Оглавление (стр. 6 )

Партнерка на США и Канаду по недвижимости, выплаты в крипто

30% recurring commission
Выплаты в USDT
Вывод каждую неделю
Комиссия до 5 лет за каждого referral

Глицин	Глу	Gly	G
Аланин	Ала	Ala	A
Валин	Вал	Val	V
Лейцин	Лей	Leu	L
Изолейцин	Иле	Ile	I
Серин	Сер	Ser	S
Треонин	Тре	Thr	T
Тирозин	Тир	Tyr	Y
Цистеин	Цис	Cys	C
Метионин	Мет	Met	M
Аспарагиновая кислота	Асп	Asp	D
Аспарагин	Асн	Asn	N
Глутаминовая кислота	Глу	Glu	E
Глутамин	Глн	Gln	Q
Аргинин	Арг	Arg	R
Лизин	Лиз	Lys	K
Гистидин	Гис	His	H
Фенилаланин	Фен	Phe	F
Триптофан	Трп	Trp	W
Пролин	Про	Pro	P

Протокол работы

Вам предлагается 9 задач по разным темам. Каждая задача оценивается определенным количеством баллов, кроме того, предусмотрены дополнительные призовые баллы за тщательность выполнения задания. Ознакомьтесь с предложенными задачами, выберите оптимальный порядок их выполнения.

01. b-эндорфин (небольшой белок с морфиноподобным, болеутоляющим действием, выделяющийся в мозге) имеет молекулярную массу 1746. Какова длина первичной структуры его молекулы (в нм)?

______________________________________________________________________________

02. Молекулярная масса гемоглобина равнаДа (а. е.м.). Всего (в состав всех 4 субъединиц гемоглобина) входит 602 аминокислоты. Определите приблизительную молекулярную массу гема.

______________________________________________________________________________

НЕ нашли? Не то? Что вы ищете?

______________________________________________________________________________

03. Рассказывают, что в ХІХ веке один немецкий студент, влюбившись в девушку, решил преподнести ей очень дорогой подарок – железное кольцо. Железо для этого кольца юноша хотел химическим путем получить из собственной крови. Рассчитайте, основываясь на приведенных данных, какой объем крови понадобился бы для изготовления кольца весом в 2 г, если считать, что юноше удавалось извлечь 60 % содержащегося в гемоглобине железа (содержание гемоглобина в 100 мл крови 16 г, содержание железа в гемоглобине 0,34 %).

______________________________________________________________________________

Можно дать меньшего размера, сбоку от условия

04. В крови человека содержится 160 г гемоглобина на 1 л крови. На 1 мл крови приходится около 5,0 ´ 109 эритроцитов. Хотя каждый эритроцит имеет форму двояковогнутого диска, для простоты расчетов мы будем рассматривать их просто как цилиндры следующих размеров:

Рассчитайте, какое количество гемоглобина (по весу) содержится в одном эритроците. Сколько молекул гемоглобина содержится в одном эритроците, если молекулярная масса гемоглобина 64500 Да?

Гемоглобин - глобулярный белок, молекула которого имеет диаметр 6,8 нм. Какой процент объема всех эритроцитов занимает гемоглобин?

______________________________________________________________________________

05. Исследования одного из видов РНК показали, что в ее молекуле на долю гуанина приходится 34 %, цитозина – 18 %, аденина – 36%, урацила – 12% азотистых оснований. Сколько (в %) каждого азотистого основания входит в состав фрагмента молекулы ДНК, на участке которой в процессе транскрипции образовалась эта РНК?

______________________________________________________________________________

06. Фрагмент ДНК имеет молекулярную массу примерно 218 кДа. В его состав входят 154 адениновых нуклеотида. Определите количественный состав нуклеотидов разных типов в фрагменте.

______________________________________________________________________________

07. Дан фрагмент ДНК. Определите, какие аминокислоты он кодирует, восстановив как последовательность и-РНК, так и антикодоны т-РНК.

ДНК

Комплементарная:

Смысловая нить:

и-РНК

т-РНК

антикодоны:

Белок

аминокислоты:

08. Определите, какой белок кодирует фрагмент ДНК следующего состава. Какую аминокислоту колирует мутантная ДНК, в которой пара Т-А замениласть на Ц-Г? При записи белков стоп-кодоны (и несинтезируемые за ними участки) обозначайте прочерками.

Исходная (нативная) ДНК:

ДНК

Комплементарная:

Смысловая нить:

и-РНК

Белок

аминокислоты:

Мутантная ДНК:

ДНК

Комплементарная:

Смысловая нить:

и-РНК

Белок

аминокислоты:

09. Ниже приведены две последовательности нуклеотидов, различающиеся между собой по 11 позициям из 18:

1) АУГУЦУАГАУУАГГЦУЦА

2) АУГАГЦЦГГЦУЦГГААГУ

«Переведите» обе последовательности в белки. Сколько аминокислотных различий между ними?

