б) Cys, Val, Ile, Leu, Pro, Phe, Tyr, Met, Trp

В) Asn, Gln, His

Г) Asp, Glu

Д) Lys, Arg

9.  Белки́, части которых выступают в межклеточное окружение и цитоплазму клетки, называются:

А) Глобулярными

Б) Фибриллярными

В) Мембранными

10.  Структурное выравнивание применяется для:

А) нахождения консервативных участков в наборе гомологичных последовательностей.

Б) нахождения сходных участков

В) нахождения и сопоставления участков, одинаково уложенных в пространстве

Вариант 24

1.  Измерение сходств и отличий независимо от источника сходства – это:

А) Иерархическая кластеризация

Б) Кластеризация

В) Подобие

2.  Тиоредоксины относятся к классу:

А) жирных кислот

Б) ферментов

В) углеводов

3.  Метод Смита–Ватермана не влияет на:

А) инициализацию матрицы

Б) заполнение матрицы

В) счет и путь выравнивания

Г) минимизацию редакционного расстояния

4.  Для того, чтобы найти оптимальное выравнивание, необходимо определить критерий

А) критерий оптимизации

Б) качества выравнивания

В) критерий оптимальности

5.  Сведе́ние вместе сходных предметов различая классы объектов, более сходных с любыми другими – это:

А) Иерархическая кластеризация

Б) Кластеризация

В) Подобие

6.  База данных, в которой представлена классификация укладок, основанная на выравнивании структур

А) SCOP

Б) CATH

В) FSSP

Г) DDD

7.  Выравнивание последовательностей – это

А) математический метод

Б) биоинформатический метод

В) биологический метод

8.  Водорастворимые белки, общая форма молекулы более или менее сферическая, называются:

А) Глобулярными

Б) Фибриллярными

В) Мембранными

9.  Выберите программу, которая сравнивает аминокислотные последовательности

А) BLASTX

Б) TBLASTX

В) TBLASTN

10.  Какое количество стратегий реализовано в программе IT Microcosm

А) 3

Б) 4

В) 5

Рекомендуемая литература:

1.  ведение в биоинформатику. – М.: Изд-во «БИНОМ. Лаборатория знаний», 2009. – 324 с.

2.  , Ермолаев : учебник для вузов. М.: Гринлайт, 2010. – 254 с.

3.  , , Смирнихина генетика: учебник / под ред. ; 4-е изд., доп. и перераб. – М.: ГЭОТАР-Медиа, 2011. – 592 с. [Электронный ресурс]. URL: http://studmedlib. ru.

4.  Клиническая генетика. Геномика и протеомика наследственной патологии: учеб. пособие / 3-е изд., перераб. и доп. – М.: ГЭОТАР-Медиа, 2010. – 832 с. [Электронный ресурс]. URL: http://studmedlib. ru.

5.  Клиническая генетика: учебник / 3-е изд., испр. и доп. – М.: ГЭОТАР-Медиа, 2004. – 480 с. [Электронный ресурс]. URL: http://studmedlib. ru.

6.  -Д., олекулярное моделирование: теория и практика. – М.: Изд-во «БИНОМ. Лаборатория знаний», 2010. – 318 с.

7.  Интернет-источники (различные поисковые системы).