Федеральное государственное бюджетное учреждение «Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере» (стр. 7 )

§  выявляемые клинические состояния: моногенные неврологические заболевания, полигенные неврологические заболевания;

§  процент выявления известных генетических нарушений за счет применения тест-системы – до 95%;

§  время исследования – не более 36 часов;

§  чувствительность – не менее 99%;

§  специфичность – не менее 95%;

§  область поиска генетических нарушений - не менее 700 генов

§  возможность автоматизации процесса интерпретации исследований с помощью программных инструментов;

§  стоимость исследования – не более 30 000 рублей.

3. Конструктивные требования к создаваемому продукту.

В рамках НИОКР должна быть разработана тест-система, включающая диагностическую панель, состоящую из нескольких эпигенетических маркеров и комплекта реагентов для лабораторных исследований.

Тест-система должна характеризоваться простотой в применении, совместимостью с любым оборудованием для ПЦР-амплификации в реальном времени, автоматизированным исследовательским процессом с минимальными временными затратами.

Должны быть разработаны: технологическая документация, технические условия и инструкция по применению набора реагентов в соответствии с требованиями и нормативной документацией, предъявляемой к сертификации лабораторных диагностических методик и комплектов реагентов.

В состав продукта должны входить следующие компоненты:

§  комплект реагентов для проведения реакции обратной транскрипции;

§  комплект специфических праймеров для выявления микроРНК;

§  инструкция по эксплуатации, с описанием требований к выполнению лабораторного исследования, и формы предоставления его результатов.

Требования к выполнению НИОКР по лоту №4: «Разработка диагностической панели для оценки эффективности и токсичности полихимотерапии при лечении рака толстой кишки».

1. Назначение научно-технического продукта (изделия и т. п.), создаваемого в результате выполнения НИОКР.

Разрабатываемый продукт должен использоваться для молекулярно-генетического скрининга полиморфизмов в генах DPYD и UGT1A1, коррелирующих с фармакологической эффективностью и прогнозирующие токсичность иринотекана и 5-ФУ, в широких группах больных и здоровых лиц с целью индивидуализации назначения специфической терапии, повышения ее эффективности и своевременной профилактики развития токсических эффектов.

2. Основные ожидаемые характеристики продукта, создаваемого в результате выполнения НИОКР (функциональное назначение, основные потребительские качества и параметры продукта).

Диагностическая панель должна обеспечивать возможность оценки индивидуальной чувствительности больных сразу к нескольким лекарственным препаратам, входящим в современные протоколы полихимиотерапии (FOLFOX, FOLFIRI и др.), и позволять добиться лучших как непосредственных, так и отдаленных, результатов лечения.

При разработке набора в отобранной выборке больных должны быть оценены частота носительства аллельных вариантов генов DPYD и UGT1A1 и проведен «фенотип-генотип» корреляционный анализ полученных результатов.

Диагностическая панель должна характеризоваться простотой в применении, точностью методов исследования и детекции, быть совместимой с типовым оборудованием для ПЦР-амплификации, автоматизированным исследовательским процессом с минимальными временными затратами.

Диагностическая панель должна обладать следующими основными характеристиками:

§  число исследуемых аллелей – 7;

§  метод исследования – ПЦР-РВ;

§  метод детекции результата – анализ кривых плавления;

§  время исследования – не более 180 минут;

§  число возможных исследований – 48;

§  автоматизация исследовательского процесса;

§  интерпретация результатов с помощью ПО;

§  аналитическая чувствительность – не менее 99%;

§  аналитическая специфичность – не менее 99%;

§  стоимость исследования – не более 100 рублей;

§  совместимость с любым оборудованием для ПЦР-амплификации.

Стоимость продукта не должна превышать 9 тыс. рублей.

3. Конструктивные требования к создаваемому продукту.

В рамках НИОКР должны быть разработаны: технологическая документация, технические условия и инструкция по применению набора реагентов в соответствии с требованиями и нормативной документацией, предъявляемой к сертификации лабораторных диагностических методик и комплектов реагентов.

В состав набора должен входить:

§  комплект реагентов для определения аллельных вариантов с целью оценки эффективности и токсичности полихимиотерапии при лечении рака толстой кишки, методом ПЦР в режиме реального времени;

§  положительные контрольные образцы;

§  инструкция по эксплуатации.

Требования к выполнению НИОКР по лоту №5: «Разработка молекулярно-генетических тестов для дооперационной диагностики узловых образований щитовидной железы».

1. Назначение научно-технического продукта (изделия и т. п.), создаваемого в результате выполнения НИОКР.