______________________________________________________________________________

П. р. № 9.

Моделирование процесса биосинтеза белка. Транспортная РНК[3]

Цели работы:

1. Научиться представлять элементы структуры т-РНК в виде бумажных и компьютерных моделей;

2. Актуализировать знания о вторичной и третичной структурах нуклеиновых кислот;

3. Продолжить формирование навыков поиска информации с помощью компьютерных моделей макромолекул.

Материалы и оборудование: компьютерный класс, программа RasWin, папка с моделью молекулы для занятия (pdb5tra.ent) с сайта http://www. rcsb. org/, липкая лента (скотч) или лейкопластырь; распечатка последовательности нуклеотидов т-РНК.

Краткое описание

Палиндром (от греч. palindromeo – бежать назад) – слово, фраза или стих, которые одинаково читаются слева направо и справа налево (“кабак”, “радар”, “Аргентина манит негра”, “хил, худ, а дух лих”, “не гни папин ген”, “Roma tibi subito motibus ibit amor” и др.).

В молекуле ДНК (даже при условиях случайного расположения нуклеотидов) встречаются разные по размерам участки, цепи которых симметричны относительно оси вращения второго порядка:

5’ Г А А Т Т Ц 3’

3’ Ц Т Т А А Г 5’

Если в центре этой шестичленной последовательности провести ось перпендикулярно плоскости листа, а потом обернуть эту последовательность на 180º, то получим ту же самую нуклеотидную последовательность. Таким образом, этот нуклеотидный текст также можно читать слева направо и справа налево.

Палиндромные последовательности обязательно содержатся в генах, которые кодируют транспортные РНК (есть они и в структурных генах, кодирующих и-РНК, и, в большом количестве - в генах р-РНК). Именно благодаря наличию палиндромных участков в ДНК молекулы р-РНК и т-РНК образуют двухцепочечные фрагменты (шпильки), перемежающиеся с одноцепочечными петлями.

Протокол работы

1. Подготовьте в текстовом редакторе и распечатайте бумажную ленту с первичной структурой тРНК (например, приведенную ниже – для упрощения палиндромные участки выделены цветом) и соберите модель молекулы.

3’ А Ц Ц А Ц Ц У Г Ц У Ц А Г Г Ц Ц У У Г Ц Ψ Т Г Г Ц Ц У Ц У Г Г А Г А Г Г Г Ψ І Ц Г І У У Ц Ц Ц У Ц Г Ц Г Ц Г А У Г Г Ц У Г А У Г Ц Г Г Г А Г Ц А Г Г 5’

Ленту нужно склеить по палиндромным последовательностям, используя липкую ленту в качестве аналога водородных связей между нкулеотидами. Желательно только между буквами оставлять побольше места, иначе трудно будет на поворотах; а ленту наклеить на бумажный лейкопластырь. Антикодон желательно отогнуть.

2. Откройте файл pdb5tra. ent. Это молек и 36-и нуклеотиды. Выясните, какую аминокислоту переносит этот тип тРНК. Для работы понадобится таблица генетического кода (практическая работа № 8). В ответ включите названия соответствующих нуклеотидов, входящих в антикодон. Помните, что в состав РНК могут входить нетипичные нуклеотиды.

______________________________________________________________________________

3. Можно проверить ответ, открыв файл pdb5tra. ent как текстовый. В таком случае процитируйте сведения из файла.

______________________________________________________________________________

4. Попробовать сложить из бумажной модели, полученной на этапе 1, трехмерную ("третичную") структуру т-РНК (в виде буквы "Г") по модели в компьютерном файле, и стабилизируйте ее липкой лентой.

5. Отдельно оценивается изготовление модели т-РНК по последовательности нуклеотидов файла pdb5tra. ent.

П. р. № 10.

Моделирование процесса биосинтеза белка. Генетический код

Цели работы:

1. Научиться использовать онлайновую программу-переводчик для исследования свойств генетического кода;

2. Актуализировать знания о свойствах генетического кода.

Материалы и оборудование: компьютерный класс с доступом в Интернет.

Краткое описание

Для "перевода" с языка азотистых оснований нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) на язык белков (последовательность аминокислот в полипептидной цепи) можно воспользоваться Таблицей генетического кода или онлайновой машиной-переводчиком (EMBOSS Transeq), созданной в Европейском институте биоинформатитки (European Bioinformatics Institute). Протеиновая машина расположена по адресу http://www. ebi. ac. uk/emboss/transeq/:

$F:\AKozlenko\www4\img\translate.gif$

Под названием вы видите ссылку на таблицу генетического кода, список для выбора типа кода (по умолчанию - Standard) и поле для ввода последовательности нуклеотидов ДНК (Enter or Paste a nucleic acid Sequence). Перевод осуществляется нажатием на расположенную ниже кнопку Run.

