1. Белки и пептиды. /Ред. , М.: Наука, 1995 г.
2. Протеомика. Лидер науки ХХI века // Знание-сила. 2002. № 2. С. 4-6
3. Электрофорез в разделении биологических макромолекул. М., 1982. – 448 с.
4. , Иванов и пептидомика в фундаментальных и прикладных медицинских исследованиях //Биоорганическая химия. 2011. Т. 37, №2. – С. 199–215.
5. Новейшие методы исследования биосистем. – М., 2005. – 256 с.
6. Проблемы белка: Химическое строение белка. /, , и др. М.: Наука, 1995 г.
7. , , Шайтан протеомика в моделировании живой клетки. Белок-белковые взаимодействия //Успехи биологической химии. 2009. Т.49. С. 429–480.
8. , Птицын белка: Курс лекций с цветными и стереоскопическими иллюстрациями и задачами. 3-е изд., испр. и доп. - М.: КДУ, 2005.
9. -Д., Ешкайт X. Аминокислоты, пептиды, белки. М.: Мир, 1985. http://*****/rus/elibrary/jakubke/all. pdf
10. Naven T, Westermeier R (2002). Proteomics in Practice: A Laboratory Manual of Proteome Analysis. Weinheim: Wiley-VCH. ISBN -5.
11. Rediscovering Biology Online Textbook. Unit 2 Proteins and Proteomics. .
12. Twyman RM (2004). Principles Of Proteomics (Advanced Text Series). Oxford, UK: BIOS Scientific Publishers. ISBN -4.
13. Vikas Dhingraa, Mukta Gupta, Tracy Andacht and Zhen F. Fu (2005). "New frontiers in proteomics research: A perspective". International Journal of Pharmaceutics 299 (1–2): 1–18. doi:10.1016/j. ijpharm.2005.04.010
Wilkins MR, Williams KL, Appel RD, Hochstrasser DF (1997). Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics (Principles and Practice). Berlin: Springer. ISBN -7.
Рекомендуемые источники информации в Интернете
· www. ncbi. nlm. nih. gov/PubMed - Свободный доступ в крупнейшую базу научных данных в области биомедицинских наук MedLine, включая биохимию
· www. ***** - Учебники, научные монографии, обзоры, лабораторные практикумы в свободном доступе на сайте практической молекулярной биологии, на сайте www. *****.
· http://isir. *****/ - Интегрированная Cистема Информационных Ресурсов Российской Академии Наук.
· http://www. viniti. msk. su/ - Всероссийский Институт Научной и Технической Информации (ВИНИТИ РАН).
· www. chem. qmul. ac. uk/iubmb - Биохимическая классификация и номенклатура ферментов. Свободный доступ на сайте Международного союза биохимии и молекулярной биологии.
· www. – свободный доступ к международной базе данных по первичным и 3D структурам ферментов.
· http://journal. issep. *****/ - Соросовский образовательный журнал – свободный доступ к обзорным статьям во биологии.
Перечень вопросов к зачету
1. Роль протеомики в развитии современной биологии.
2. Функциональная протеомика.
3. Структурная протеомика.
4. Прикладная протеомика.
5. Принципы и методы анализа протеома
6. Базы данных по протеомике.
7. Механизмы формирования пространственных структур биологических макромолекул.
8. Самоорганизация макромолекулярных комплексов.
9. Методы предсказания пространственных структур и функций белков.
10. Методы моделирования взаимодействий между макромолекулярными комплексами.
11. Протеомика в медицине и биотехнологии.
12. Поиск белковых маркеров для диагностики и терапии социально-значимых заболеваний.
