Микробиологические и молекулярно-генетические аспекты диагностики внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии у лиц молодого возраста (стр. 1 )

На правах рукописи

СКРЫЛЬ

Сергей Владимирович

Микробиологические и молекулярно-генетические аспекты

диагностики внебольничных пневмоний пневмококковой
этиологии у лиц молодого возраста

  03.02.03 – микробиология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени

кандидата медицинских наук

Владивосток 2013

Работа выполнена в ГБОУ ВПО «Тихоокеанский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Научный руководитель: доцент, доктор медицинских наук

Официальные оппоненты:

, доктор медицинских наук, доцент кафедры микробиологии и вирусологии ГБОУ ВПО "Тихоокеанского государственного медицинского университета" Министерства здравоохранения РФ , доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник Хабаровского филиала ФГБУ "Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхания" СО РАМН-НИИ охраны материнства и детства (г. Хабаровск).

Ведущая организация:

ГБОУ ВПО «Самарский государственный медицинский университет»
Министерства здравоохранения России,  г. Самара.

Защита состоится «14» ноября 2013 года в ______ часов на заседании Диссертационного совета ДКМ 208.007.02 в Тихоокеанском государственном медицинском университете по адресу: 690650 г. Владивосток, проспект Острякова,2.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Тихоокеанского государственного медицинского университета по адресу: 690650 г. Владивосток, проспект Острякова,2.

Автореферат разослан  «11» октября 2013 года.

Ученый секретарь Диссертационного совета,

доцент, доктор медицинских наук   

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность: Несмотря на достижения в диагностике и постоянной разработке новых схем антибактериальной терапии, внебольничная пневмония продолжает оставаться одной из наиболее актуальных проблем современной медицины. По данным Федерального медико-биологического агентства России (2013 год), при заболеваемости  пределах 25-44‰ в старших возрастных группах (≥ 65 лет), заболеваемость лиц молодого возраста также является значимой проблемой и составляет 11,6-16‰. Учитывая социальную и экономическую активность такой демографической группы населения как лица молодого возраста, проблема лечения внебольничных пневмоний представляется более, чем актуальной. Особую актуальность эта проблема приобретает в регионах Дальневосточного Федерального округа, где заболеваемость органов дыхательных путей особенно высока по сравнению с центральными регионами Российской Федерации и превышает общероссийский более, чем на 30% [, 2008].

Во многом это связано с микробиологическими особенностями этиологического спектра возбудителей внебольничной пневмонии, определяющих ее различия [, 2004]. При этом, пневмококковые внебольничные пневмонии занимают фактически лидирующее место среди внебольничных пневмоний другой этиологии и составляют по мнению российских [, 2004, , 2006] и зарубежных специалистов [Muehlmann K, 2009] практически 30% в этиологической структуре. Особенную значимость проблеме внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии придает тот факт, что при достаточно длительной истории изучения Streptococcus pneumoniae как микроорганизма, микробиологическое подтверждение получают всего 3% всех пневмоний бактериальной природы ( согласно МУ 3.1.2.3047-13 «Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями», 10.01.2013). К объективным причинам данного явления можно отнести сложность выделения такого прихотливого возбудителя в чистой культуре как пневмококк, а также несистематизированность (и зачастую отсутствие ) данных  об антибиотикорезистентности штаммов пневмокококков с учетом региональных особенностей, что наиболее актуально для региона ДВФО. Не изучены и микробиологические свойства штаммов, определяющих циркуляцию вирулентных штаммов, с учетом фактора колонизации дыхательных путей несколькими изолятами пневмококка, в том числе и штаммами нескольких различных серотипов. Основными проблемами, наиболее значимыми в практическом здравоохранении и требующими научно-практической доработки, в отношении пневмококковой инфекции являются организация слежения и контроля за распространением антибиотикорезистентных изолятов, а также микробиологический мониторинг выделяемых штаммов, основанный на генотипировании, так как именно он позволит получить упорядоченную информацию о распространении того или иного изолята, что позволит сравнивать полученную информацию о характере выявляемых штаммов S. pneumoniae, и соответственно, планировать профилактические мероприятия в отношении внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии. Все вышесказанное обозначает актуальность проблемы, определяет необходимость дальнейшего совершенствования методов клинической микробиологической диагностики, а также микробиологического мониторинга с применением генетического маркирования штаммов для решения задач эпидемиологического надзора за внебольничными пневмониями, и обосновывает цель, проведенного нами исследования.

ЦЕЛЬ: изучить микробиологические свойства штаммов пневмококка, выделенных у лиц молодого возраста из закрытых коллективов с внебольничными пневмониями, с применением молекулярно-генетических методов для проведения микробиологического мониторинга и планирования мероприятий эпидемиологического надзора.