При этом программа переходит на новую страницу, на которой представлены условия выбора и результаты ее работы - создана последовательность аминокислот полипептида, закодированная введенной вами иРНК. Указывается, из скольких звеньев состояла иРНК, сколько аминокислот в полипептидной цепочке, что это за аминокислоты – однобуквенным кодом (RDLCCVX - последовательность Аргинин - Аспарагиновая кислота - Лейцин - Цистеин - Цистеин - Валин).

В работе иллюстрируются свойства генетического кода, исследуемые с помощью этой программы.

Протокол работы

1. Триплетность. Откройте страницу EMBOSS Transeq, наберите в нем приведенную ниже последовательность нуклеотидов последовательность или скопируйте через буфер обмена в окно Enter or Paste a nucleic acid Sequence
auguccagagcauacccguauucu
и переведите приведенную последовательность в белок, нажав кнопку кнопку Run.

______________________________________________________________________________

2. Триплеты не отграничены друг от друга, но есть сочетания нуклеотидов, обозначающих "точку", конец считывания - "стоп-кодоны". Переведите с помощью EMBOSS Transeq приведенную ниже последовательность в белок. Обратите внимание, что фрагмент состоит из 24 мономеров. Сколько аминокислот в пептиде? Вывод - что обозначает *?

auguacccguauuccagagcauag

______________________________________________________________________________

3. Вырожденность. Ниже приведены две последовательности нуклеотидов, различающиеся между собой по 11 позициям из 18. Переведите с помощью EMBOSS Transeq обе последовательности в белки. Сколько аминокислотных различий между ними?
1) augucuagauuaggcuca 2) augagccggcucggaagu

______________________________________________________________________________

4. Универсальность. Правильнее утверждать, что генетический код практически универсален, т. к. в некоторых генетических системах (например, в генах митохондрий и хлоропластов) есть некоторые отличия от стандартного кода, присущего организмам. Переведите с помощью EMBOSS Transeq приведенную ниже последовательность в белок, используя основной (Standard) вариант кода. Запишите полученный белок.
uacagacccauaugcgguacuuga

Вернитесь к стартовой странице EMBOSS Transeq и откройте список (красная стрелка на рисунке ниже), а в нем выберите второй вариант кода - Vertebrate Mitochondrial (2).

Снова введите в окно для ДНК ту же последовательность нуклеотидов (или воспользуйтесь уже введенной, если вернулись на страницу с помощью "Назад" браузера). Запишите полученный белок и сравните с полученным ранее.
Поэкспериментируйте с кодами других генетических систем.

______________________________________________________________________________

5. Неперекрываемость. Переведите с помощью EMBOSS Transeq приведенную ниже последовательность в белок. Запишите полученный белок. А теперь попробуйте удалить первые два нуклеотида и получить другой пептид, представив, что генетический перекрывается... Запишите полученный пептид и сравните с первым.
uaugcuaagauuccuuucgga

______________________________________________________________________________

6. Правильнее утверждать, что генетический код практически неперекрываемый, т. к. у вирусов, у которых большое количество информации должно поместиться в небольшом фрагменте, наблюдается двойное, а у фага f Х 147 - даже тройное перекрывание (небольшой участок входит одновременно в 3 разных гена).

В книге "Основы современной генетики" приводится такой пример триплетности генетического кода:

В О Т Л Е С Д У Б Б У К И В Ы Б Ы Л П А Л Д Ы М Ш Е Л Т Р И Д Н Я

Придумайте собственную фразу из трехбуквенных слов, которая бы иллюстрировала все свойства генетического кода); перекрываемость генетического кода у вирусов; различия в общем и митохондриальном кодах. Как это можно проиллюстрировать?

______________________________________________________________________________

П. р. № 11.

Изучение фаз митоза в клетках корешков лука (фиксированные микропрепараты)

Цели работы:

1. Научиться определять фазы митоза по фиксированному микропрепарату;

2. Актуализировать навыки микроскопирования;

3. Продолжить формирование навыков представления данных.

Материалы и оборудование: микроскоп, постоянный микропрепарат «Митоз в клетках корешка лука».

Ход работы

1. Подготовить пробирки для образцов и поместить в них растворы, закрыть пробирки пробками.

Протокол работы

1. Рассмотрите микропрепарат на малом и большом увеличении, найдите интерфазные клетки, клетки с разными фазами митоза;

2. Для определения митотической активности выделите участок препарата и подсчитайте число клеток, находящихся на разных стадиях митотического цикла: интерфазы, профазы, метафазы, анафазы и телофазы - из расчета 500 клеток на препарат.