Биохимия насекомых (ФД. А.02)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
1 | Значение феромонов во внутривидовых взаимоотношениях животных. Проблемы выделения и определения строения феромонов. Композиционные феромоны. Разновидности феромонов: половые, следовые (феромоны-метчики), феромоны тревоги, агрегационные феромоны. Химическое и структурное разнообразие феромонов. Ювенильные гормоны (ЮГ) как часть антагонистической гормональной системы насекомых. Ювенильные гормоны (0), (I), (II) и (III). Ювеноиды растительного происхождения. Антагонисты ЮГ(антиювенильные гормоны): экдистероиды, прекоцены и ювооцимен. (6 час) | Проработать рекомендов. литературу | [1,2,3,4,5] | Конспекты |
2 | Адаптивное изменение биохимических процессов. Метаболическая регуляция активности ферментов как механизм адаптации к внешней среде. Поддержание структурной целостности макромолекул. Энергетическое снабжение клетки. Поддержание систем, регулирующих направление метаболических процессов. Временные параметры адаптации. Функциональные блоки в системе метаболизма и их сопряжение. Адаптивные перестройки на участках гликолиза. Окислительный метаболизм. Катаболизм липидов. Белки и аминокислоты как потенциальные источники энергии. Ферменты как защитные приспособления. Защита от оксидативного стресса (10 час). | Проработать рекомендов. литературу | [1,2,3,4,5] | Конспекты |
3 | Физиологические и биохимические изменения, происходящие в период диапаузы. Влияние температуры на биохимию и проявление фотопериодической реакции насекомых. Современные представления о механизмах фотопериодических реакций. Чередование покоящихся и активных стадий как приспособление насекомых к экстремальным условиям среды и годичному ритму климата. Диапаузирующие стадии и разнообразие проявлений диапаузы. Особенности метаболизма в фазу покоя. Индукция и терминация диапаузы (5 час.). | Проработать рекомендов. литературу | [1,2,3,4,5] | Конспекты |
4 | Основные типы метаморфоза насекомых. Соотношение эмбрионального и постэмбрионального морфогенеза. Процессы метаморфоза: гистолиз и гистогенез, имагинальные диски, критические периоды онтогенеза. Адаптивное значение морфогенеза (5 час) | Проработать рекомендов. литературу | [1,2,3,4,5] | Конспекты |
Всего 26 | Зачет | |||
Рекомендуемая литература
-Г. Наглядная биохимия. М.: Мир, 2004.
1. Тыщенко физиологии насекомых. Л.: Изд-во ЛГУ, т.1, 1976г., 363с; т.2, 1977 г.
2. Иванова-Казас эмбриология беспозвоночных животных. М.: Наука, 1981 г.
3. Данилевский и сезонное развитие насекомых. Изд-во ЛГУ, 1961.
4. Метаболизм насекомых. Изд-во «Мир», М. 1968.
Перечень вопросов к зачету
1. Значение феромонов во внутривидовых взаимоотношениях животных. Проблемы выделения и определения строения феромонов.
2. Композиционные феромоны. Разновидности феромонов: половые, следовые (феромоны-метчики), феромоны тревоги, агрегационные феромоны.
3. Химическое и структурное разнообразие феромонов.
4. Ювенильные гормоны (ЮГ) как часть антагонистической гормональной системы насекомых.
5. Ювенильные гормоны (0), (I), (II) и (III).
6. Ювеноиды растительного происхождения.
7. Антагонисты ЮГ(антиювенильные гормоны): экдистероиды, прекоцены и ювооцимен.
8. Адаптивное изменение биохимических процессов. Метаболическая регуляция активности ферментов как механизм адаптации к внешней среде.
9. Поддержание структурной целостности макромолекул. Энергетическое снабжение клетки.
10. Поддержание систем, регулирующих направление метаболических процессов. Временные параметры адаптации.
11. Функциональные блоки в системе метаболизма и их сопряжение.
12. Адаптивные перестройки на участках гликолиза.
13. Окислительный метаболизм. Катаболизм липидов.
14. Белки и аминокислоты как потенциальные источники энергии.
15. Ферменты как защитные приспособления. Защита от оксидативного стресса.
16. Физиологические и биохимические изменения, происходящие в период диапаузы.
17. Влияние температуры на биохимию и проявление фотопериодической реакции насекомых. Современные представления о механизмах фотопериодических реакций.
18. Чередование покоящихся и активных стадий как приспособление насекомых к экстремальным условиям среды и годичному ритму климата.
19. Диапаузирующие стадии и разнообразие проявлений диапаузы.
20. Особенности метаболизма в фазу покоя. Индукция и терминация диапаузы.
21. Основные типы метаморфоза насекомых. Соотношение эмбрионального и постэмбрионального морфогенеза.
22. Процессы метаморфоза: гистолиз и гистогенез, имагинальные диски, критические периоды онтогенеза. Адаптивное значение морфогенеза.
Биохимические методы исследований (Ф. Д.А.03)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов /часы | Рекомендуемая литература | Форма контроля самост. работы |
1 | Биохимические методы анализа | Проработать лекции и литературу. | 1,4,5,6,7,8, 9,10 | Конспекты |
2 | Биохимические методы диагностики наследственных болезней и заболеваний обмена веществ. | Проработать литературу | 2,5,6,7,8,9, 11,12 | Конспекты |
3 | Приборный парк ИБГ УНЦ РАН для биохимических и молекулярно-генетических исследований | Освоить приборный парк лаборатории, ознакомиться с приборами Центра коллективного пользования | 13, 14 | Конспекты |
4 | Биохимические исследования в лаборатории, к которой прикреплен аспирант | Проработать статьи сотрудников лаборатории за последние 7-8- лет, подготовить реферат | Статейный архив лаборатории | Проверка раздела МЕТОДЫ в диссертации (совместно с руководителем) |
Всего 18 час. | Зачет |
Рекомендуемая литература
Основная
1. Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений. Под ред. Вл. В. Кузнецова, , . Изд. Бином. Лаборатория знаний. 2012.