ЗАДАЧИ:

Определить роль штаммов S. pneumoniae в этиологической структуре внебольничных пневмоний у лиц молодого возраста, а также выявить особенности факторов патогенности штаммов пневмококка, выделенных у лиц молодого возраста в закрытых коллективах при внебольничных пневмониях и у носителей. Изучить особенности эпидемического процесса по внебольничным пневмониям пневмококковой этиологии у лиц молодого возраста с учетом региональных особенностей в ДВФО регионе на примере субъекта (г. Петропавловск-Камчатский). Оценить антибиотикорезистентность штаммов пневмококка, выделенных среди лиц молодого возраста при внебольничных пневмониях и от носителей, а также с учетом распространения основных генетических детерминант. Провести молекулярно-генетический мониторинг выделенных штаммов S. pneumoniae с применением методики мультилокусного сиквенстипирования в ДВФО регионе на примере субъекта (г. Петропавловск-Камчатский) для клональной характеристики циркулирующих при внебольничных пневмониях штаммов.

НАУЧНАЯ НОВИЗНА И ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ РАБОТЫ

Впервые комплексно оценена эпидемиологическая ситуация по заболеваемости внебольничными пневмониями пневмококковой этиологии у лиц молодого возраста из закрытых коллективов с учетом региональных особенностей ДВФО региона на примере г. Петропавловска-Камчатского. Оценена роль фактора пребывания в закрытом коллективе для развития внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии у лиц молодого возраста. Изучены особенности популяционной структуры штаммов пневмококка, вызвавших различные формы пневмококковых инфекций у лиц молодого возраста из закрытых коллективов, идентифицирован клон, циркулирующий в популяции пневмококков, выделенных при внебольничных пневмониях у лиц молодого возраста. Выявлены микробиологические и молекулярно-генетические особенности факторов вирулентности штаммов пневмококка, приводящие к формированию высокопатогенных штаммов S. pneumoniae, оценена консервативность генов таких факторов вирулентности как ply и lytA. Охарактеризовано состояние чувствительности к антибактериальным химиопрепаратам штаммов S. pneumoniae, выделенных у пациентов молодого возраста с внебольничными пневмониями. Определены генотипические особенности формирования антибиотикорезистентности штаммов пневмококка, вызвавших внебольничные пневмонии  у лиц молодого возраста. Учитывая генотипические механизмы формирования устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам штаммов пневмококка у лиц молодого возраста, предложены рекомендации по коррекции регионального стандарта лечения  внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии.

ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ 

1. Данные о распространении эпидемиологической ситуации по внебольничным пневмониям пневмококковой этиологии  позволили получить представление об эпидемической ситуации по заболеваемости внебольничными пневмониями  у лиц молодого возраста в регионах ДВФО.

2. Охарактеризована эпидемиологическая ситуация по заболеваемости внебольничными пневмониями среди лиц молодого возраста, показан фактор влияния закрытого коллектива на формирование заболеваемости пневмококковыми пневмониями у лиц молодого возраста.

3. Характеристика микробиологических особенностей, а также выявленные различия в штаммах, выделенных при внебольничных пневмониях и от носителей, позволили оценить динамику формирования эпидемического варианта в закрытом коллективе среди лиц молодого возраста.

4. Изучение микробиологических свойств штаммов S. pneumoniae., позволило выявить такие особенности вирулентности как увеличение экспрессии факторов адгезии и инвазии, что будет обусловливать возможность формирования госпитальных изолятов.

5. Проведенное изучение антибиотикорезистентности выделенных штаммов пневмококка позволило получить представление об эффективности общепринятой и проводимой антибиотикотерапии, а также, учитывая механизм формирования устойчивости к антибактериальным средствам, определить возможность коррекции фармакологического списка препаратов для лечения пневмококковых инфекций у лиц молодого возраста.

6. Изучив популяционную структуру возбудителей внебольничных пневмоний, а также выделив видовой, серотиповой состав штаммов пневмококка стало возможным планировать противоэпидемические мероприятия в отношении внебольничных пневмоний пневмококковой этиологии у лиц молодого возраста в закрытых коллективах.

Внедрения

По материалам диссертации изданы методические рекомендации «Молекулярно-диагностические аспекты идентификации S. pneumoniae, C. pneumoniae. M. pneumoniae», информационные письма «Об эпидемиологических аспектах диагностики возбудителей внебольничных типичных и  атипичных пневмоний», подготовлена информационная справка «О заболеваемости и диагностике внебольничных пневмоний  у лиц молодого возраста». Результаты исследования использованы в создании формуляров антибиотикотерапии  пульмонологического отделения Главного Госпиталя ТОФ и его филиалов, организации мероприятий эпидемиологического надзора в частях и учреждениях ТОФ. Материалы диссертации используются в учебном процессе при подготовке врачей на кафедре эпидемиологии Владивостокского государственного медицинского университета, на кафедре микробиологии Академии экологии, морской биологии и биотехнологии (АЭМББТ), на кафедре общей экологии Дальневосточного Федерального Университета.