Распознавание генов (стр. 1 )

Распознавание генов

Часть 1. Прокариоты

Задание 1: с помощью программы ORF Finder идентифицировать открытые рамки считывания в геномной ДНК (http://www. ncbi. nlm. nih. gov/gorf/gorf. html).

Результат 1:

Acholeplasma laidlawii 640320 – 643750: ORF Finder
№	начало	конец	длина	цепь
1)	6	1199	1194	Прямая
2)	3071	3322	252	Обратная
3)	1966	2112	147	Обратная
4)	2608	2748	141	Прямая
5)	2714	2851	138	Прямая
6)	317	448	132	Обратная
7)	2763	2885	123	Обратная
8)	3168	3284	117	Обратная
9)	1280	1387	108	Прямая

Было найдено 9 ORF, но нас интересуют далеко не все находки, потому что большинство из них короткие: №3, 4, 5, 6, 7, 8 и 9 – их длина меньше 60 кодонов (или 180 нуклеотидов). Таким образом, остается только №1 и №2.

Конечный вариант таблицы1:

Acholeplasma laidlawii 640320 – 643750: ORF Finder
№	начало	конец	длина	цепь	описание
1)	6	1199	1194	Прямая
2)	3071	3322	252	Обратная

Задание 2: найти гомологов генов, найденных ORF’ом, с помощью программы BLAST

Результат 2: При бластовании двух открытых рамок результаты ОЧЕНЬ сильно рознились. Для рамки длиной 1194 получили e-value порядка е-135, а для рамки длиной 252 порядок e-value упал почти в100 раз (у-15). Это связано с чисто вероятностными соображениями. Более длинную последовательность нуклеотидов гораздо сложнее найти в каком-то геноме чем более короткую, поэтому у более короткой последовательности e-value лучшей находки гораздо меньше (а как мы знаем, чем меньше e-value, тем лучше). Хотя это и неплохой результат – e-15 это всё таки больше e-10 (см. задание), значит его тоже заносим в таблицу.

Итог – таблица2:

1) Для первой находки ORF Finder’a

Начало формы

Accession	Description	Max score	Total score	Query coverage	E value
NP_833805.1	phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 14579] >ref|ZP_.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus G9241] >sp|Q818Z9|DEOB_BACCR Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >gb|AAP11006.1| Phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 14579] >gb|EAL13482.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus G9241]	486	486	99%	8e-136
YP_085424.1	phosphopentomutase [Bacillus cereus E33L] >sp|Q635J3|DEOB_BACCZ Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >gb|AAU16424.1| phosphopentomutase (phosphodeoxyribomutase) [Bacillus cereus E33L]	484	484	99%	3e-135
NP_980449.1	phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 10987] >sp|Q731L0|DEOB_BACC1 Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >gb|AAS43057.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus ATCC 10987]	484	484	99%	3e-135
NP_846542.1	phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. Ames] >ref|YP_020954.1| phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'] >ref|YP_030247.1| phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. Sterne] >sp|Q81ME0|DEOB_BACAN Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >gb|AAP28028.1| phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. Ames] >gb|AAT33429.1| phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'] >gb|AAT56298.1| phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. Sterne]	484	484	99%	3e-135
YP_038147.1	phosphopentomutase [Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27] >ref|YP_896441.1| phosphopentomutase [Bacillus thuringiensis str. Al Hakam] >sp|Q6HE79|DEOB_BACHK Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >gb|AAT62526.1| phosphopentomutase (phosphodeoxyribomutase) [Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27]	484	484	99%	4e-135
ZP_.1	Phosphopentomutase [Bacillus weihenstephanensis KBAB4] >gb|EAR74761.1| Phosphopentomutase [Bacillus weihenstephanensis KBAB4]	483	483	99%	9e-135
YP_.1	phosphopentomutase [Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98] >gb|ABS23019.1| phosphopentomutase [Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98]	473	473	99%	1e-131
ZP_.1	COG1015: Phosphopentomutase [Bacillus anthracis str. A2012]	471	471	97%	4e-131
NP_692767.1	phosphopentomutase [Oceanobacillus iheyensis HTE831] >sp|Q8EQ67|DEOB_OCEIH Phosphopentomutase (Phosphodeoxyribomutase) >dbj|BAC13802.1| phosphopentomutase [Oceanobacillus iheyensis HTE831]	471	471	99%	5e-131
YP_.1	phosphopentomutase [Bacillus pumilus SAFR-032] >gb|ABV62751.1| phosphopentomutase [Bacillus pumilus SAFR-032]	470	470	99%	8e-131

Здесь приведено лучшее выравнивание: