Партнерка на США и Канаду по недвижимости, выплаты в крипто
- 30% recurring commission
- Выплаты в USDT
- Вывод каждую неделю
- Комиссия до 5 лет за каждого referral
>ref|NP_833805.1| Gene info phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 14579]
ref|ZP_.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus G9241]
sp|Q818Z9|DEOB_BACCR Gene info Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase)
gb|AAP11006.1| Gene info Phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 14579]
gb|EAL13482.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus G9241]
Length=394
GENE ID: 1206432 BC4087 | phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 14579]
(10 or fewer PubMed links)
Score = 486 bits (1252), Expect = 8e-136
Identities = 242/%), Positives = 308/%), Gaps = 9/398 (2%)
Query 2 RFKRVFLIVMDSLGVGASEDANQYFNEGVDDTKANTFGHIAESMD-LRIPNLEKLGVGNI 60
++KR+FL+VMDS+G+G + DA Q+ + G D T GHIAE M+ L++PN+ KLG+GNI
Sbjct 3 KYKRIFLVVMDSVGIGEAPDAEQFGDLGSD-----TIGHIAEHMNGLQMPNMVKLGLGNI 57
Query 61 IPIKGTKSVELSSSYVTKIREKSLGKDTMTGHWEIMGLYVTTPFQTFTDTGFPKELLDEL 120
+KG VE Y TK++EKS GKDTMTGHWEIMGLY+ TPFQ F + GFPKELLDEL
Sbjct 58 REMKGISKVEKPLGYYTKMQEKSTGKDTMTGHWEIMGLYIDTPFQVFPE-GFPKELLDEL 116
Query 121 EERTGRKIIGNIAASGTEILKDLGEEHMRTGDLIVYTSADSVLQIAMHEEIIPIEEQYRI 180
EE+TGRKIIGN ASGTEIL +LG+E M TG LIVYTSADSVLQIA HEE++P++E Y+I
Sbjct 117 EEKTGRKIIGNKPASGTEILDELGQEQMETGSLIVYTSADSVLQIAAHEEVVPLDELYKI 176
Query 181 SAIARDITMRPDWKVGRVITRPFLGTNKDNFKRTSNRKDYALKPSEETTLNFLSDANYDV 240
IAR++T+ + VGRVI RPF+G NF RT NR DYALKP T +N L D++YDV
Sbjct 177 CKIARELTLDEKYMVGRVIARPFVG-EPGNFTRTPNRHDYALKPFGRTVMNELKDSDYDV 235
Query 241 IALGKINDIFDGYGINKYSKTVSNDDGMKQITEWAKKDFTGLCFLNLVDFDALYGHRRDP 300
IA+GKI+DI+DG G+ + +T SN DGM ++ + DFTGL FLNLVDFDAL+GHRRDP
Sbjct 236 IAIGKISDIYDGEGVTESLRTKSNMDGMDKLVDTLNMDFTGLSFLNLVDFDALFGHRRDP 295
Query 301 HGYGKAIMDMDSQLPELMANLNEDDLLILTADHGNDPTYVGTDHTREFVPMIAYSKSFKS 360
GYG+A+ + D++LPE+ A L EDDLL++TADHGNDP + GTDHTRE+VP++AYS S K
Sbjct 296 QGYGEALQEYDARLPEVFAKLKEDDLLLITADHGNDPIHPGTDHTREYVPLLAYSPSMKE 355
Query 361 GG-SLPILNTFADLGSTISDNFKVKKTEHGDSFLSKLK 397
GG LP+ TFAD+G+T+++NF VK E+G SFL++LK
Sbjct 356 GGQELPLRQTFADIGATVAENFGVKMPEYGTSFLNELK 393
2) Для второй находки ORF Finder’a
Accession | Description | Max score | Total score | Query coverage | E value |
BAF73574.1 | hypothetical protein [Onion yellows phytoplasma OY-W] | 84.0 | 84.0 | 80% | 3e-15 |
NP_950550.1 | uncharacterized BCR [Onion yellows phytoplasma OY-M] >dbj|BAD04383.1| uncharacterized BCR [Onion yellows phytoplasma OY-M] | 83.6 | 83.6 | 78% | 3e-15 |
YP_456621.1 | hypothetical protein AYWB_425 [Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB] >gb|ABC65542.1| conserved hypothetical protein [Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB] | 83.2 | 83.2 | 78% | 4e-15 |
ZP_.1 | hypothetical protein BB14905_02715 [Bacillus sp. B14905] >gb|EAZ87281.1| hypothetical protein BB14905_02715 [Bacillus sp. B14905] | 77.0 | 77.0 | 84% | 3e-13 |
NP_815438.1 | hypothetical protein EF1734 [Enterococcus faecalis V583] >sp|Q834D2|Y1734_ENTFA UPF0154 protein EF_1734 >gb|AAO81508.1| conserved hypothetical protein [Enterococcus faecalis V583] | 77.0 | 77.0 | 81% | 3e-13 |