Показатель	Значение
П - число профаз на 500 клеток препарата
М - число метафаз на 500 клеток препарата
А - число анафаз на 500 клеток препарата
Т - число профаз на 400 клеток препарата
Митотический индекс

3. Расчет митотического индекса. Митотический индекс (МИ,%) определен на каждом препарате по формуле:

где n - число клеток, вступивших в митоз, N - общее количество клеток (N=500).

4. Считая, что количество клеток, находящихся в разной фазе клеточного цикла, примерно пропорционально продолжительности этой фазы в данном органе, составьте диаграмму, показывающую соотношение фаз клеточного цикла в корешках лука.

Оставить свободного места на диаграмму, можно не под, а сбоку от задания.

П. р. № 12.

Создание аппликационных схем митоза и мейоза

Цели работы:

1. Продолжить формирование навыков представления данных в виде зрительных образов;

2. Научиться создавать учебные видеофрагменты и анимации.

Материалы и оборудование: компьютерный класс (по возможности с доступом в Интернет), цифровой фотоаппарат с шнуром для передачи изображений, подручные материалы для моделирования (бумага, веревка или шнурки, фломастеры, нитки, ножницы).

Ход работы

Выберите способ моделирования митоза и мейоза: создание «рисованной» мультипликации и компьютерной анимации, создание «кукольной» мультипликации с использованием цифрового фотоаппарата и подручных материалов, написание сценария для хореографической композиции (см. http://www. /watch? v=eFuCE22agyM), другие варианты. Цель работы – наглядно показать ход событий в митозе и мейозе, отличия в этих процессах.

Результатом работы должен стать анимационный файл, видеофрагмент или набор изображений (объединяемых в анимацию во внеурочное время) с иллюстрацией биологических процессов.

П. р. № 13.

Моделирование вирусов и фагов

Цели работы:

1. Научиться моделировать вирусные капсиды с помощью компьютерных и бумажных моделей;

2. Актуализировать навыки работы с онлайновыми программами;

3. Продолжить формирование навыков поиска информации в Интернет.

Материалы и оборудование: компьютерный класс доступом в Интернет, бумага для оригами.

2363206028_26438b41bf_b Краткое описание

Одним из направлений традиционного японского искусства оригами является так называемое модульное оригами, в котором трехмерные объекты собираются из отдельных простых структур, модулей.
Одним из традиционных геометрических объектов модульного оригами является шара-кусудамы (см. рисунки ниже).
В наше время, когда мастеров оригами вдохновляют не только объекты макромира (животные, растения, произведения человека) и человеческого воображения (фантастические животные), но и достижения науки (модель бактериофага Т4), оказалось, что некоторые кусудамы имеют структуру, совпадает со строением вирусных капсидов (см., в частности, статью http://www. . br/fatima/origami/origami. pdf, язык испанский).

Протокол работы

1. Откройте сайт Virus Particle Explorer http://viperdb. scripps. edu/ с программным инструментом, с помощью которого можно для любого икосаэдрической вируса, структура структурного элемента (капсомеров) которого известна и находится в Банке белковых структур PDB, воссоздать полную вирусную частицу. Также на сайте есть база данных с большим количеством различных вирусных капсидов, воспроизводимых с помощью этого средства.
2. Откройте в другом окне сайт PDB http://www. rcsb. org/ и найдите с помощью поисковой системы белки различных вирусов:

______________________________________________________________________________

3. Вернитесь на сайт Virus Particle Explorer и введите в поле тестового ввода Enter PDBID идентификационный код молекул (ID), например, 2CAS. Посмотрите, как происходит моделирование.
4. Есть ли среди записанных вами на 2 этапе вирусных белков же, из которых программа не может создать модель капсида, или образует ее с явными ошибками? Запишите ID таких белков. Из каких вирусов они происходят?______________________________________________________________________

______________________________________________________________________________

5. Найдите в печатных или электронных источниках схемы сборки шаров-кусудама, которые являются моделями вирусных капсидов. Сделайте модель выбранного Вами вируса. (Для того, чтобы собрать такую модель, понадобиться большое количество (от 60 до 150) отдельных элементов, т. н. модулей; распространенным из них является модуль Сонобе).

2274975486_a77135c38a_o

[1] Сайт разработчиков http://www. /software/rasmol/doc/rasmol. html

[2] Все модели в одном архиве можно скачать отсюда: http://www. kozlenkoa. narod. ru/docs/pdb0.rar, расширенная версия работы: http://www. kozlenkoa. narod. ru/protein. htm

[3] Вместо «Порівняння процесів фотосинтезу і хемосинтезу.»

Из за большого объема этот материал размещен на нескольких страницах:
1 2 3 4 5 6

Партнерка на США и Канаду по недвижимости, выплаты в крипто

П. р. № 9.

П. р. № 10.

П. р. № 11.

П. р. № 12.

П. р. № 13.

Домашний очаг

Справочная информация

Техника

Общество

Образование и наука

Мир

Бизнес и финансы