2. , , Горшкова исследования в медицине. М. Техносфера. 2007.
3. , , . Секвенирование ДН. 19стр.
4. Шендрик методы исследования в биохимии. http://chem. donnu. /student/methodic/phys_methods/
5. Конюхов : Учебник для вузов. СПб.: Лань - 2012.
6. Остерман исследования белков и нуклеиновых кислот. М.: МЦНМО, 2002.
7. Биохимия. / Под ред. 2007 г.
8. Практикум по биохимии. Под редакцией и . М.: Издательство МГУ, 1989.
9. , и др. Теория и практика иммуноферментного анализа, М.: Высш. шк., 1991.
10. Искусственные генетические системы. М.: Наука, 2007.
11. Медицинская генетика. / под ред. . М.: ГЭОТАР-Медиа, 2008.
12. Клиническая генетика. / под ред. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2011.
Дополнительная
1. , , и др. Функционирование УСУ «КОДИНК» – уникального стенда/УСТАНОВКИ «Комплекс оборудования для исследования нуклеиновых кислот» в ИБГ УНЦ РАН, его исторические предпосылки и дальнейшее развитие.
2. Электронный журнал ИБГ УНЦ РАН «БИОМИКА». 2011. № 1.
3. http://*****/nomera/2011/.html
4. , ,
5. Вариации приборного обеспечения полимеразной цепной реакции. Электронный журнал ИБГ УНЦ РАН «БИОМИКА». 2012. т.2, № 2. http://*****/nomera/2012/.html
Перечень вопросов к зачету
1. Классификация хроматографических методов. Материалы и оборудование. Оптимизация условий фракционирования. Градиентная элюция. Выбор метода хроматографии при проведении исследований.
2. Электрофорез нуклеиновых кислот. Особенности проведения. Выбор геля в зависимости т задач эксперимента. Аналитический и препаративный ЭФ. Элюция фрагментов НК из геля. Капиллярный гель-электрофорез. Гель-электрофорез в пульсирующем поле
3. Электрофоретическое разделение белков. Определение их молекулярной массы. Двухмерный электрофорез. Окрашивание белков на электрофореграммах. Обнаружение белков по их ферментативной активности.
4. Дот - и блот-гибридизация. Вестерн-блот гибридизация).
5. Иммуноферментный анализ. Принцип иммунного анализа. Ферменты, используемые как метки для ИФА, субстраты для них. Получение антител с требуемой специфичностью. Пришивание фермента к антителам. Варианты методик ИФА. Сферы применения метода
6. Полимеразная цепная реакция (ПЦР). Компоненты реакции. Подбор праймеров. Схема эксперимента. Разновидности ПЦР. Применение ПЦР в различных сферах.
7. Секвенирование ДНК. Химическое и ферментативное секвенирование. Автоматические ДНК-секвенаторы; подготовка матриц. Геномное бисульфитное секвенирование ДНК.
8. Гистохимические методы. Световая и флуоресцентная микроскопия. Реагенты для анализа. Интерпретация результатов. Сферы применения.
9. Спектроскопические и спектрофотометрические методы. Задачи. Виды по объектам исследования: Спектральный анализ. Люминесцентная спектроскопия жидкостей и твердых образцов;
10. Иммуно-гистохимический метод. Принцип метода. Антигены и антитела. Иммунологическая реакция. Метки для визуализации места связывания антигена с антителом. Фермент-опосредованных методы окраски. Моноклональные антитела. Поликлональные антисыворотки. Необходимое оборудование. Иммунофлюоресцентный анализ
11. Флуориметрический метод. (Люминисцентный анализ). Принцип и достоинства. Сферы применения.
12. Определение нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот. Методы секвенирования. Автоматические ДНК-секвенаторы; геномное бисульфитное секвенирование ДНК.
13. ПЦР и ее виды. Режимы ПЦР: in situ, по конечной точке, в реальном времени.