NP_757426.1 | hypothetical protein MYPE400 [Mycoplasma penetrans HF-2] >sp|Q8EX10|Y040_MYCPE UPF0154 protein MYPE400 >dbj|BAC43830.1| conserved hypothetical protein [Mycoplasma penetrans HF-2] | 74.3 | 74.3 | 72% | 2e-12 |
YP_395884.1 | Hypothetical small extracellular protein precursor [Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K] >emb|CAI55577.1| Hypothetical small extracellular protein precursor [Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K] | 73.9 | 73.9 | 80% | 3e-12 |
BAF73530.1 | hypothetical protein [Onion yellows phytoplasma OY-W] | 73.2 | 73.2 | 50% | 4e-12 |
NP_692597.1 | hypothetical protein OB1676 [Oceanobacillus iheyensis HTE831] >sp|Q8EQL9|Y1676_OCEIH UPF0154 protein OB1676 >dbj|BAC13632.1| hypothetical conserved protein [Oceanobacillus iheyensis HTE831] | 72.8 | 72.8 | 85% | 6e-12 |
YP_079204.1 | hypothetical protein BL02936 [Bacillus licheniformis ATCC 14580] >ref|YP_091621.1| hypothetical protein BLi02038 [Bacillus licheniformis ATCC 14580] >gb|AAU23566.1| conserved hypothetical protein YneF [Bacillus licheniformis ATCC 14580] >gb|AAU40928.1| YneF [Bacillus licheniformis DSM 13] | 71.6 | 71.6 | 86% | 1e-11 |
Здесь приведено лучшее выравнивание:
>dbj|BAF73574.1| hypothetical protein [Onion yellows phytoplasma OY-W]
Length=71
Score = 84.0 bits (206), Expect = 3e-15
Identities = 38/67 (56%), Positives = 51/67 (76%), Gaps = 2/67 (2%)
Query 14 WYWVIAIAVGALLIGAVAGFFIARAWFKKYLEKNPPMDERSIREMFRQMGRTPSEKQVRQ 73
W++V I L+G V G F+ WFKK+L++NPP+ E+ I+EMFRQMGRTPSEKQ+RQ
Sbjct 5 WFYVNPII--GFLLGGVLGAFLMFRWFKKHLQQNPPISEKQIKEMFRQMGRTPSEKQIRQ 62
Query 74 VLASMKQ 80
++ SMKQ
Sbjct 63 IMNSMKQ 69
Задание №3. Предсказать гены с помощью программы GeneMark
Результат №3. Как результат работы программы получили два вида данных: информацию о предсказании генов и график распределения потенциала по ДНК.
Результат по предсказанию представлен в таблице №3:
Acholeplasma laidlawii 640320 – 643750: GeneMark | ||||
№ | начало | конец | длина | цепь |
1) | <3 | 1199 | 1197 | Прямая |
2) | 3071 | 3289 | 219 | Обратная |
В обеих таблицах жёлтым выделены пересекающиеся, но не совпадающие полностью гены.
Графики распределения потенциала по ДНК
Часть 2. Эукариоты
Задание №1. Определить экзон-интронную структуру гена мармозетки с помощью программы GENSCAN
Результат №1:
Callithrix jacchus : GENSCAN | ||||
№ | начало | конец | цепь | тип |
1.1 | 171 | 595 | + | внутренний |
1.2 | 870 | 1217 | + | внутренний |
1.3 | 3565 | 3872 | + | внутренний |
1.4 | 4349 | 4528 | + | внутренний |
1.5 | 4670 | 4809 | + | внутренний |
1.6 | 5280 | 5493 | + | внутренний |
1.7 | 5592 | 5751 | + | внутренний |
1.8 | 5976 | 6067 | + | внутренний |
1.9 | 6142 | 6277 | + | внутренний |
1.10 | 6351 | 6465 | + | внутренний |
1.11 | 6546 | 6653 | + | конечный |
2.5 | 7111 | 7031 | + | конечный |
2.4 | 7391 | 7218 | + | внутренний |
2.3 | 7782 | 7613 | + | внутренний |
2.2 | 8133 | 7880 | + | внутренний |
2.1 | 8617 | 8550 | + | внутренний |
Выдача программы GENSCAN:
|
Из за большого объема этот материал размещен на нескольких страницах:
1 2 3 4 5 |
