……………………………………………………….ЛизГлу*** Рамка -1
|
|
……………………………AAAGCAAAAAAGAGUGAAA…………….
|
|
Рис. 1.10. Трансляционный сдвиг рамки считывания при трансляции мРНК гена dnaX E. coli
Указано положение скользкой последовательности AAAAAA и начала стабильной шпильки мРНК. *** - терминация трансляции на кодоне UGA в рамке считывания -1
Рис. 1.1011. Доменная организация субъединиц t (А) и g (В) холофермента ДНК полимеразы III E.coli.
Указаны области субъединицы t, участвующие в связывании субъединицы a, dd’ и yc холофермента ДНК-полимеразы III и ДНК-геликазы репликативной вилки DnaB, а также область субъединицы g для связывания комплексов dd’ и cy и белка скользящего зажима DnaB. RFC – участки гомологии с субъединицами эукариотического фактора RFC
Ограниченный протеолиз полноразмерного продукта гена dnaX позволил разбить его на 5 доменов (рис. 1.11). Первые три домена являются общими для субъединиц t и g. N-концевая область 1 образует АТФазный домен, функции которого мы рассмотрим при анализе работы комплекса скользящего зажима (см. 1.4). Общая центральная область 3 содержит участки взаимодействия, необходимые для образования димера субъединиц t и для связывания с ним g-субъединицы. С этой областью в белке g ассоциируются остальные субъединицы комплекса погрузчика. Белки d и c прямо связываются с g. В свою очередь субъединицы d и y образуют субкомплексы со стехиометрией 1:1 с субъединицами d’ и c соответственно и служат мостиками между d’ и c и белком g. Связывание субкомплекса cy повышает сродство g к субкомплексу dd’.
Два последних домена (4 и 5) целиком имеются только у белка t. С-концевой домен 5 длиной 147 остатков играет наиболее важную роль в образовании димерной ДНК-полимеразы III. В димере t2 каждая из субъединиц t связывает по одной субъединице a сердцевины PolIII. Такое взаимодействие обеспечивает ассоциацию двух ДНК-полимераз, одна из которых участвует в синтезе ведущей, а вторая – в синтезе отстающей нити ДНК в реплисоме. Домен 4 состоит из короткой N-концевой части, имеющейся у белков t и g, и уникальной С-концевой части длиной 66 остатков, имеющейся только у белка t. Именно с этой уникальной областью и связывается ДНК-геликаза репликативной вилки – белок DnaB (см. 2.1). Во взаимодействии ДНК-полимеразы III с гексамерным белком DnaB участвуют обе субъединицы димера t2. Это обеспечивает дополнительную связь между ДНК-полимеразами ведущей и отстающей нитей, важную для динамики репликативного комплекса.
