Распознавание генов (стр. 4 )

Ниже рассмотрены заинтересовавшие участки.

Этот участок не является экзоном полностью:

Query 5974 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY------CTGERGASGRPRETEPWLRPPALLP 6135

SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY C G A+LP

Sbjct 374 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGYCTDFLLCASSSG----AVLP 418

Query 6136 LQTSCCVSAALVLCFP*EPRTPSCHTHQGPAHRDRLPVAPLPEILPRGKGGRVGEPWPPC 6315

++T +P P P P+G+ P

Sbjct 419 VRTQ--DPFLPYP------PRSCPQGQAASSATTRDPA 448

Query 6316 PPCPEPCPSPHRVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPV 6468

RVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLP+

Sbjct QRVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPL 489

Получаем два экзона:

Query 5974 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY 6135

SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY

Sbjct 374 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY 402

Query 6341 RVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPV 6465

RVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLP+

Sbjct 451 RVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPL 489

Вопросы вызвало следующее выравнивание (из второго):

Query 5974 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY------CTGERGASGRPRETEPWLRPPALLP 6135

SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGY C GA +LP

Sbjct 400 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPGYCTDFLLCVSSSGA----VLP 444

Query 6136 LQTSCCVSAALVLCFP*EPRTPSCHTHQGPAHRDRLPVAPLPEILPRGKGGRVGEPWPPC 6315

++T +P P P P+G+ P

Sbjct 445 VRTQ--DPFLPYP------PRSCPQGQAASQSTTHDPA 474

Query 6316 PPCPEPCPSPHRVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPV 6468

RVVL+LRERWHFCRDG+VLLGSRALRERHLGLMGYQLLP+

Sbjct QRVVLMLRERWHFCRDGQVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPL 515

Этот участок ДНК достаточно плохо выровнялся с белком, а еще там есть стоп-кодон (*). Соответственно, делаем вывод, что в этом участке два экзона:

Query 5974 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPG 6001

SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPG

Sbjct 400 SHKDIVAEGLRQLLGEEKYRQDLTVPPG 471

Query 6316 RVVLVLRERWHFCRDGRVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPV 6468

RVVL+LRERWHFCRDG+VLLGSRALRERHLGLMGYQLLP+

Sbjct 475 RVVLMLRERWHFCRDGQVLLGSRALRERHLGLMGYQLLPL 515

А соответственно участок между ними – интрон. BLASTX по какой-то причине посчитал всё это как один экзон. Причину я даже не могу предположить, потому что и стоп-кодон присутствует, и выравнивание по длине всего интрона очень плохое.

Аналогичная ситуация с еще одним выравниванием:

Query 4348 GFPADGPLVRALEQERRLRLPPKPPPPLSSLLRGGQRLEAALSCPRFLRYPRQHLISSLA 4527

GFP+DGPL+ ALEQERR RLPPKPPP L +L GGQRLEAALSCP FLR PRQHLI SLA

Sbjct 169 GFPSDGPLMCALEQERRFRLPPKPPPTLQPVLHGGQRLEAALSCPHFLRRPRQHLIRSLA 228

Query 4528 GAGGA*RQIGMRRADRRRKVGSVS*AEVELSQLEVRPEAHCDRLFFTETRPEELTPHVMV 4707

E RPEELTPHVMV

Sbjct --EARPEELTPHVMV 241

Query 4708 LLAQHLARHRLREPQLLEAIARFLVVQENQLSSKV 4812

LLAQHLARHRLREPQLLEAIA FLVVQE QLSSKV

Sbjct 242 LLAQHLARHRLREPQLLEAIAHFLVVQEAQLSSKV 276

Видим и стоп-кодон(даже два), и плохое выравнивание в предполагаемом интроне. Получаем два экзона:

Query 4348 GFPADGPLVRALEQERRLRLPPKPPPPLSSLLRGGQRLEAALSCPRFLRYPRQHLISSLA 4527

GFP+DGPL+ ALEQERR RLPPKPPP L +L GGQRLEAALSCP FLR PRQHLI SLA

Sbjct 169 GFPSDGPLMCALEQERRFRLPPKPPPTLQPVLHGGQRLEAALSCPHFLRRPRQHLIRSLA 228

Query 4668 ETRPEELTPHVMVLLAQHLARHRLREPQLLEAIARFLVVQENQLSSKV 4812

E RPEELTPHVMVLLAQHLARHRLREPQLLEAIA FLVVQE QLSSKV

Sbjct 229 EARPEELTPHVMVLLAQHLARHRLREPQLLEAIAHFLVVQEAQLSSKV 276

GENE ID: 482802 FASTK | Fas-activated serine/threonine kinase [Canis lupus familiaris], +
координаты по белку	координаты по ДНК

1) начало экзона 1	начало экзона 2001
конец экзона 26	конец экзона 2078

2) начало экзона 29	Начало экзона 3452
конец экзона 169	конец экзона 3874

3) начало экзона 169	начало экзона 4348
конец экзона 228	конец экзона 4527
4) начало экзона 229	начало экзона 4668
конец экзона 269	конец экзона 4812

5) начало экзона 272	начало экзона 5268
конец экзона 348	конец экзона 5498
6) начало экзона 346	начало экзона 5588
конец экзона 399	конец экзона 5749
7) начало экзона 374	начало экзона 5974
конец экзона 402	конец экзона 6135
8) начало экзона 451	начало экзона 6341
конец экзона 489	конец экзона 6465
9) начало экзона 515	начало экзона 6546
конец экзона 549	конец экзона 6650

GENE ID: 482802 FASTK | Fas-activated serine/threonine kinase [Canis lupus familiaris], +
координаты по белку	координаты по ДНК

1) начало экзона 346	начало экзона 2001
конец экзона 399	конец экзона 2048

2) начало экзона 29	начало экзона 3452
конец экзона 169	конец экзона 3874

3) начало экзона 202	начало экзона 4669
конец экзона 249	конец экзона 4812
4) начало экзона 245	начало экзона 5268
конец экзона 321	конец экзона 5498

5) начало экзона 319	начало экзона 5588
конец экзона 372	конец экзона 5749
6) начало экзона 400	начало экзона 5974
конец экзона 471	конец экзона 6001
7) начало экзона 475	начало экзона 6316
конец экзона 515	конец экзона 6468
8) начало экзона 488	начало экзона 6546
конец экзона 522	конец экзона 6650

Callithrix jacchus : GENSCAN
№	начало	конец	цепь	тип	QQ1	QQ2
1.1	171	595	+	внутренний	-	-
1.2	870	1217	+	внутренний	-	-
1.3	3565	3872	+	внутренний	73%	73%
1.4	4349	4528	+	внутренний	98%	-
1.5	4670	4809	+	внутренний	-	-
1.6	5280	5493	+	внутренний	92%	92%
1.7	5592	5751	+	внутренний	96%	96%
1.8	5976	6067	+	внутренний	-	-
1.9	6142	6277	+	внутренний	-	-
1.10	6351	6465	+	внутренний	92%	75%
1.11	6546	6653	+	конечный	97%	97%
2.5	7111	7031	+	конечный	-	-
2.4	7391	7218	+	внутренний	-	-
2.3	7782	7613	+	внутренний	-	-
2.2	8133	7880	+	внутренний	-	-
2.1	8617	8550	+	внутренний	-	-