В результате выполнения НИОКР должны быть разработаны наборы реагентов, комплексное использование которых в диагностике рака щитовидной железы позволит осуществить молекулярно-генетическое исследование образцов цитологических препаратов, полученных после процедуры тонкоигольной аспирационной пункционной биопсии узловых новообразований щитовидной железы, направленное на повышение точности дооперационной диагностики и выбор более обоснованной тактики ведения больного, а также осуществлять более достоверный прогноз риска рецидивов.

2. Основные ожидаемые характеристики продукта, создаваемого в результате выполнения НИОКР (функциональное назначение, основные потребительские качества и параметры продукта).

Разрабатываемый комплекс диагностических наборов должен обеспечивать выявление злокачественных новообразований щитовидной железы, анализируемых с помощью ТАПБ, с диагностической чувствительностью не менее чем 85%, специфичностью в доверительном интервале 95%. Соответствующие характеристики должны быть достигнуты за счет анализа не менее 9 молекулярных маркеров и не менее 5 соматических онкогенных мутаций.

Чувствительность разрабатываемых наборов реагентов должна обеспечить 1% селективность выявления соматических мутаций (достоверно выявляемая доля копий ДНК, соответствующих мутантному аллелю, среди копий ДНК дикого типа), обнаружение как минимум 50 копий продуктов онкогенных транслокаций на реакцию ПЦР. Селективность в ходе испытаний набора должна быть подтверждена с помощью секвенирования. Контроль селективности при выпуске набора осуществляется с использованием положительных контрольных образцов, содержащих разные доли мутантного аллеля.

Методика проведения анализа должна базироваться на использовании пробирок с готовым набором всех необходимых компонентов в лиофилизированном виде.

Метод анализа: полимеразная цепная реакция (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени.

Количество определений одного набора: не менее 12, включая контроли.

Объем клинической пробы, необходимый для проведения одного анализа: не более 50 мм3.

Полное время постановки анализа: не более 7 часов.

Контроли: в составе тестов обязательно наличие положительных и внутренних контрольных образцов, добавляемых на стадии пробоподготовки.

Аналитическая чувствительность выявления онкогенных транслокаций с 95% вероятностью должна составлять, как минимум, 50 копий продуктов онкогенных транслокаций в анализируемом препарате. Заявленная чувствительность должна подтверждаться результатами анализа стандартной панели предприятия, включающей пробы, содержащие 50, 100 и 200 копий кДНК, соответствующих РНК-транскриптам химерных генов. Контроль аналитической чувствительности при выпуске набора должен осуществляться при помощи анализа конечных разведений стандартного образца предприятия.

Диагностические чувствительность и специфичность выявления онкогенных мутаций и транслокаций: минимально допустимые значения в 95% доверительном интервале: для диагностической чувствительности и специфичности – 85%. Значения диагностической чувствительности и специфичности должны быть подтверждены при анализе случайной выборки как минимум 300 клинических образцов ТАПБ, соответствующих разным типам новообразований ЩЖ.

Диагностическая панель миРНК должна быть сформирована путём предварительного отбора из расширенной панели, включающей не менее, чем 2588 зрелых миРНК человека, протестированных методом гибридизации на микрочипах для не менее, чем 30 клинических образцов ТАПБ новообразований щитовидной железы.

Диагностическая специфичность выявления соматических мутаций в ходе испытаний должна быть подтверждена секвенированием специфических фрагментов ДНК, что является подтверждением достоверности результатов анализа.

Точность измерения должна устанавливаться с учётом ГОСТ Р 53022.2-2008.

Воспроизводимость и линейность: различия значений Ct в повторах при анализе одного и того же образца для всех выявляемых маркеров должны составлять не более 2 в линейном диапазоне концентраций 250-105 копий на анализируемую пробу при анализе в условиях воспроизводимости. Эффективность амплификации, вычисленная с использованием калибровочной кривой, построенной на основании анализа серии разведений калибровочных образцов, соответствующих используемым молекулярным мишеням, с соблюдением требований к воспроизводимости, должна составлять 100+/-15% в линейном диапазоне концентраций мишени от 108 до 104 копий на пробу. Контроль воспроизводимости при выпуске наборов осуществляется с использованием положительных контрольных образцов. Контроль линейности при выпуске наборов не осуществляется.

Все указанные характеристики должны выполняться для анализируемой пробы при условии наличия в ней не менее 250 копий геномной ДНК человека.

Анализ и трактовка результатов должны проводиться с использованием оригинального программного обеспечения, созданного для разрабатываемого набора, функционирующего на основе доступа через сеть Интернет и прилагаемых к набору протоколов.

Диагностические наборы должны быть адаптированы для проведения анализа с помощью амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. При дизайне флуорогенных зондов должны использоваться флуорофоры и гасители, соответствующие каналам детекции термоциклеров с оптическими блоками для детекции флуоресценции в реальном времени, используемых в российских диагностических лабораториях. Предпочтительно использование флуорофоров ROX, FAM, R6G.