14. Исследования морфологии поверхностей различных материалов Методы визуализации биообъектов (от биомакромолекул до клеток), нано - и микрочастиц: сканирующая зондовая микроскопия (СЗМ) в режимах атомно-силовой и туннельной микроскопии;
13. Многопараметрический анализ биополимеров и живых клеток от микроорганизмов до человека иммуноферментным анализом, проточной цитофлуориметрией, хранение (кратковременное и долгосрочное) биологических образцов различной природы
Биохимия гормонов (ФД. А.04)
№ | Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы) | Задания по самостоятельной работе аспирантов | Рекомендуемая литература | Форма контро-ля |
1 | Номенклатура и классификация гормонов по химической структуре, по месту образования, по механизму действия (10 час). | Проработать рекомендов. литературу | [1, 2] | Конспекты |
2 | Рецепторы гормонов. Тканевая и видовая специфичность рецепторов гормонов. Мембранные рецепторы и вторичные посредники. Аденилатциклаза и фосфодиэстераза. Ц-АМФ как вторичный месседжер и ковалентная модификация белков-ферментов. G-белки. Рецепторзависимые ионные каналы. Инозитол-трифосфат и Са2+ как вторичные посредники (20 час). | Проработать рекомендов. литературу | [1, 2] и дополнительная | Конспекты |
3 | .Внутриклеточные и ядерные рецепторы гормонов, их влияние на экспрессию генов (20 час). | Проработать рекомендов. литературу | [1, 2] и дополнительная | Конспекты |
4 | Общая схема механизма действия гормонов различной природы. Клетки и органы-мишени для различных гормонов. Эндокринное, паракринное, аутокринное действие гормонов. Иерархическая система гормональной регуляции. Гормональная регуляция основных процессов жизнедеятельности. Гормоны и адаптация организма к неблагоприятным воздействиям. Гормональные препараты. Гормонотерапия. Антигормоны и ингибиторы действия гормонов (16 час). | Проработать рекомендов. литературу | [1, 2] и дополнительная | Конспекты |
Всего 66 час. | Зачет |
Рекомендуемая литература
Основная
1. и др. Биохимические основы жизнедеятельности человека. М., 2005.
2. Т., Коровкин химия. М.: Медицина, 2004.
Дополнительная
1. Розен эндокринологии. М.: МГУ, 1994.
2. Пронина стрессы (физиолого-биохимические
механизмы). М.: МСХА, 2000.
3. Рём биохимия: Пер. с нем.- М.: Мир,2000.
4. Розанцев биохимия и прикладная биотехнология. М.:
МГУ, 1998.
Перечень вопросов к зачету
1. Гормоны: определение, общая характеристика, классификация и номенклатура.
2. Химическая структура и особенности биологического действия гормонов.
3. Молекулярные механизмы действия гормонов на клетки.
4. Место гормонов в системе регуляции жизнедеятельности организма.
5. Внутриклеточные химические посредники (вторичные месенджеры) действия гормонов.
6. Особенности строения белков-рецепторов стероидных гормонов.
7. Механизмы действия гормонов. Аденилатциклазная система. Инозитолфосфатная (фосфоинозитидная) система.
8. Цитозольный механизм действия стероидных гормонов.
9. Основные свойства и варианты действия гормонов, типы реализации гормонального действия.
10. Гормоны аминокислотной природы (адреналин, норадреналин, тироксин).
11. Гормоны щитовидной железы.
12. Гормоны поджелудочной железы.
13. Гормоны стероидной природы, особенности структуры, синтеза и метаболизма. Андрогены и эстрогены.
14. Глюкокортикоиды и минералокортикоиды. Особенности структуры и биологическая роль.
15. Гормоны и адаптация организма к неблагоприятным воздействиям.
16. Простагландины, простациклины, тромбоксаны.
17. Гормоны и кальциевый обмен.
18. Гормональная регуляция углеводного и жирового обменов.
Рабочая программа разработана для аспирантов, проходящих обучение в аспирантуре Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН по специальности научных работников 03.01.04 – Биохимия, составлена в соответствии с Федеральными государственными требованиями к структуре основной профессиональной образовательной программы послевузовского профессионального образования, утвержденными приказом Министерства образования и науки РФ от 01.01.2001 г. № 000.
Утверждена на заседании Ученого совета, Протокол № 12 от 09 ноября 2012 г.
Составители:
, доктор биологических наук, профессор
, доктор биологических наук
, кандидат биологических наук, доцент
, кандидат биологических наук
Внутренний рецензент:
, доктор биологических наук, доцент
Внешний рецензент:
, доктор биологических наук, профессор кафедры биохимии и биотехнологии Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Башкирский государственный университет»
|
Из за большого объема этот материал размещен на нескольких страницах:
1 2 3 4 5 6 |
